Федор Федорович, конечно же, был человеком своего времени. Как и его предшественники, он использовал достаточно суровые меры для наведения порядка. Об этой свидетельствуют его письма, распоряжения, приказы и другие документы. В то же время он был одним из немногих, кто стал понимать, что глумление человека над человеком безнравственно. Позднее последователи передовой мысли русского офицерства, в частности декабристы, полностью откажутся от телесных наказаний солдат, чем заслужат уважение и любовь своих подчиненных. Но это будет позднее. Пока же Ушакову острое чутье и природная мудрость подсказывают, что в рамках существующих законов и правил нужно относиться к подчиненным более гуманно. Даже в его приказах, касающихся вопросов поведения моряков, дисциплины, преобладают меры убеждения.
Непременное уважение человеческого достоинства и обязательное почитание офицерской чести Ушаков сочетает с требованием неукоснительного выполнения своих приказов, что диктуется не его личными амбициями, а неумолимыми законами флотской жизни.
Опытный, беспредельно влюбленный в море, познавший все тонкости флотской службы, Ушаков в обучении и воспитании подчиненных использовал не только положительные, но и отрицательные примеры. В этом видится его удивительная способность быть настоящим наставником.
Бесценный организаторский дар Ушакова, его умение поддерживать в подчиненных боевой дух способствовали достижению крупных успехов. Один из них — победа русского флота при Корфу.
В конце января 1799 года, собрав все силы союзной эскадры, Ушаков решил атаковать Корфу с моря. Это было новшеством в борьбе с морскими крепостями, которые обычно брались только с суши после длительной осады. Общий штурм, назначенный на 18 февраля, адмирал решил начать с острова Видо, о котором он сказал: «Вот ключ Корфы».
Утром намеченного дня Ушаков дал сигнал открыть огонь двух батарей по крепостным укреплениям французов, а десанту атаковать внешние укрепления. Одновременно эскадра начала обстрел северной и восточной сторон Видо. Обрушив всю силу огня корабельной артиллерии по батареям и береговым укреплениям острова, союзники за два часа окончательно подавили их. Не прекращая огня, Ушаков приказал высадить десант во всех удобных местах. В 14 часов остатки гарнизона острова — 422 человека во главе с генералом Пивроном — сдались в плен.
Взяв Видо, Ушаков все силы бросил на овладение островом Корфу. После полуторачасового штурма были взяты наружные укрепления старой крепости. Видя безнадежное положение гарнизона, главный комиссар Директории Дюбуа и комендант крепости Шабо на следующий день прислали к Ушакову парламентера с предложением о сдаче крепости. 20 февраля был подписан акт о капитуляции. В донесениях адмирала сказано, что в плен было взято 2931 человек, захвачено 698 пушек разного калибра, линейный корабль, фрегат, бомбардирский корабль и десять мелких судов, большое количество боеприпасов и продовольствия.
Русские моряки в этих боях в очередной раз проявили самые лучшие свои качества. «Прилежнейшие наши служители, — писал Федор Федорович, — от ревности и рвения своего желая угождать мне и оказать деятельность свою и храбрость, на батареях в работу и во всех бдительностях в дождь, в мокроту и в слякоть, обмаранные в грязи, все терпеливо сносили и с великой ревностию старались обо всем рачительно и все переносили». И еще он писал: «Корфу взята нами, так сказать, великой отважностью и последними способами, каких другие употреблять не осмеливаются…»
Победу эту, к великому сожалению, в высших кругах встретили холодно и равнодушно. Ушаков искренне недоумевал и переживал по поводу такого отношения к подвигам русских моряков.
«За всем моим старанием и столь многими неусыпными трудами и рачением из Санкт-Петербурга не замечаю соответствия, — делился он своей душевной болью в письме к русскому послу в Константинополе. — Я душою и всем моим состоянием предан службе, не только о собственном каком-либо интересе, но и о себе ничего не думаю, кроме одной пользе государевой. Зависть, может быть, какая против меня действует. За Корфу я и слова благоприятного никакого не получил…»
В январе 1799 года Ушаков получил копию «с союзного оборонительного трактата высочайшего двора с Портою Оттоманскою». На основании этого «трактата» Ушаков должен был действовать в союзе с английским флотом в Средиземном море. Весной с повеления государя эскадра направилась к южным берегам Италии, на севере которой развернул победоносное наступление русских войск генералиссимус А. В. Суворов. Александр Васильевич поручил Ушакову очистить от французов Римскую область и Неаполитанское королевство. Морской десант, высаженный в мае на восточном побережье Италии, был горячо встречен местным населением. Пройдя через Апеннинский полуостров, отряд в начале июля взял Неаполь.