Выступление Брюховецкого и его сторонников оказалось неожиданностью для царских воевод. Еще вчера пировали за одним столом, сегодня, не объяснившись, мятежная старшина вламывалась в дом с саблею. Многие оказались застигнуты врасплох и убиты. В Гадяче, Сосницах, Прилуках, Батурине, Глухове, Новгороде-Северском и Стародубе гарнизоны были частично истреблены, частично пленены. Но в Чернигове, Переяславле, Нежине и Остре отбились. Сохранен был и Киев.
Вот тогда-то и выяснилось, что выступление не имело глубоких корней. Началось с того, что Брюховецкий рассорился с Дорошенко, который, заручившись поддержкой части левобережных полковников, потребовал от него гетманскую булаву. Возмущенный вероломством, Брюховецкий клейнот не выдал, все отношения с Дорошенко прервал и погнал своих людей в Бахчисарай и Константинополь хлопотать о подданстве. Но было поздно. Правобережный гетман переиграл своего незадачливого конкурента. Когда Дорошенко появился на левом берегу Днепра, от Брюховецкого отступились все его сторонники. Союз был скреплен разграблением гетманского скарба, а затем и убийством Брюховецкого. Случилось это 1 июня 1668 года.
Провозгласив себя гетманом обеих сторон Днепра, Дорошенко выступил против князя Г. Ромодановского. Но до сражения дело не дошло — стороны ограничились мелкими стычками. Ромодановский двинулся к Чернигову, где ему было дано знать, что наказной атаман Демьян Многогрешный со старшиной хотят отстать от бунта и вернуться под «высокодержавную царскую руку».
В канву событий 1668 года нередко вплетают историю почти романтическую: в самый разгар войны, когда Дорошенко двинулся к Путивлю против князя Г. Ромодановского, он получил известие об измене собственной жены. Бросив войско на Многогрешного, гетман устремился в Чигирин — разбираться в семейных неурядицах. Едва ли есть смысл гадать, как бы повернулось дело, останься Дорошенко при полках. Зато с определенностью можно говорить, что не один случай в лице супружеской измены и ревнивого супруга вмешался в ход событий. Повторилось то, что уже случалось в разных вариантах украинской Руины — далеко не все население Малороссии горело желанием поддержать Дорошенко, сомневаясь в тех выгодах, которые он сулил. За долгие годы смуты население сел и городов разуверилось в своих гетманах и в их обещаниях: пришли усталость и стремление к стабильности, хотелось уже не польского или турецкого журавля в небе, а московскую синицу в руках. Москва избавляла от национального и религиозного утеснения, сохраняла местную автономию, наконец, защищала, обладая неизмеримо большим потенциалом, чем Войско, так что все эти соображения, суммируясь, оказывались аргументами достаточно весомыми. Да и не вызывало у старшины восторга обещанное покровительство султана: в этом интуитивно чувствовали зло, горше которого трудно сыскать. Наконец, не вся Украина — казачество. Царских воевод и писцов можно было не любить, но своя старшина в самоуправстве и корыстолюбии нередко оказывалась еще хуже.
С конца 1668 года между левобережными казаками и Москвой начались пересылки об условиях замирения и возвращения в подданство. В казацких отписках всю вину валили на царских воевод, а выступление объясняли утратой исконных войсковых прав и вольностей. Вольности же потеряли якобы из-за Брюховецкого, зачинателя кровопролития. Он за Войско не стоял и государю о недовольстве казаков не писал. Мертвый гетман был фигурой чрезвычайно удобной, и на него теперь валили все вины без разбору.
В марте 1669 года в Глухове в присутствии боярина князя Г. Ромодановского и царского любимца А. С. Матвеева состоялась черная казацкая рада. Несколько дней продолжались препирательства, главной темой которых было воеводское управление и царские гарнизоны в малороссийских городах. Москва согласилась восстановить прежнюю систему управления, которая возвращала старшине все ее преимущества. Из отписок украинского духовенства царь знал, что это решение не вызовет прилива энтузиазма у населения. Но события показали, сколь болезненно реагировала старшина на стеснение ее прав и уменьшение доходов.
Однако в вопросе о гарнизонах в городах московская сторона проявила решительность. Было предложено сохранить своеобразное статус-кво: в тех немногих городах, в которых во время выступления Брюховецкого воеводы отбились и отсиделись, они должны были остаться. Многогрешный с этим не согласился, потребовав полного очищения страны. Ромодановский же, человек вспыльчивый и прямодушный, разразился гневной отповедью, в которой было немало горькой правды: «И прежде были договоры, перед святым Евангелием душами своими их крепили, и что ж? Соблюли их?.. Видя с вашей стороны такую измену, чему верить?.. Какую вы дадите поруку, что вперед измены никакой не будет?»