Талант — вещь редкая и в отсутствии профессионализма не проявляющаяся. Анатолий Степанович был профессионалом. Профессионалом высочайшего класса. Для страны большой удачей стало то, что именно такого человека руководство ВСНХ назначило на этот важнейший пост. Благодаря его организационному таланту и интеллектуальным усилиям американский опыт был всесторонне осмыслен в рамках коллектива Госпроектсроя-1 — адаптирован к советским условиям, переработан, применительно к российскому менталитету, приспособлен к техническим возможностям отечественного строительного комплекса, переведен в нормали и нормативы, зафиксирован в стандартах проектных решений, отжат до оптимальных комплектов чертежей, переведен в типоразмеры конструктивных элементов и принципы их сборки в целое, привит конкретным людям …. Анатолий Степанович сформировал основы всей системы промышленного проектирования в СССР. Хотя и изначально об этой задаче не подозревал, и потом, никогда не осознавал себя в подобной роли.
Постановление СТО от 26 ноября 1931 г. «О мероприятиях по упорядочению проектирования капитального строительства промышленности» реформирует всю существующую систему институтов и контор технологического проектирования всех отраслей промышленности, предписав сделать это на основе организационного устройства и принципов максимальной специализации, типологизации и конвейерного изготовления проектно-сметной документации, выработанной в стенах Госпроектстроя. В начале 1932 г. по образцу Госпроектстроя реорганизуются все проектные организации промышленного проектирования всех отраслей промышленности (!). Образуются единые «конторы строительного проектирования» — Машиностройпроект, Химпроект, Вузстройпроект, Сантехпроект, Водоканалпроект, Промтранспроект и др. Это настоящие проектные гиганты в своих отраслях промышленности. Один лишь Машиностройпроект, обеспечивающий потребности строительных организаций среднего и легкого машиностроения, обслуживает такие объединения и тресты, как: Союзтекстильмашина, Союзпродмашина, Дормашобъединение, Союзтранстехпром, Госшвеймашина, Союзмельмаш, Насоснокомпрессорное, Станкообъединение, Союзинструмент, Союзстроймашина, Нефтемашина, Союзформолитье, Оргаметалл, Реммаштрест, ВАТ, ВОКО, Метизобъединение, ВЭО, ВЭСО, ВОТИ, «Техника безопасности», ВОМП, ВОВИП, и «Авиационная промышленность» [20]. Сам Госпроектстрой-1 постановлением Наркомтяжпрома СССР № 119 от 21 февраля 1932 г. реорганизуется в трест Металлострой-проект, который обслуживает такие объединения тяжелого машиностроения (т. е. военно-промышленного комплекса), как: ВОМТ, Восхим, «Локомотив», Вагонотормозное, Дизельное, «Котлотурбина», ВАТО, Союзверфь, Речсоюзверфь, ВОАО, РУЖ, Снарядный трест, «Патрубвзрыв» [21].
Кстати, после этого, иностранные архитекторы оказываются ненужными и неуместными, особенно в ходе дальнейшего развертывания ВПК. Поэтому от их услуг, фактически, одновременно (по команде свыше) отказываются Металлостройпроект, Союзстандартжилстрой, Востоксоюзстрой, Союзтранстехпром и др. организации. Срок пребывания Анатолия Степановича в стенах Госпроектстря почти точно совпадает со сроком работы здесь же специалистов фирмы «Альберт Кан Инкорпорейтед». Вскоре после их отъезда (в 1932 г.) непрерывная трудовая карьера Анатолия Степановича прерывается — его арестовывают. Может быть за то, что в февральском номере итальянского журнала «DOMUS» за 1930 г. были опубликованы фотографии с двух его построек — здания лаборатории высокого напряжения и высоковольтных испытаний ВЭИ и лаборатории шерсти в Московском Текстильном институте. А может быть, за «кадетско-казацкий заговор». В НКВД его спросили «ты был кадетом?» Он ответил «да». А так как спрашивающие не особенно различали (или не хотели этого различия замечать) «кадета», как выпускника кадетского училища и «кадета», как члена партии «конституционных демократов», то под Анатолия Степановича стали «формировать дело». Больше полугода он провел в Бутырке. Потом выпустили. Но не потому, что разобрались — истина в те годы значения не имела. Анатолию Степановичу помог Виктор Александрович Веснин — написал куда-то какое-то письмо, с кем-то переговорил ….
После выхода из тюрьмы Анатолий Степанович проектирует Горьковский автомобильный завод. Для этой работы при Военно-инженерной академии им. В.В. Куйбышева создается отдельная мастерская. Создание специально под А.С. Фисенко отдельных проектных мастерских для сосредоточенной работы над особо важными объектами — характерная черта жизненного пути Анатолия Степановича — архитектурно-проектная мастерская на строительстве нового ЦАГИ в г. Жуковском (1936 — 1939 гг.), проектная мастерская Главгидропроектстроя НКВД СССР для проектирования Куйбывского гидроузла (1939 — 1941 гг.) и др.
В 1939 г. его опять арестовывают. Может быть, вновь высветилось его «кадетское прошлое», а может быть, всплыли совсем недавние «американские связи». Но его опять вытянули из застенка — и на этот раз вмешались какие-то заступники.