Выбор Дарием Мидии для своей временной дислокации был обусловлен тем, что, по его расчетам, Александр после сражения двинется по главной дороге, в Вавилон и Сузы, поскольку та, которую выбрал он, труднопроходима для большой армии с обозом. Дарий, убегая в глубь страны, рассчитывал, что дальность расстояния даст ему достаточно времени, чтобы передохнуть и собрать войско. Добравшись до столицы Мидии, города Экбатана (современный Хамадан), он остановился там, собрал всех, кто уцелел после бегства, вооружил безоружных, послал за солдатами к соседним племенам. Дарий разослал военачальникам и сатрапам в Бактрии и в глубине Азии увещания хранить ему верность [Diod, XVII, LXIV, 1–2]. Женщин и всякое свое имущество он отправил к так называемым Каспийским воротам, а сам с войском оставался в Экбатане [Arr. An., III, 19, 1–2].
Располагаясь в Экбатане, имеющей статус одной из столиц империи, Дарий считал, что вполне может продолжать руководить страной отсюда. У Дария был такой план: если Александр останется в Вавилоне и Сузах, то и он останется здесь, в Мидии, поджидая, не возникнет ли в окружении Александра какой-нибудь заговор против него. Если же Александр бросится за ним, то он пойдет дальше в глубь страны, к парфянам, в Гирканию, вплоть до Бактрии, уничтожая все кругом и делая таким образом дальнейшее продвижение для Александра невозможным.
Осенью 331 г. Александр из Сатрапен/Атрапен прибывает в Сузы, правители и жители которых также принимают его доброжелательно. Снявшись из Суз, Александр, направлясь в Персиду, вторгается в земли уксиев. Те из уксиев, которые жили на равнинах и были подчинены персидскому сатрапу, сразу же покорились Александру, но так называемые горные уксии, не подчиненные персам, сообщили, что они пропустят его с войском в Персию, только если получат от Александра плату, какую они получали за проход и от персидского царя. Александру удалось договориться мирно с первыми и посредством оружия со вторыми [Arr. An., III, 17, 1–6]. Таким образом, после Гавгамел Александру, за исключением горных уксиев, сатрапии бывшей Ахеменидской империи: Вавилон, Сузы, область Сатрапена/ Атрапена — сдались без боя. Далее, так же без боя, несколько месяцев спустя его встретят в Мидии. Более того, Александр приветствовался как желательный руководитель. Это, по всей вероятности, объясняется тем, что эти территории не были исконно персидскими, были присоединены Ахеменидами силой оружия. Далее располагались коренные персидские земли, а конкретно сатрапия Персида, где Александр впервые встретил вооруженное сопротивление. Александр, «придя к Воротам Персии, он застал там Ариобарзана, персидского сатрапа, с войском, в котором было до 40 000 пехоты и до 700 всадников. Ариобарзан перегородил Ворота стеной и расположился перед ней лагерем, чтобы не пропустить через Ворота Александра». Александр разыграл многоходовую военную комбинацию, открыв одновременно несколько фронтов и добился победы. Разгромив войско Ариобарзана, Александр «спешно двинулся на Персеполь, так что успел прийти туда раньше, чем охрана расхитила казну. Захватил он казну и в Пасаргадах; она находилась в хранилищах Кира Старшего» [Arr. An.,III, 18, 2–10].
В январе 330 г. Александр берет Персеполь [Bosworth, 1994. P. 816]. Сатрапом Персии он назначил Фрасаорта, сына Реомифра. Столицу Персии — Персеполь он отдает на разграбление солдатам, а перед выездом из города сжигает дворец персидских царей. Один из опытных македонских полководцев, Парменион, советовал ему сохранить дворец, потому что в таком случае население Азии примет его не как властителя Азии, а как человека, победоносно прошедшего по стране. Александр ответил, что он желает наказать персов за то, что, вторгшись в Элладу более века тому назад, они разрушили Афины и сожгли храмы [Arr. An., III, 18, 11–12]. С нашей точки зрения, сжигая дворец, Александр стремился уничтожить самое монументальное и знаковое сооружение, тем самым давая огненный сигнал к тому, что эпоха Ахеменидов завершилась.
В мае 330 г., закончив завоевание юго-восточных регионов, Александр пошел в Мидию, так как убедился, что Дарий находится там. Он направляется из Персеполиса через горные проходы в столицу Мидии Экбатану. После одиннадцати дней форсированного марша Александра встретил сын одного из бывших персидских царей, Артаксеркса III, Бистан и сообщил, что пять дней назад Дарий с армией, числом более 10 тысяч воинов, покинул Экбатану [Arr. An., III, 19, 1–2]. Александр сразу разделил свои силы, одна часть из которых пустилась в погоню за Дарием, а другая вместе с ним направилась в Экбатану.