Макаров был переведен на винтовую шхуну «Тунгус». Он совершил на ней плавание из Кронштадта на Дальний Восток. Одно время он выполнял обязанности старшего офицера и надеялся по прибытии стать командиром шхуны, но эта надежда не оправдалась. Макаров был уязвлен и разочарован. Перспектива служить под начальством нового командира не улыбалась ему. Снова появилась мысль выйти в отставку и перейти на службу в торговый флот, где он, с его опытом и репутацией, мог бы получить ответственную, хорошо оплачиваемую должность на большом судне. Но в это время пришла телеграмма из Петербурга: Макарова вызывали туда с предписанием поступить в распоряжение адмирала Попова.
А. А. Попов конструировал особые круглые суда, прозванные «поповками», и вытребовал Макарова для работы в области непотопляемости судов. Этот важный вопрос не пользовался тем вниманием, которого он по праву заслуживал. В одной из многочисленных статей, посвященных этой проблеме, Макаров справедливо указывал: «Несмотря на всю важность непотопляемости, корабельные инженеры, ставящие переборки — не специалисты в помпах, а механики, занимающиеся помпами, не хотят понять переборки. Флотские же офицеры считают, что это дело техники».
Настаивая на том, чтобы при постройке корабля уделялось больше внимания вопросам непотопляемости, Макаров предлагал производить испытания переборки посредством налива воды в отсеки, а не посредством простого полива переборок из брандспойта, как делалось до тех пор.
Далее, Макаров предложил выделить специальное судно для обучения личного состава борьбе с опасностью от пробоин. «Человек так создан, что он пойдет на верную смерть, если опасность ему знакома, но его пугает даже шум трюмной воды, если он к этому не привык», — писал Макаров, обосновывая свой проект.
Четыре года прослужил Макаров под начальством Попова. Груды бумаг с выкладками, чертежами и сложными расчетами, сохранившиеся от этого времени в архиве Макарова, наглядно свидетельствуют о громадной работе, проведенной им. К тому же приходилось бороться с обычной косностью и бюрократической рутиной царских канцелярий, вступать в конфликты, наживать врагов, вести чернильную войну, которую так не терпел Макаров.
«Я горжусь тем, что не получил никогда ни одной благодарности даже на словах, — писал Макаров в 1886 году, — а продолжаю настойчиво заниматься им (т. е. вопросом о непотопляемости) 15 лет».
Работать с Поповым было нелегко: будучи способным человеком и отличным моряком, он отличался в то же время необычайной вспыльчивостью, бывал резок, и для самолюбивого, прямолинейного Макарова служба у такого начальника была чревата многими горькими минутами..
Но, как известно, нет худа без добра: четыре года работы у требовательного адмирала принесли ту пользу Макарову, что он изучил во всех тонкостях судостроительное дело и судовую механику. Эти знания вскоре очень пригодились ему.
С конца 1876 года сделалась очевидной неизбежность войны с Турцией. Главное беспокойство при этом внушало положение дел на Черном море. По условиям Парижского трактата, завершившего кампанию 1855–1856 годов, Россия не имела права строить военный флот на Черном море. Правда, русское правительство воспользовалось франко-прусской войной 1870–1871 годов и отказалось выполнять впредь этот унизительный и тяжкий пункт, но за истекшие с тех пор шесть лет было очень немногое сделано в области судостроения на Черном море.
Турки имели в это время один броненосец, водоизмещением в 9 тыс. тонн, четыре броненосца по 6 тыс. тонн, один броненосец в 4 тыс. тонн, семь броненосцев по 2 тыс. тонн, семь бронированных канонерок и два монитора. Всему этому флоту Россия могла противопоставить только две «поповки» — пловучие батареи в 3 тыс. тонн водоизмещением, да несколько тихоходных деревянных корветов и паровых пассажирских судов, могущих быть приспособленными к крейсерской службе.
Макаров, имевший к тому времени уже чин лейтенанта, выдвинул смелый и оригинальный проект. Исходя из невозможности добиться в короткий срок уравнения русского флота с турецким, он предложил парализовать турецкие броненосцы угрозой минных нападений. Для этой цели он предложил использовать пароходы РОПИТ (Русское общество пароходства и торговли), обладавшие сравнительной быстроходностью. Но эти пароходы вовсе не были предназначены для таких функций; перестройка их отняла бы очень много времени. Макаров нашел выход в следующем: надо установить на пароходах паровые минные катеры, поднимаемые и опускаемые на боканцах (устройство для подъема катеров с воды и спуска на воду). Пароходы должны были подойти незаметно к вражеской эскадре и спустить катеры; совершив в темноте ночи атаку, катеры немедленно возвращаются к пароходу, и тот, подняв катеры, уходит в ближайший порт!