Григорий Иванович не мог сдержать негодования, когда узнал, что его помощник по интендантской части контр-адмирал Швенднер замешан в спекуляциях, связанных с поставкой военно-морскому ведомству 13 тысяч четвертей гнилой муки. Оказалось, что купец-спекулянт Киреевский был агентом и подставным лицом контр-адмирала Швенднера, который с помощью других чинов управления тайно вел крупные коммерческие операции.
Комиссия, назначенная Бутаковым, изобличила виновников. Спекулянт Киреевский был арестован, его склад опечатан. По требованию Бутакова в Николаев выехала из Петербурга "высочайше учрежденная комиссия" под председательством князя Оболенского. Казалось, справедливость торжествовала.
Но напрасны были надежды. Хотя князь Оболенский на словах и возмущался низостью преступников и обещал, что они будут сурово наказаны, но в то же время, неофициально, советовал Бутаков у "...оставить совсем в стороне произведенное уже следствие о фабрикации муки казенным поставщиком". К изумлению Бутакова, новая "высочайшая" комиссия допустила к присяге в качестве экспертов тех самых торговцев, которые принимали деятельное участие в продаже испорченной муки, т.е. людей скомпрометированных и явно пристрастных. Напротив, с членами комиссии, назначенной Бутаковым и обнаружившей воров, обошлись нарочито резко и грубо, требуя от них взять свое заключение обратно. "Просили меня о том же, - сообщал Бутаков в своем рапорте генерал-адмиралу, - намекая даже на антагонизм, в случае несоглашения моего действовать совокупно с Высочайше учрежденной Комиссией, - это раскрыло мне, к горькому сожалению, ход, который дан делу"{62}.
Комиссия постаралась прекратить разбор дела, компрометирующего некоторых высокопоставленных лиц (таких, как обер-интендант, а затем управляющий морским министерством адмирал Н. Ф. Метлин) и даже целые ведомства.
Такой исход дела Григорий Иванович воспринял с глубокой болью. "Зная, что бедное мое отечество подрываемо страшным червем взяточничества, этой повсеместной гангреной нашею, - я выбрал удобный случай, чтобы нанести, в пределах вверенного мне управления, удар всеобщему врагу..." - писал Бутаков генерал-адмиралу{63}.
Видя свое бессилие в борьбе с беззаконием и несправедливостью, Григорий Иванович просил генерал-адмирала об отставке, но просьба его была отклонена. Однако и поддержки у высшего начальства Бутаков не имел, преследования и интриги продолжались. Однажды, в связи со своей твердой принципиальной линией в деле о разборке севастопольских развалин (он и здесь боролся с бюрократами и взяточниками), Бутаков неожиданно получил от генерал-адмирала выговор за "неприличную придирчивость и за неисполнение его воли". Тем не менее Григорий Иванович продолжал решительно и смело отстаивать свои взгляды. Его письма к генерал-адмиралу, написанные с предельной откровенностью и прямотой, раскрывают истинное положение вещей в Управлении Черноморским флотом в этот период. "Прошу Вас, - писал Бутаков, - хоть на один момент заставить себя вообразить, что я действительно честный и благородный человек и составляю странное в XIX веке явление лица, не ищущего себе возвышения, с еще более странным энтузиазмом к своим обязанностям, вопреки личным интересам и не солгавшего ни слова в этих письме и записке"{64}. Он просит сообщить, нужен ли он флоту, если в нем не убывает желание бороться с мерзостью, не идя ни на какие компромиссы, и если нужен защитить его "от бюрократических (самых опасных и сильных в России) гонений"{65}.
Бутаков был убежден, что высшее начальство поймет и поддержит его в борьбе с казнокрадством и взяточничеством, наносящим огромный вред государству. Бутаков не понимал того, что шеф флота генерал-адмирал великий князь Константин лицемерил, когда обещал ему поддержку в борьбе с управляющим морским министерством Н. Ф. Метлиным.
В 1859 году Бутаков представил генерал-адмиралу "Секретную записку о положении в Черноморском Управлении", в которой дал обстоятельный анализ положения дел в морском министерстве в целом. По мнению Бутакова, министерство пришло в упадок из-за морального разложения его чиновников. Приведенные в записке факты подтверждали мысль ее автора. Бутаков понимал, что он один не в силах вести борьбу с этим злом, а обещанной реальной поддержки он не имел. "...Надо же было мне попасть на свою должность в такое время, - восклицает он, - когда все в России говорило: "Бросьте официальную ложь! Кто же после Севастопольской войны не знает, что у нас сверху блеск, в снизу гниль. Перестаньте молчать об этом..."{66}. Бутаков в конце записки просит генерал-адмирала освободить его от должности главного командира Черноморского флота и уволить в отставку, ибо "полумеры в этом отношении были бы непоследовательностью с моей стороны".