Кутузов продолжал проводить тактику отступления, и к 3 сентября русские стояли уже под Бородино, в 72 милях западнее Москвы. Здесь Кутузов решил дать бой; к тому времени французы уже были ослаблены, большая часть снаряжения брошена. Бородинская битва состоялась 7 сентября. В тактическом отношении французы победили, потеряв, правда, 40 000 человек (включая 14 генерал-лейтенантов, 33 генерал-майора, 37 полковников — командиров частей). Русские потеряли около 50 000 человек, большинство составили пассивные потери от французской артиллерии. Сегюр, участник битвы, пишет:
…[русская кавалерия] двигалась плотной массой, в которой наши ядра прорезали глубокие и широкие борозды… Эта инертная масса просто позволяла убивать себя в течение долгих двух часов, без всякого иного движения, кроме этого падения. Это была ужасная бойня; наши артиллеристы, зная цену храбрости, восхищались слепым, непоколебимым мужеством своих врагов[130].
Несмотря на это, русские войска оказались способными отступить, сохраняя боевые порядки. Вопреки мнению большинства своих генералов, Кутузов решил отступать дальше и оставить Москву. Первая новость, достигшая Петербурга 11 сентября, была о том, что русские одержали великую победу при Бородино; на следующий день начались толки, что это не совсем так. Французы вошли в Москву 14 сентября, но обнаружили, что большинство населения бежало. Пожары пылали пять дней, возможно, начатые графом Федором Васильевичем Ростопчиным, генерал-губернатором Москвы, так что французы нашли город опустошенным.
Новость о том, что Москва взята, достигла Петербурга 21 сентября, хотя формально о несчастье было объявлено только 29 сентября. Отправиться в Казанский собор Петербурга 27 сентября, чтобы отметить одиннадцатую годовщину своей коронации, Александр решил в закрытой карете, так как опасался гнева населения. Император и его свита вошли в собор перед молчащей толпой. Екатерина, узнав плохие новости, информировала брата из Ярославля:
Взятие Москвы довело чувство гнева до высшей точки; неудовольствие проявляется в высшей степени, то же самое касается и вашей персоны. Вы громко обвиняетесь в несчастьях Вашей Империи, в ее проигрышах в общем и в частности, и, наконец, в том, что потеряли честь свою и своей страны[131].
В эти тяжелые времена Александр находит спасение в религии. Его образование не обходило религию полностью, но под руководством Лагарпа внимание уделялось воспитанию моральному более, чем религиозному. В июне 1810 Жозеф де Местр, посол Сардинии, сообщал о высказывании Александра, что «христиане — честные люди, но не служат никаким конкретным целям»[132]. Тем не менее после вторжения Наполеона Александр под влиянием своего друга Родиона Александровича Кошелева предался мистическим идеям. Еще в марте 1811 года он писал Кошелеву: «Как и вы, я полностью доверяюсь Всевышнему»[133]. Так что он уже был предрасположен к этим идеям, но война послужила стимулом для их углубления в его мышлении. Популярна история (имеющая множество вариантов) о его духовной беседе, во время которой в Петербурге он спросил своего друга Александра Голицына (позднее министра по делам религии), как он умудряется сохранять такое спокойствие во времена такого кризиса, и получил ответ, что залогом этого была вера в Бога и Святое Писание. В этот момент Библия Голицына упала на пол и открылась на 91-м Псалме. Голицын потом подарил Александру свою личную Библию. Позднее, во время посещения царем службы по уходящим войскам в соборе, он услышал чтение того же Псалма, и священник сказал ему, что его выбором чтения управлял Господь. Александр тогда заказал Библию и начал свои занятия с изучения этого псалма.
Это было время интенсивной религиозной активности в России в ответ на шок от вторжения и, в большей степени, реакцией на осквернение наполеоновскими войсками церквей. Русская православная церковь уже объявила Наполеона Антихристом в 1806 году. Сегюр, служивший в Великой армии, обвинял православное духовенство в возбуждении крестьян против французов рассказами о том, что французы были «дьявольским легионом под командой Антихриста, ужасного на вид, одно прикосновение которого оскверняло все вокруг»[134]. Другой французский участник кампании сообщал: