С другой стороны, Молодежная христианская ассоциация обвинялась в дискриминации евреев. Действительно, некоторые представители ассоциации не воздерживались от антисемитских высказываний. Так, рабочий Лиман Р. Хэйтт писал из Сибири жене, что идея о земствах замечательна, но «теперь, когда земствами управляют только евреи, ничего не осталось от прежнего курса». 20 февраля 1919 г. Е.Т. Хилд, западный штаб-секретарь ассоциации, докладывал из Омска, что, согласно рассказу военнопленного, большевистское руководство в России «отныне всецело перешло в руки евреев». С.Д. Линкс, местный старший секретарь ассоциации из штаба в Спасском, сообщал, что треугольная эмблема Молодежной христианской ассоциации «многими расценивается как составная часть еврейского знака, эмблемы масонов – указующей на ад». Он предложил свои рекомендации для будущей работы ассоциации в России: «Мы обязаны изначально признать, что мы – несектантская организация и не можем отказывать в нашем совете или помощи любому христианину или христианскому учреждению, но мы должны отказаться от содействия евреям, к чему нас обязывает наша принадлежность к христианству. Не поддерживая никаких взаимоотношений с еврейскими организациями, мы не должны принимать евреев в члены нашей ассоциации. Русские питают сильную неприязнь к евреям, которую мы не должны оглашать, но, в некоторой степени, должны уважать это чувство».
Русский офицер, служивший переводчиком в американских экспедиционных частях в Сибири, жаловался на «засилье еврейских служащих» в Молодежной христианской ассоциации. 19 февраля 1919 г. консул Харрис сообщал из Новониколаевска: «Иностранный [отдел] Российского правительства в Омске 19 февраля [1919 г.] официально обратился к Молодежной христианской ассоциации [за продлением] ее содействия русской армии. Это обращение было подготовлено после того, как правительство убедилось, что Молодежная христианская ассоциация не занимается никакой политической пропагандой. Впоследствии правительство попросило ассоциацию воздерживаться от принятия на службу российских евреев для работы в России».
Антиеврейские настроения среди рабочих Молодежной христианской ассоциации проявлялись также и в других губерниях России. Региональный директор по Минскому округу в период польской оккупации Ф.В. Ваггонер писал о бегстве польских частей из Минска: «Город был переполнен шпионами, польскими дезертирами и большевиками-евреями, стремящимися наилучшим для себя образом разворовывать добро». 22 февраля 1918 г. служивший в миссии ассоциации в Европейской России Энтони Б. Чез писал из Одессы Колтону: «В Америке я абсолютно не питал каких бы то ни было предубеждений, был даже по-дружески настроен к ним [евреям]. Но год военной работы в [России] широко [открыл] мои глаза, и с тех пор я стал способен видеть дальше собственного носа. Это самый лицемерный народ во всем мире… Снимаю перед ним шляпу. Они работают только для самих себя и своей расы – и исключения в этом правиле немногочисленны. Они общаются на любом языке, и, когда молодой секретарь Молодежной христианской ассоциации останавливается в каком-либо городе любой из стран, даже в тюремном лагере, он всегда отыщет того, с кем можно заговорить на английском языке, и будет готов работать для него. И скорее всего – опять же секретарем. Вскоре он разузнает обо всех частных делах этого человека, 50 000 рублях в банке и высоком покровителе. Какая находка! Вы не сможете выкорчевать его железным ломом. Он знает, как подольститься и пустить пыль в глаза. Привлеките христианина к работе, и еврей будет использовать свою «психологию» «самовозвеличивания», чтобы подставить его. Любой, кто превосходит способности еврея, попадет в черный список секретаря. С евреем-начальником он работает только для себя, и естественно, его не прельщает окружение, где преобладают русские мужчины и женщины, собравшиеся работать в действительно Молодежной христианской ассоциации. «X» или «Христос» не учитывается Молодежной христианской ассоциацией. Немец, русский или поляк также подминаются евреем, который становится более сильными, а русский по происхождению тем временем выбывает… Евреи заправляли [в Одессе] различными политическими партиями, направляли одну против другой, соблазняя их уничтожением друг друга, так, чтобы победившая партия, какая бы она ни была, представляла из себя очень слабую и более-менее безопасную для них же».
25 ноября 1919 г. Бракетт Льюис докладывал из Константинополя Колтону о тайных попытках открыть деятельность Молодежной христианской ассоциации на российской территории, подвластной Деникину: «В глазах российских властей наши попытки к совместной работе с большевиками – «ошибка» и «банкротство», а прослеживаемое непосредственное участие в нашей прежней работе евреев и «шпионов» поставило нас под подозрение». В целом же, конечно, Льюис был либералом. 25 октября 1922 г. он отмечал в своем владивостокском дневнике: «Я надеюсь, что русские полностью разуверились в какой-либо идее своего спасения через реакционность».