Скорее всего, Семенов уже имел сведения о готовившейся реабилитации, хотя оформивший ее приказ Верховного получил уже после цитированной телеграммы. Редакция приказа, однако, наглядно показала, что на уступки во имя общего дела пошел действительно Атаман, а отнюдь не Верховный Правитель. «Ознакомившись с материалом следственной комиссии по делу Полковника Семенова и не найдя в деяниях названного штаб-офицера состава Государственной измены, приказ мой от 1-го декабря 1918 года за № 61 – отменяю», – писал адмирал, фактически совершая несправедливость, ибо такая формулировка подразумевала, что инкриминировавшееся Атаману «нарушение телеграфной связи и сообщений в тылу армии» имело место (а этого вроде бы не сумел доказать никто из его противников), но заключала в себе не измену, а что-то другое (?). Не лучше был и второй параграф приказа, низводивший Григория Михайловича с должности командующего отдельной армией на роль командующего неотдельным корпусом, – и тем самым не только наносивший удар по самолюбию, но и существенно урезавший административные и дисциплинарные права Семенова. При этом уже не приходится говорить о «японской руке», якобы «принудившей» Колчака реабилитировать «мятежного Атамана», тем более что представители шести казачьих войск тогда же отмечали: «Атаман Семенов пошел с нами, казаками, вместе, отвергнув всякое иноземное посредничество». Итак, политическая победа, в сущности, осталась за адмиралом.
С «умиротворением» Семенова общий государственный порядок на территории, непосредственно подчиненной Верховному Правителю, можно было считать в целом установленным. В течение нескольких месяцев особую единицу, с административной точки зрения, представлял собою лишь Дальний Восток, возглавляемый Верховным уполномоченным Российского Правительства – генералом Хорватом. 3 декабря 1918 года указом Колчака были назначены два его помощника – генерал Иванов-Ринов по военной части и генерал Флуг по гражданской; 6 мая 1919-го Хорват в дополнение к своему посту Уполномоченного стал Командующим войсками Приамурского военного округа, а Командующим морскими силами на Дальнем Востоке был официально назначен адмирал Тимирев, фактически уже исполнявший эти обязанности. Особый статус дальневосточного региона не продлился, однако, дольше 28 июля, когда Колчак упразднил должность Верховного уполномоченного, «подчинив край общему порядку управления» (Хорвата сделали сенатором и «Главноначальствующим над русскими учреждениями в полосе отчуждения»).
«Общий» (фактически – мирного времени) порядок управления, который Колчак стремился установить на Дальнем Востоке, нашел отражение и в решении Верховного Правителя сформировать в Приморской, Амурской и Забайкальской областях и полосе отчуждения (Заамурском округе) Пограничную стражу, подчиненную, как было и в Российской Империи, министру финансов; формированием должен был руководить генерал С.Н.Люпов.
Автономией обладали также казачьи области, относительно которых грамотой Российского Правительства от 1 мая 1919 года гарантировалось «сохранение установившихся на землях казачьих войск основ войскового самоуправления», а также «неприкосновенность занимаемых казачьими войсками земель и прав их на владение и распоряжение этими землями». При этом Правительство подтверждало, что «считает незыблемым» и «образ служения» казаков, чем как будто обуславливалась сословная специфика казачества, связывающая предоставляемые права с более тяжелой, чем у остального населения, формой воинской повинности.
Правда, представители казачьих войск, объединенные в «конференцию», как будто не чувствовали себя удовлетворенными этой декларацией Правительства и претендовали на более важную роль в общегосударственном масштабе. В конце августа они представили Колчаку записку о «реорганизации власти», намечавшую как расширение состава кабинета за счет министров без портфеля для «связи правительства с представителями общественности», так и преобразование Экономического Совещания в нечто более напоминавшее парламент в полном смысле слова. Планировалось даже сделать премьер-министра (а значит, и весь кабинет) «ответственным перед особым законосовещательным органом управления». Однако Александр Васильевич подобным реорганизациям в военное время не сочувствовал, да и с вопросом автономии казачьих областей и административной структурой освобожденной части России эти проекты никак не были связаны.
Будучи провозглашенным Верховным Правителем России, адмирал должен был задуматься и о выстраивании отношений с теми областями, которые вели самостоятельную борьбу против Советской власти. Вопрос «признания Колчака» стоял весьма остро, поскольку без него любые «всероссийские» титулы были не более чем фикцией.