17 апреля император созывает чрезвычайное заседание Государственного совета с целью выработать позицию в ответ на «возмутительный произвол Бонапарта». Сгоряча он диктует Чарторыйскому следующую ноту: «Его Величество не может сохранять далее сношения с правительством, которое не признает узды, ни каких бы то ни было обязанностей и которое запятнано таким ужасным убийством, что на него можно смотреть лишь как на вертеп разбойников». Но по зрелом размышлении царь признает, что подобный выпад рискует спровоцировать войну, а Россия к войне не готова. В конечном счете этот акт Бонапарта не нанес прямого ущерба чести русского императора, и России не к лицу принимать политические решения под влиянием чувств. Единодушно решаются на компромисс: Убри передаст французскому правительству ноту протеста, составлена также нота Регенсбургскому сейму. Нота, посланная в Париж, заканчивалась в таких выражениях: «Его Императорское Величество был столь же огорчен, как и изумлен, узнав о событии в Эттенхейме, о сопровождавших его обстоятельствах и о его прискорбном последствии… Е. И. В-во, к несчастью, видит в этом нарушение, столь же бесполезное, как и очевидное, международного права и нейтральных владений, – нарушение, последствия которого трудно исчислить и которое, если его сочтут дозволенным, поставит ни во что безопасность и независимость державных государств Германской империи… Е. И. В-во уверен, что Первый консул постарается внять справедливым нареканиям германского корпуса и почувствует необходимость употребить самые действенные средства, чтобы успокоить все правительства относительно только что внушенного им страха и содействовать прекращению порядка вещей в Европе, слишком опасного для их спокойствия и независимости, на которые они имеют неоспоримое право».
Бонапарт, хоть и задетый этой нотой, по общему тону сдержанной, приказывает Талейрану ответить в таком же духе. Но Талейран, увлекшись собственным красноречием, пишет 16 мая 1804 года: «Если бы нынешним предметом мыслей Е. В-ва было составление новой коалиции в Европе и возобновление войны, то к чему напрасные предлоги и отчего бы не действовать более открыто? Как бы ни было прискорбно Первому консулу возобновление неприязненных действий, нет на свете человека, который мог бы запугать Францию, которого он допустил бы вмешаться во внутренние дела страны. И так как он сам не вмешивается в партии или мнения, которые могут раздирать Россию, то и Е. В-во И-р не имеет никакого права вмешиваться в партии и мнения, которые могут раздирать Францию… Предъявленная теперь Россией жалоба заставляет спросить: если бы в то время, когда Англия замышляла убиение Павла I, знали, что зачинщики заговора находятся на расстоянии одного лье от границы, неужели не постарались бы схватить их?»
Последний абзац ноты был воспроизведен в «Монитер». Он содержал тройное и умышленное оскорбление царя: утверждение, что Павел I умер не от апоплексического удара, а был убит, что опровергало официальный царский манифест; абсурдную инсинуацию, что заговор подготовила Англия; обвинение сына, не остановившего руку убийц. Так Александр, за прошедшие три года привыкший к мысли, что время стерло из памяти людской воспоминание об отцеубийстве, снова перед всем миром пригвожден к позорному столбу как соучастник преступления, которому нет прощения. С утонченной жестокостью Талейран нанес удар по его больной совести, разбередив незаживающую рану. В результате Александр предписывает генералу Гедувилю покинуть Петербург. В Париже русский поверенный в делах Убри тщетно пытается достичь какой-нибудь договоренности. Его нагло выпроваживают, и он вынужден затребовать паспорта.