Алексей Степанович умер от холеры, вдали от близких, в своем рязанском имении, 23 сентября 1860 года. Славянофильскую философию преследовал злой рок. Когда Иван Киреевский приступил к систематизации славянофильской философии, он внезапно умер от холеры. Та же участь постигла и Хомякова, когда он решил продолжить дело Киреевского и приступил к систематической философской работе. Последние минуты жизни А. С. – замечательное свидетельство силы его характера и твёрдости его веры. Осталась записка соседа по имению, Леонида Матвеевича Муромцева, о последних минутах Хомякова. Когда Муромцев вошёл к Хомякову и спросил, что с ним, А. С ответил: «Да ничего особенного, приходится умирать. Очень плохо. Странная вещь! Сколько я народу вылечил, а себя вылечить не могу». По словам Муромцева, «в этом голосе не было и тени сожаления или страха, но глубокое убеждение, что нет исхода». «Лишним считаю пересчитывать, – вспоминает Муромцев, – сколько десятков раз я его умолял принять моего лекарства, послал за доктором, и, следовательно, сколько раз он отвечал отрицательно и при этом сам вынимал из походной гомеопатической аптечки то
Последние годы жизни, после смерти любимой жены, А. С был безрадостен, он целиком отдался работе. Прелесть жизни была для него утрачена. Но в прошлом он знал радость жизни, знал личное и семейное счастье, как мало кто, жизнь его была удачной во всех отношениях. Он принадлежал к сынам, а не пасынкам Божьим. В нём не было никакой подпольности, никакого уязвлённого самолюбия и озлобленности. Дух его был сильный и ясный, пленительно ясный. По воспоминаниям западников, представляется он прежде всего спорщиком, диалектиком, вечно смеющимся и шутящим, но глубина его, его святое святых, не раскрывается. И мало кто понимал необыкновенную эстетическую законченность этого человека. Хомяков не был эстетом, но образ его должен быть воспринят прежде всего эстетически.