Утром 9 сентября Корнилов собрал на совет флагманов и командиров кораблей. Он высказал перед собравшимися свою мысль о том, что если англо-французская армия овладеет северными укреплениями, то даже самое геройское сопротивление не спасет Черноморский флот от гибели. Поэтому Корнилов предлагал выйти в море и атаковать соединенный англо-французский флот, стоявший у мыса Лукулл. "Когда я вошёл, - вспоминал впоследствии Бутаков, - Корнилов стоял в глубине комнаты на каком-то возвышении, и Вукотич только что говорил, что лучше выйти в море и сразиться. Тотчас за этим последовало заявление капитана 1-го ранга Зарина, что выгоднее затопить вход старыми кораблями и командами подкрепить гарнизон... Споры кончились словами Истомина к Корнилову: "Что вы прикажете, то мы и будем делать"{41}.
Предложение Зарина совпадало с директивой русского командования о заграждении входа на Севастопольский рейд путем затопления старых кораблей и об усилении обороны города за счет освободившихся команд и корабельных орудий. Выполнение этого решения сыграло огромную роль в защите Севастополя. Об этом лучше всего свидетельствует донесение французского адмирала Гамелена, отправленное им в те дни в Париж. "Если бы русские, - писал Гамелен, - не заградили входа в Севастопольскую гавань, затопив пять своих кораблей и два фрегата, я не сомневаюсь, что союзный флот после первого выдержанного огня проник бы туда с успехом и вступил бы из глубины бухты в сообщение со своими армиями"{42}.
Однако затопление кораблей, произведенное 11 сентября, еще не устраняло угрозы захвата Севастополя противником. Главная база Черноморского флота со стороны суши была практически беззащитна: Северная сторона имела одно укрепление, а семиверстная оборонительная линия Южной стороны вообще укреплений не имела, она прикрывалась 134 орудиями малого калибра, причем промежутки между батареями не были защищены.
При создавшихся условиях задача обороны города как с моря, так и с суши легла на плечи моряков и малочисленного сухопутного гарнизона. Из команд затопленных кораблей, а также из части личного состава, снятого с действовавших кораблей, были сформированы батальоны. На берег свозились орудия, строились бастионы, рылись траншеи. К 15 сентября усилиями защитников города число орудий на Южной стороне было доведено до 172, а еще через две недели - до 341.
Большую роль в системе обороны главной базы играли пароходо-фрегаты, на которые возлагалась задача артиллерийской поддержки приморских флангов оборонительной линий. Так, охрана с моря 1-го и 2-го бастионов и Малахова кургана, находящихся на левом фланге оборонительной линии Южной стороны на берегу Севастопольского рейда, была возложена приказом Корнилова от 21 сентября на пароходо-фрегаты "Владимир" и "Крым". Артиллерия этих судов, стоявших в Киленбалочной бухте, должна была обстреливать находившиеся в пределах ее досягаемости высоты, занятые противником. Район Ушаковой балки прикрывала артиллерия парохода "Эльборус", обстрел Инкерманской долины вели комендоры парохода "Херсонес".
Наиболее важным для обороны Севастополя участком был район Малахова кургана и соседних с ним 3-го и 4-го бастионов. Именно к ним англичане методически приближали свои параллели - траншеи, охватывающие непрерывной линией осажденные укрепления и располагаемые обычно в пределах досягаемости ружейного огня осажденных. Здесь же англичане возводили батареи для штурма русских позиций. Так, ночами 25 и 26 сентября они начали строить, примерно в трех километрах от Малахова кургана, две батареи, рассчитывая установить на них дальнобойные ланкастерские орудия для обстрела Малаховой башни и кораблей, стоявших в Южной бухте. Ночами 28 и 29 сентября англичане отрыли траншеи на Воронцовой высоте и Зеленой горе, расположенных в полутора километрах от 3-го бастиона.
Таким образом, на экипажи пароходо-фрегатов, стоявших в Киленбалочной бухте, возлагалась задача исключительной важности. Они должны были эффективно противодействовать осадным работам неприятеля. "Владимир" и "Крым", действовавшие под общим руководством Григория Ивановича Бутакова, с утра до вечера обстреливали вражеские траншеи, причиняя им значительные разрушения, уничтожая орудия, выводя из строя живую силу. 27 сентября Корнилов с удовлетворением отметил в письме: "Ночью было заметно движение от 1-го лагеря к Киленбалке, но бомбы "Владимира" его остановили"{43}.