Прежний министр народного просвещения князь А. Н. Голицын был связан с масонами, хотел «европеизировать», «обновить» православие. Против Голицына с его «смесью веры» яростно восстал знаменитый архимандрит Фотий, который при поддержке Аракчеева добился у Александра I отставки Голицына, длительное время бывшего главным советником императора по вероисповедным вопросам. Свою министерскую задачу Шишков видел в искоренении ереси, в восстановлении чистоты православия и не боялся говорить правду императору, который мечтал о «соединении всех вер» в одном христианстве. Шишков писал Александру I, призывал его осознать свою «прежнюю ошибку», тем более, что «все и без объявления Твоего знают сию ошибку, а потому упорное пребывание Твое в оной не закроет ее от глаз людских, но только покажет, что Ты любишь себя больше, нежели общее благо».
Таков был Александр Семенович Шишков. Он очень обрадовался Аксакову, своему младшему собеседнику, которого не видел десять лет, расспрашивал его о деревенском житье-бытье и по своей простодушной недогадливости пропустил мимо ушей признание Сергея Тимофеевича, что ему нужно место в Москве с «порядочным жалованьем». Пришлось через два дня снова приехать и спросить прямо: не может ли он, Аксаков, занять место цензора? «Почему же нет? Лучшего цензора я желать не могу», — Шишков был очень рад и удивился, как это раньше он сам об этом не догадался.
Так, с лета 1827 года началось цензорство Аксакова. После десятилетнего деревенского уединения он оказался на месте довольно бойком и хлопотном, требовавшем служебной ловкости и достаточной осведомленности в современной обстановке, в том числе литературной. Впрочем, сам Аксаков, вступая в цензорскую должность, дал себе слово толковать в цензурном уставе «все в хорошую сторону», и, стало быть, не ущемлять авторов и издателей. Об этом у него в первый же день службы разгорелся горячий спор с председателем комитета князем В. П. Мещерским, который настаивал на крайне строгом следовании уставу, каждой букве его. Однако не прошло и месяца, как председатель Цензурного комитета был отстранен от должности, и Аксакову было предписано временно исполнять эту должность, что и длилось более года. На выходивших книгах значилось: «Печатать дозволяется, Москва, 1828 года (такого-то месяца, дня). В должности Председателя Московского Цензурного Комитета Сергей Аксаков».
Служба шла успешно. Литераторы, известные и начинающие, журналисты, книгопродавцы, содержатели типографии, букинисты, — все они довольны быстрым решением их дел в новом комитете (кроме С. Т. Аксакова цензорами состояли писатели С. Н. Глинка и В. В. Измайлов). Небольшие рукописи, листа в два или три, просматривались и цензуровались тут же, при авторах. Ничего подобного не знал прежний цензурный комитет, из профессоров, которым, по их ученой занятости, в тягость были посторонние обязанности, возня с кучами книг и всяким литературным «хламом». Поэтому неудивительно, что издатель «Московского телеграфа» Н. Полевой, узнав, что его журнал будет цензуровать Аксаков, попробовал было сблизиться с ним, но Сергей Тимофеевич вовсе не склонен был к такому сближению и откровенно сказал Полевому, что только как цензор он может быть в сношениях с ним и при этом вежливо добавил, что господин издатель, без сомнения, может быть уверен в скором и снисходительном удовлетворении его требований. Но этой снисходительности хватило ненадолго, вскоре начались недоразумения, красный карандаш цензора разгуливал по страницам «Московского телеграфа», приводя издателя в отчаяние… Кто из них был прав, кто виноват — об этом немало писали и говорили, но даже и те, кто держал сторону Аксакова, должны были признать, что в конфликте с Полевым не всегда прав был Сергей Тимофеевич.
Совсем иные отношения сложились у Аксакова с издателем «Московского вестника» М. П. Погодиным, эти отношения положили начало их тридцатилетней, вплоть до смерти Сергея Тимофеевича, дружбы. Аксаков вскоре уже был не только цензором погодинского журнала, но и его деятельным автором, писавшим статьи о театре, игре московских актеров и актрис, разборы спектаклей. Эти материалы вносили разнообразие и оживление в журнал, благодарный издатель к каждой книжке «Московского вестника» стал прилагать специальное прибавление по листу и по два, где помещались аксаковские вещи.