В начале 1930 гг., он, скорее всего, не без участия В. А. Веснина, приходит работать в Госпроектстрой. Через четыре месяца он назначается на должность заместителя заведующего архитектурным отделом и непосредственно, самым прямым и тесным образом, начинает сотрудничать с американскими архитекторами. Ему приходится заниматься не столько, собственно, архитектурным проектированием, сколько решать сложнейший комплекс конструктивных и технологических задач. За полгода, он становится «узким специалистом широкого профиля» — универсалом, способным в уме сопоставлять все взаимные требования и ограничения, которые выдвигаются со стороны смежных дисциплин и принимать единственно верные решения, которые невозможно получить в отрыве от других вопросов. В результате, в октябре 1930 г. он назначается заведующим управлением по технической части, а через год, 5 октября 1931 г. — главным архитектором Госпроектстроя — содержательным руководителем головной проектной организации ведущих отраслей военно-промышленного комплекса (машиностроительной и металлургической).
В этом назначении, свою роль сыграло и глубокое техническое образование инженера-строителя, полученное А.С. Фисенко в стенах МВТУ, которое давало возможность свободно разбираться в сложнейшем клубке требований смежных дисциплин. И накопленный к этому времени проектный опыт, позволявший видеть проблемы организации проектного дела и решать их. И свободное владение тремя иностранными языками — он оказывается одним из немногих, кто может непосредственно общаться с американцами. И умение руководить людьми, формируя из них образцовую проектную организацию, в которой отрабатываются формы бригадной работы, внутренней кооперации, стандарты оформления проектной документации и проч. В итоге, в течение шести лет, и после того, как трест Госпроектстрой-1 в 1932 г. был преобразован в Металлостройпроект, и потом, с 1933 г., когда на его базе был создан Промстройпроект, Анатолий Степанович остается в должности главного архитектора и главного инженера.
С Госпроектстроем связаны надежды руководства ВСНХ в выполнении планов первых пятилеток. На эту головную государственную проектную контору, помимо огромных объемов выпуска проектной документации, возложены функции «учебно-производственного предприятия» — «кузницы кадров». На 29-летнего молодого человека, фактически, персонально возлагается задача обобщения опыта поточного промышленного проектирования, передачи его как можно большему количеству советских архитекторов. Через Анатолия Степановича проходят все новые и новые специалисты, которые командируются в Госпроектстрой и прямо со студенческой скамьи, и из других проектных организаций. По мере обучения они переводятся в иные проектные институты, подведомственные ВСНХ и там реализуют принципы самой передовой организации проектного процесса, формирует систему массового проектного дела.
Кстати, Альберт Кан, скорее всего, не был посвящен, в «педагогическую» сверхзадачу, негласно возложенную на его фирму. Он был обескуражен постоянной «текучкой» кадров в Госпроектстрое — заменой, немного поработавших и чуть поднабравших опыт, одних советских сотрудников на других — не опытных и не квалифицированных; постоянным привлечением к работе студентов, пусть и способных, но мало что умеющих. А. Кан писал в своем письме председателю Союзстроя Н.П. Комарову: «Из 300 работников очень немногие являются опытными, большинство […] имеет небольшой стаж, а многие являются просто учениками […]. Если бы какая-либо деловая организация в Соединенных Штатах или в какой-либо другой стране имела такой состав работников, то не прошло бы и нескольких месяцев, как эта организация потерпела бы банкротство» [16]. Он не предполагал, что все это делается специально. Для того, чтобы, как можно большее количество специалистов смогло пройти обучение поточно-конвейерному способу проектирования. Но Анатолий Степанович, руководивший этой кадровой программой, прекрасно понимал потребность народного хозяйства страны в кадрах проектировщиков. Он не участвовал во всесоюзной дискуссии о рациональной организации коллективной проектной деятельности, развернувшейся в 1930 г. на страницах профессиональной печати. Он эту организацию создавал практически.
История советской промышленной архитектуры почти никогда не упоминала вместе имен Анатолия Фисенко и Альберта Кана. Несмотря на то, что технология ускоренного проектирования Альберта Кана, переработанная под руководством Анатолия Фисенко в метод поточно-конвейерного проектирования Госпроектстроя, а также разработанные здесь же основополагающие конструктивные решения и схемы компоновки промышленных узлов, а также принципы проектирования генеральных планов заводовгигантов, оказались решающими для выполнения планов первых пятилеток и базовыми для нескольких последующих десятилетий.