Вся комиссия, включавшая еще академика Маркова и членов-корреспондентов Бобылева и Цингера, была единодушна в своем отрицательном отношении к проекту Некрасова. «В XX веке возобновляются настойчивые попытки использовать совершеннейшую из наук — математику — в том направлении, которому она по самой своей сущности служить не может», — отмечали члены комиссии в общем своем докладе Академии наук. И прямо указывали, в каком именно направлении развертывает свои математические взгляды Некрасов и в чем усматривают они опасную сторону его деятельности: «…С указанным проектом введения в среднюю школу теории вероятностей связана попытка воздействовать при помощи математики на нравственно-религиозное и политическое миросозерцание юношества в наперед заданном направлении».
— На что издерживает свой умственный капитал бывший университетский математик! — ораторствовал против Некрасова в заседаниях комиссии Марков. — Использует теорию вероятностей, чтобы натянутыми доводами утвердить законность самодержавия и православия! Напустил дыма-чаду. Все равно что математическими методами доказывать бытие божие. Люди здравого порядку мыслей не могут переносить такого бреду. И сколь упрям он в своих заблуждениях! Одно только твердит все время: будто бы открыл в теории вероятностей новое мировоззрение в противность материалистическому. Этакий вздор в школы нести? Нет, злонамеренные его измышления должно разоблачить со всей решительностью.
Доклад свой шестеро математиков и механиков заключили категорическим неодобрением проекта Некрасова: «Комиссия полагает, что вышеупомянутые заблуждения и ошибочные толкования основ науки и злоупотребление математикой
Но по нынешнему времени никого в академии уже не удивить было суровым и резким суждением. Собрания академиков, и раньше не отличавшиеся какой-либо умиротворенностью, нередко проходили теперь в остром, возбужденном настрое. Выступление комиссии состоялось в исходе пятнадцатого года, а в самом начале шестнадцатого Ляпунов присутствовал на бурных дебатах по вопросу об исключении всех членов-корреспондентов и почетных академиков немецкого, австрийского и болгарского подданства. Узнавши о том, Борис Михайлович высказал в письме к брату свое подозрение, что сей шаг предпринят академией под давлением свыше. Но Александр Михайлович решительно ниспровергнул его предположение. Вопрос был гораздо сложнее и запутаннее, нежели могло показаться со стороны.
В сентябре 1914 года группа видных деятелей немецкой науки и культуры опубликовала «Воззвание ко всему культурному миру». В нем оправдывались и одобрялись действия кайзеровского правительства и возлагалась вина за возникновение войны на государства Антанты и их союзников. Исполненный шовинистических настроений «Манифест 93-х», как его называли повсюду, подписали многие известные ученые Германии: Оствальд, Планк, Рентген, Нернст, Вин, Геккель, Вундт и другие. В России, во Франции и в Англии он вызвал гневное возмущение ученых кругов. «Что касается меня лично, то, возвратившись сюда осенью 1914 года, я сам предполагал поднять в Академии вопрос об исключении тех членов Академии, которые подписали известное воззвание, — вспоминал Ляпунов в письме к своему брату. — Но прежде, чем я собрался это сделать, был опубликован известный циркуляр, который затронул Академию, нарушив ее права. Ввиду этого я, как, впрочем, и многие другие академики, изменил свое намерение и в вопросе об исключении встал в оппозицию».
Так что Ляпунов наряду с другими его коллегами по академии, готов был проголосовать за исключение тех иностранных ученых, которые поддержали «Манифест». Но опередил их циркуляр Совета министров, предписывавший академикам те действия, которые по уставу они могли предпринять лишь по доброй своей воле. Весьма чувствительные к неоднократным уже поползновениям царского правительства ограничить их свободу, академики дружно выступили против навязываемого решения, хотя многие из них и склонялись к нему в душе. Вопрос был снят с очередности академических дел. И только шестнадцать месяцев спустя, когда прекратилось давление сверху и утихла травля академии в печати, вопрос был вновь возбужден уже самими академиками.