Вынашивая такие прекрасные мечты, государь о многом просто не подозревал. Скажем, он вообще не знал, что в России существует закон, позволяющий продавать крестьян, как скот, разлучая мужей, жен и детей. Позже он запретил публиковать объявления о продаже крестьян (хотя сама продажа по-прежнему отнюдь не воспрещалась), торговать ими на ярмарках, ссылать в Сибирь за незначительные проступки. Александр прекратил массовые пожалования казенных крестьян в частные руки, но только Центральной России. На окраинах империи практика пожалований продолжалась и рассматривалась как водворение общего «благоустройства» государства. Здесь крепло не только местное помещичье землевладение, но и крупное землевладение дворянства пришлого, в массе своей вельможного. Это вело к ликвидации местных привилегий и установлению единого для всего государства шаблона социально-экономических отношений.
Реакция дворянства на первые не то чтобы действия, а просто слухи о готовящихся переменах показала, что задуманные верховной властью реформы встретят на своем пути серьезные и опасные препятствия. Тем не менее в 1803 году издается указ о «вольных хлебопашцах», позволявший помещикам отпускать крепостных на волю с пашней без обязательного одобрения Сената. Шаг в сторону радикальных действий был сделан совсем небольшой, однако и он вызвал панику у большинства душевладельцев. Члены Негласного комитета — реальные и трезвые политики — вряд ли надеялись на то, что после появления указа помещики бросятся наперегонки освобождать свою «крещеную собственность». Действительно, в течение первой половины XIX века на волю по этому указу было отпущено около 47 тысяч крестьян — менее одного процента от общего числа крепостных. Для членов комитета распоряжение о «вольных хлебопашцах» оказалось чем-то вроде разведки боем. После его обнародования стало окончательно понятно, что быстро, с наскока проблему крепостничества решить не удастся, работа в этом направлении требовалась долгая и серьезная. Причем работа не только административно-техническая, но и политико-психологическая.
Несколько ранее был опубликован еще один указ, позволявший покупать незаселенные земли представителям разных сословий, тем самым нарушавший многовековую монополию дворянства на владение земельными угодьями. Он прошел почти незамеченным — и напрасно, поскольку способствовал осторожному развертыванию новых, капиталистических порядков в аграрном секторе российской экономики. Затем пришел черед и административных преобразований, так как намечавшиеся реформы требовали изменений в структуре государственных органов. С 1802 года коллегии — органы исполнительной власти, введенные еще Петром I, — начинают заменяться министерствами. Коллегиальный принцип принятия решений, традиционная неповоротливость прежних учреждений явно пришли в противоречие с желанием самодержца укрепить вертикаль власти, добиться ее большей централизации и управляемости.
Каждое министерство включало в себя канцелярию, товарища (заместителя) министра и несколько департаментов под началом директоров. Александр I учредил и Комитет министров, который мог собирать министров и их товарищей для решения конкретных вопросов, требующих усилий разных ведомств. Однако император созывал его нерегулярно, оставляя за собой право решать споры между министрами в рабочем порядке, а с 1807 года вообще перестал бывать на его заседаниях. Тем не менее, когда в 1805 году государь надолго покинул страну, именно Комитет министров решал все внутриполитические вопросы. Но министры, к сожалению, не стали единой командой, поскольку в их числе к тому времени оказались и «молодые друзья» императора, и вельможи екатерининского царствования.
Подобная ситуация сложилась потому, что Зимний дворец, задумывая столь важные преобразования, хотел иметь возможность быстро маневрировать, менять политический курс по собственному желанию. Да и надежда сохранить таким образом равновесие в «верхах», не дав преимущества ни консерваторам, ни либералам, играла свою роль. Вообще же введение министерств оказалось мерой поспешной и недостаточно зрелой, поскольку совершенно не была связана с существовавшими правами Сената, Непременного совета и немногих коллегий, оставшихся после введения новых учреждений.