Прибыв в Паталы, он построил гавань и доки и исследовал оба рукава Инда, которые далее, вероятно, впадали в Великое море. Он предполагал повести назад часть армии по суше, а остальные войска должны были на 100–150 кораблях под командованием Неарха совершить исследовательское плавание вдоль берегов Персидского залива. Из-за стычек с местными племенами Неарх отплыл в сентябре 325 года, но, дожидаясь северо-восточного муссона, задержался до конца октября. Александр тоже в сентябре отправился вдоль берега через Гедросию, но из-за непроходимой дикой местности, отсутствия воды вскоре был вынужден повернуть в глубь материка и поэтому не сумел осуществить свой план обеспечения флота продовольственными базами. Еще ранее он отправил под командованием Кратера вещевой обоз, осадные орудия, слонов, больных и раненых воинов, дав для охраны три отряда тяжеловооруженной пехоты. Кратер должен был через проход Муллы, Кветты и Кандагар вести их в долину Гельманда, а уже оттуда через Дрангиану воссоединиться с главными силами армии на реке Аман (ныне Минаб) в Кармании.
Поход Александра через безводную пустыню Гедросии (ныне Белуджистан) оказался губительным: мучила нехватка питья, еды, топлива. К тому же во время стоянки у пересохшего русла реки внезапный ночной паводок, вызванный муссоном, унес много жизней, особенно женщин и детей. В конце концов Александр воссоединился с отрядами, плывшими на кораблях Неарха. Флот за это время также понес потери, и моряки испытали множество приключений.
Политические деяния.Александр продолжил свою политику замещения старших чиновников и предания казни нерадивых наместников, которую уже начал проводить, еще находясь в Индии. За время между 326–324 гг. он сместил свыше трети своих сатрапов и шестерых предал смерти. В Мидии три военачальника, и среди них Клеандр, брат Кена, умершего чуть ранее, были обвинены в вымогательстве, вызваны в Карманию, где их арестовали, судили и приговорили к казни.
Весной 324 года Александр вернулся в Сузы, где обнаружил, что его главный казначей Гарпал, очевидно боясь расплаты за казнокрадство, бежал с шестью тысячами наемников и пятью тысячами талантов денег в Грецию. В Сузах Александр устроил празднество, отмечая захват Персидской империи и свадьбу — свою собственную и своих восьмидесяти военачальников: в продолжение его политики слияния македонян и персов в единую расу они взяли себе жен — персиянок. Александр и Гефестион женились соответственно на дочерях Дария Статире и Дрипетиде, а десять тысяч его солдат, женатых на местных женщинах, получили от него щедрые дары.
Политика этнического слияния все больше портила его отношения с македонцами, которым совсем не нравилось его новое понимание империи. Их сильно возмущала его решимость включить персов в армию и администрацию провинций на равных с ними правах. Прибытие тридцати тысяч юношей, прошедших македонскую военную подготовку, и включение восточных воинов из Бактрии, Согдианы, Арахозии и других земель империи в конницу «друзей» только раздуло огонь их недовольства; в дополнение ко всему, персидская знать с недавних пор получила право служить в конной гвардии царя. Большинство македонцев видели в этой политике угрозу их привилегированному положению. Этот вопрос крайне обострился в 324 году, когда решение Александра отправить на родину македонских ветеранов во главе с Кратером было истолковано как намерение перенести местопребывание власти в Азию. Вспыхнул открытый мятеж, в котором не участвовала только царская охрана. Но когда Александр все-таки распустил почти всю армию македонцев и на их место набрал персов, оппозиция была сломлена. За эмоциональной сценой примирения последовало грандиозное пиршество (девять тысяч гостей) в ознаменование окончания разногласий и установления партнерских отношений в управлении македонянами и персами. Подчиненные, покоренные народы в это содружество партнеров не вошли. Десять тысяч ветеранов отправились с дарами в Македонию, и кризис был преодолен.
Летом 324 года он попытался решить проблему неприкаянных наемников, тысячи которых скитались по Азии и Греции; многие из них — политические изгнанники из собственных городов. Декрет, привезенный Никанором в Европу и провозглашенный в Олимпии (сентябрь 324 года), предписывал всем городам Греческого союза вернуть всех изгнанников и их семьи (кроме фиванцев).