Гитлер был крайне недоволен относительной мягкостью протектора Богемии и Моравии Нейрата, который, по его мнению, либеральничал с чехами, редко применял репрессивные меры. И с подачи Бормана фюрер принял решение назначить к нему более энергичного вице-протектора. На эту роль, при поддержке того же Бормана, выдвинулся Гейдрих. С тем, чтобы остаться одновременно и руководителем РСХА. Гиммлеру подобное назначение очень не понравилось. Он понял, что общий «вес» Гейдриха в нацистской иерархии резко увеличивается. Но против Бормана рейхсфюрер идти не мог. Тот уже успел за несколько месяцев, используя свои таланты, стать «правой рукой» и «тенью» Гитлера, превратиться в незаменимого для него человека.
23 сентября фюрер вызвал Нейрата в Берлин и в очень сильных выражениях обвинил его в «недостатке» твердости, поставив в известность, что назначает ему заместителя. Нейрат не согласился и подал в отставку. Гитлер ее, по своему обыкновению, не принял. Но через несколько дней отправил Нейрата «в отпуск» (в котором он и пробыл потом два года). А Гейдрих стал формально вице-протектором, но реально получил в Чехии полную власть. 29 сентября он перебрался в Прагу, где решил проводить политику «кнута и пряника».
В качестве «пряника» он призвал чехов к сотрудничеству, предлагая те же схемы, которые использовались во Франции. А для поисков контактов с чешской общественностью Гейдрих привез «технического советника», бывшего второго человека в германской компартии Торглера. Что же касается «кнута», то 14 октября Гейдрих доложил Гиммлеру, что намерен поочередно перебрасывать в протекторат все батальоны войск СС, «чтобы производить здесь расстрелы и контролировать казни через повешение». Сообщал, что пока, за две недели, им расстреляно 153 человека и повешено 38. Когда же пражские студенты организовали демонстрацию протеста, новый вице-протектор церемониться не стал, скопом отправил всех участников, 1200 человек, в Заксенхаузен, а 9 активистов повесил.
Руководство спецслужбами Гейдрих не упускал из-под контроля. Был связан с Берлином ежедневной авиапочтой, специальными телефонными и телетайпной линиями и радиосвязью через особую сеть РСХА, вызывал кого нужно к себе или прилетал на совещания сам – в его распоряжении были два самолета, постоянно готовые к вылету. Но с переездом шефа в Прагу ответственности у начальников управлений РСХА прибавилось. Они теперь получили право докладов непосредственно Гиммлеру. Особенно это способствовало возвышению Шелленберга, который стал «любимчиком» рейхсфюрера.
У Мюллера работы тоже хватало. Он был вдобавок к прошлым обязанностям назначен «уполномоченным по вопросам восточноевропейских стран». Был повышен и в звании (возможно, Борман поспособствовал, не забыл оказанную услугу). 9 ноября 1941 г. Мюллер стал генерал-лейтенантом полиции и группенфюрером СС. Но и забот у него прибавилось, круг деятельности возрос. Он руководил созданием сети отделений гестапо на оккупированных советских территориях и ее деятельностью, отдавал приказы об «охранных» или «превентивных» арестах в самой Германии и подконтрольных ей странах.
Концлагеря и лагеря военнопленных Мюллеру не подчинялась. Приказы о депортациях в лагеря подписывали Гиммлер или Гейдрих. Но на гестапо возлагался «политический» контроль в лагерях. Представители этой организации должны были выявлять врагов рейха среди заключенных, изучать их личные дела, расследовать внутрилагерные преступления, вербовать осведомителей, отбирать кандидатов на перевод в «штрафные» лагеря или для уничтожения. Так что в терроре на советских территориях Мюллер тоже активно поучаствовал. Что ж, идеализировать его фигуру у нас нет оснований. Он и эти обязанности исполнял с присущей ему добросовестностью, основательностью и дисциплиной. А если и протестовал, то по чисто «техническим» вопросам.
Скажем, 9 ноября издал приказ для своих подчиненных в России: «Начальники концлагерей жаловались, что от 5 до 10 % советских граждан русской национальности, приговоренных к смерти, прибывали в лагеря полумертвыми либо уже умершими… При этом отмечалось, что, например, при передвижении от железнодорожной станции в лагерь значительное число их падало в обморок от истощения, умирало или было при смерти и их приходилось бросать на машины, следовавшие за колонной. Иногда очевидцами подобных сцен становились представители местного немецкого населения… С сего дня советские русские, находящиеся на грани смерти и неспособные в силу этого совершить даже короткий переход, должны исключаться из числа направляемых в концлагеря для казни».