Личный боевой опыт, изучение хода русско-японской войны, особенно действий военно-морского флота, его тягчайших поражений привели А. В. Колчака к важным выводам. В даль-нейшем его деятельность чрезвычайно благотворно скажется на перестройке флота, системы руководства им. Но на первых порах после излечения все мысли Колчака были поглощены наукой. Он принимается за обработку материалов полярных экспедиций, ибо Академия наук ждет их с нетерпением. Ее президент Великий князь Константин Константинович в декабре 1905 г. писал морскому министру: «Окончание экспедиции лейтенанта Колчака совпало с началом военных действий на Дальнем Востоке, вследствие чего офицер этот счел своею нравственной обязанностью принять участие в войне и отправился с разрешения моего и своего морского начальства прямо из Иркутска на эскадру Тихого океана. Явившись в половине марта 1904 г. в Порт-Артур, он оставался там во все время осады, а после сдачи крепости возвратился через Японию и Канаду в начале июня 1905 г. в С.-Петербург совершенно больным от полученной им раны и суставного ревматизма». Президент просил министра вновь прикомандировать лейтенан-та к Академии до 1 мая 1906 г. для обработки гидрографических и картографических результа-тов экспедиций. Высокая оценка президентом Академии личных и научных данных Колчака базировалась не только на собственных умозаключениях, но и на отзывах специалистов. В частности, на оценке результатов последней экспедиции начальником Главного гидрографичес-кого управления, который писал: «Между тем материалы охватили работы по описи берегов, промеру, гидрологии сибирских морей, наблюдения над льдом, астрономические и магнитные наблюдения, выполненные во время плавания и санных поездок, и имеют значение как для научных, так и для практических целей полярного плавания, в частности же для исправления на картах контура берегов северо-восточной части Сибирского материка от острова Диксона до устья реки Лены». Просьба президента морским министром была удовлетворена.
Материалы экспедиций были чрезвычайно богаты. Для их обработки понадобились многолетние усилия и русских, и иностранных ученых. Этим занималась специальная комиссия Академии наук (существовала до 1919 г.). Публикация результатов производилась отдельными выпусками, соединяемыми потом в тома. В связи с октябрьскими событиями 1917 г. это дело так и не было завершено. А. В. Колчаку надлежало прежде всего привести в порядок документацию, составить более подробные отчеты, обработать и опубликовать те результаты экспедиций, которые полностью или в основном были результатом его собственных наблюдений.
А. В. Колчак выполнил основную работу по приведению в порядок материалов двух экспедиций, их обобщению, составлению отчета. Но проделанная работа далеко выходила за рамки отчетов. Обобщения, научные наблюдения позволили создать ряд глубоких научных работ.
Им была написана и опубликована в «Известиях» Академии статья «Последняя экспедиция на остров Беннетта, снаряженная Академией Наук для поисков барона Толля». Немыслимо дерзкая экспедиция А. В. Колчака, совершенная при этом без человеческих потерь, в отзыве академика Ф. Б. Шмидта была расценена, как «необыкновенный и важный географический подвиг, совершение которого было сопряжено с трудом и опасностью». Вместе с тем высоко оценены были и географические открытия и научные достижения. В 1906 г. Императорским географическим обществом А. В. Колчаку была присуждена высшая награда — Большая Константиновская Золотая медаль. В феврале того же года он избирается действительным членом этого общества. Имя Колчака становится широко известным, и не только в научных кругах. Его именем, как уже говорилось, был назван открытый во время первой экспедиции на северо-востоке Карского моря остров и мыс. Под таким именем они фигурировали и на советс-ких картах, пока, спохватившись, все переименовывавшие советские власти не дали им в 1939 г. имена другого участника экспедиции — С. И. Расторгуева и писателя К. К. Случевского. Надо надеяться, что им будет возвращено имя его открывателя и справедливость восторжествует.