Мудрый и искушенный в жизни человек, Григорий Александрович, конечно, понимал, что не обладает необходимыми знаниями и опытом в таком сложном деле, как управление военно-морскими силами, и потому подбирал способных и надежных помощников, старался не вмешиваться в детали их деятельности, не стеснял инициативы, которую умел ценить и поддерживать. И неудивительно, что значительная часть писем Ушакова обращена именно к нему. В них Федор Федорович подробно рассказывает о событиях, о своих победах и потерях, если возникает необходимость, просит помощи.
Но это будет несколько позже. А пока понемногу осуществлялось его давнее желание перевестись на полюбившийся флот. Вновь и вновь он отлично проявляет себя в различных сферах деятельности, в том числе и в борьбе с чумой, которая тогда свирепствовала в Херсоне и его окрестностях. За это по ходатайству Адмиралтейств-коллегии получил незадолго перед тем учрежденный орден Владимира 4-й степени, письменную благодарность от коллегии, был произведен в капитаны 1 ранга. Имя Ушакова стало широко известно во флотских кругах.
В 1785 году он уже становится одним из организаторов в устройстве новосоздаваемого флота и обучения личного состава. По его требованию, выполнения которого он добивался неукоснительно, новичков сначала знакомили с корабельным уставом, со всеми основами корабельной службы. А потом уже шла кропотливая учеба, повседневная отработка практических навыков. Таким образом, создавалась достаточно строгая и планомерная система и методика обучения экипажей кораблей.
«Весьма важно, — писал в своих наставлениях Ушаков, — служителей обучить скорому и расторопному управлению парусов, подбирать и распускать оные, а особо брать рифы с крайней и всевозможной расторопностью, и притом необходимо надобна бережливость, чтобы паруса не драть… Господам командующим рекомендую в приобучении офицеров и служителей иметь собственный свой присмотр и каждому по долгу, кому об чем следует, давать наставление».
«Школа Ушакова» становилась понятием вполне определенным и имела широкую поддержку. Она позволяла морякам в короткие сроки приобрести расторопность, морскую сноровку, привыкнуть к напряженному корабельному ритму и должной дисциплине.
От офицеров, по его мнению, требовалась особая быстрота в оценке обстановки, в принятии решений и точность в действиях. От их знаний, практической подготовки и распоряжений зависела слаженность личного состава подразделений, а то и всего экипажа. А слаженность в выполнении команд и приказов на кораблях парусного флота имела исключительное значение.
Многое менялось и заново создавалось тогда на Юге, в том числе и на флоте. Весной 1787 года Екатерина II предприняла путешествие для обозрения Новороссии и Крыма. На Севастопольском рейде 22 мая был устроен смотр новорожденного флота, состоявшего из трех линейных кораблей, трех бомбардирских кораблей, 12 фрегатов, двух брандеров и 26 судов 2- и 3-мачтовых. Императрица осталась очень довольна их состоянием и организацией флота в целом.
После смотра последовали награды, повышения в рангах. Г. А. Потемкин получил титул Таврического, капитан 1 ранга М. И. Войнович, непосредственно возглавлявший руководство флотом, был произведен в контр-адмиралы. Ушаков, лично представлявшийся Екатерине, получил чин капитана бригадного ранга.
То путешествие дало императрице возможность не только увидеть и по достоинству оценить плоды огромного труда Потемкина и его сподвижников, но и обсудить будущие шаги по более надежному утверждению России на побережье Черного моря. Только что созданная база флота — Севастополь — была названа ею «путем в Константинополь». Это совершенно определенно свидетельствовало о характере надвигающегося времени.
Правда, ни императрица, ни Потемкин войны не желали. Они пока находили ее преждевременной, хотя и понимали всю сложность и напряженность ситуации. Российскому послу в Константинополе предписывалось всеми мерами препятствовать инстинктам враждебных держав, по возможности отдалять разрыв. Порта тем не менее предъявила ряд жестких, явно неприемлемых требований, вплоть до возвращения ей Крыма. Получив отказ, она арестовала посла. Через несколько дней отряд турецких судов совершил нападение на российские корабли. Фактически началась необъявленная война между Россией и Турцией.
Ушаков реально оценивал обстановку, но предпринять меры, которые считал совершенно необходимыми в целом по флоту, не мог. Он командовал лишь авангардом Черноморской эскадры. А Войнович осторожничал и медлил. В результате очень скоро Днепровский лиман был блокирован, херсонские верфи, где достраивались несколько больших кораблей, разорены.