Трудно сказать, насколько эффективными были эти операции для обеспечения безопасности транспортного маршрута Египет — Салоники, но в любом случае, ни один пароход союзников не подвергся атаке подводной лодки на этом участке в течение тех 4 месяцев, пока там действовали корабли Каннингхэма.
В июле на «Скорпионе» начались поломки с машинами и его командир получил приказ идти в метрополию для ремонта. Каннингхэм привел эсминец в Портсмут, где его поставили в док, и на время расстался со своим кораблем. Пробыв сутки в увольнительной, Каннингхэм вновь поспешил в Средиземное море, временно приняв командование эсминцем «Рэтлснейк». На «Рэтлснейке» Каннингхэм принял участие в операции по захвату греческого порта Пирей союзными военно-морскими силами. Флот союзников состоял из нескольких французских линейных кораблей, старого английского эскадренного броненосца «Глори», 1 крейсера, тральщиков и дюжины эсминцев — дивизион Каннингхэма из 4 кораблей типа «Бигл» и 8 французских.
В ночь на 31 августа 1916 г. эсминцы Каннингхэма и тральщики отбыли в Пирей. Их задача состояла в том, чтобы расчистить проход от мин в залив Саламис, освободить от мин акваторию залива и установить сетевые заграждения. Словом, подготовить все для безопасной стоянки флота. Руководство операцией было возложено на капитана III ранга Каннингхэма.
Траление мин непосредственно в заливе проходило в довольно напряженной обстановке, поскольку орудия береговых фортов были наведены на английские корабли и их стволы поворачивались и следовали за тральщиками и эсминцами, повторяя их передвижения по заливу. Однако открыть огонь греки так и не решились. Тральщики действовали не без проблем. Их тралы постоянно рвались и путались. К 2 часам ночи стало совершенно очевидно, что акватория не будет расчищена к сроку, поскольку прибытие флота ожидалось уже через час. Каннингхэм сообщил об этом радиограммой адмиралу де Фурие. В ответ французский командующий заявил, что его это не волнует и он собирается прибыть точно в назначенное время. Каннингхэм приказал 4 эсминцам прочесать акваторию тралами на скорости IS узлов, и как раз закончил эту работу к тому моменту, когда в залив вошел первый французский дредноут. Флот смотрелся прекрасно, когда входил в залив на большой скорости, вытянувшись в одну колонну. В колонне шли 8 линейных кораблей, в хвосте которой тащился «Глори», изо всех сил пытавшийся не отстать.
С рассветом французы приступили к захвату греческого флота и всех торговых судов на рейде Пирея. Последующие несколько дней английские эсминцы простояли в полном бездействии. Как только пришел приказ сократить число эсминцев до двух, Каннингхэм, не предвидя никаких интересных перспектив в Греции, почел для себя за лучшее отбыть.
Осенью 1916 г. «Скорпион» возвратился в Средиземное море после ремонта. Каннингхэм обнаружил его в Мудросе, стоявшим с противоположного борта угольщика, с которого грузился и «Рэтлснейк». 2 октября Каннингхэм принял командование своим прежним кораблем. За исключением старшего инженер-механика, на «Скорпионе» служили новые офицеры и новые матросы. Подавляющее большинство команды составляли резервисты и призывники, попавшие на флот только на время военных действий. Каннингхэм не любил резервистов. «Они совсем не такие», — писал он матери из Мудроса, — «жалкие людишки по сравнению с прежними, но, несомненно, скоро будет с ними все в порядке». К тому времени Каннингхэм уже обрел на флоте репутацию признанного мастера по «приведению людей в порядок». Через несколько месяцев он сделал из своих новобранцев сплоченный экипаж настоящих моряков. Свою лепту в воспитательный процесс внес и инженер-механик Ричарде. Этот маленький человечек, родом из Понтипула, если судить по его разговорам, был очень красным социалистом, но в подчиненном ему машинном отделении действовал как настоящий диктатор.
Поздней осенью 1916 г. флотилию на время отправили патрулировать у входа в Дарданелльский пролив. В ночь на 30 ноября на обратном пути в базу «Скорпиона» протаранил шедший задним мателотом «Волверайн». Вахтенный офицер последнего ошибочно принял огни на мысе Нигер за кормовые огни «Скорпиона» и, сделав ошибочный маневр, врезался в правый борт флагмана в районе носовой надстройки. В борту «Скорпиона» образовалась огромная вертикальная дыра, от полубака почти до киля. Форштевень «Волверайна» перерезал напополам трап, ведущий с нижней жилой палубы, но матросы спаслись, вскарабкавшись наверх по рваным краям пробоины.