Именно перспектива принять участие в путешествии известного исследователя барона Э.В.Толля, наверное, удержала лейтенанта от южноафриканской авантюры. Еще во время краткосрочного пребывания в Петербурге в 1899 году Колчак пытался попасть в состав этой экспедиции, но, не получив определенного ответа, ушел на «Петропавловске» на Дальний Восток. Дошел бы он тогда до места назначения и занялся бы снова гидрологическими исследованиями или по дороге списался бы с корабля, чтобы поискать «ощущений» в Трансваале, – сказать сегодня уже невозможно; но во время стоянки «Петропавловска» в греческом порту Пирей броненосец догнала телеграмма одного из членов экспедиции, лейтенанта Ф.А.Матисена, с предложением Колчаку должности вахтенного офицера «Зари». Вопрос об откомандировании в распоряжение Императорской Академии Наук был решен по ходатайству ее президента, Великого Князя Константина Константиновича (не менее известного как поэт «К.Р.» – «Константин Романов»), которому морское министерство не стало отказывать. После непродолжительной стажировки в изучении магнитного поля Земли (кроме гидролога и строевого офицера, экспедиции требовался помощник магнитолога, кандидата наук Ф.Г.Зееберга) и краткой командировки в Норвегию, для консультаций со знаменитым путешественником Фритьофом Нансеном, Колчак 25 июня 1900 года вышел на «Заре» из Кронштадта. Началось плавание в неисследованные моря, может быть, к неизведанным землям.
«1. Надо отправить подходящее судно, – формулировал цели предстоявшей экспедиции барон Толль в 1898 году, – через Карское море и мимо мыса Челюскин в устье Лены, до удобного места зимовки на этой реке.
2. Экспедиция начнет свое плавание из устья Лены на север, снарядившись тремя или четырьмя лучшими усть-ленскими заранее заказанными собачьими нартами, небольшим числом оленей…
3. Достигнув в августе месяце Санниковой Земли и высадив экспедицию со всем ее провиантом на 2 года (на всякий случай), судно вернется к материку и по пути, проходя около берега острова Котельного, оставит на его северном конце провиантское депо на случай неудачи плавания следующего года. Затем судно вернется опять в устье Лены до места зимовки.
4. Одна партия экспедиции начнет выполнение своей задачи на Санниковой Земле, совершая на санях и лодках разные экскурсии с целью научных исследований; другая же партия строит доставленное на судне домище для зимовки.
5. Весной и летом следующего года продолжаются геологические, физико-географические и топографические работы, по возможности до острова Беннетта, а часть сотрудников экспедиции заканчивает на месте зимней станции метеорологические и магнитные наблюдения круглого года.
6. Летом того же года судно отправится вторично из устья Лены на Санникову Землю и увезет экспедицию домой, взяв на обратном пути, по возможности, новый курс по восточной стороне Новосибирских островов…»
Проект этот, как видно, проникнут непоколебимой уверенностью в том, что легендарная земля, якобы увиденная на горизонте русским промышленником Яковом Санниковым в 1811 году, существует и – более того – достижима если и не легко, то по крайней мере с разумными затратами и усилиями. Разделял ли эту убежденность начальника экспедиции лейтенант Колчак? В докладе, сделанном им в феврале 1903 года, Александр Васильевич высказывается довольно скептически: «Главная цель экспедиции состояла в обследовании части Ледовитого океана, расположенной к северу от Новосибирских островов. Вторая задача состояла в зимовке на Таймырском полуострове и обследовании этой наименее изученной арктической части Азиатского материка… Упомянутая выше часть Ледовитого океана, помимо полной необследованности, привлекала еще слухами о существовании каких-то земель, в разное время виденных промышленниками с Новосибирских островов. Слухи эти, появившиеся еще в начале прошлого столетия и распространенные промышленником Санниковым, несмотря на опровержение их лейтенантом Анжу в 1820-х годах… получили особенное значение после открытия экспедицией Де-Лонга в 1881 году острова Беннетта к северу от Новой Сибири и извещения барона Толля о сильных признаках гористой земли к северу от острова Котельного». Впрочем, сказано это было уже по окончании Русской Полярной Экспедиции, финал которой оказался трагическим…
Трудности начались с первых же шагов, хотя непреодолимыми они не были. Сравнивая плавание «Зари» с путешествиями Н.Норденшельда на яхте «Вега» (1879) и Ф.Нансена на шхуне «Фрам» (1893), Колчак писал впоследствии:
«Русская Полярная экспедиция барона Толля в 1900 г. встретила еще бóльшие препятствия; этот год был крайне неблагоприятен в смысле распространения льда, и яхта этой экспедиции “Заря” вынуждена была пробираться вплотную к совершенно не обследованным берегам западного Таймыра, встречая затруднения со стороны полного отсутствия гидрографических исследований [этих мест] не меньшие, чем от масс льда.