В начале мая 1898 г. в лагере англо-египетских войск были закончены последние приготовления к решающему походу. 1 сентября передовые части Китченера уже находились всего в 10 км к северу от махдистской столицы. 40-тысячная суданская армия выступила им навстречу. 2 сентября главные силы с беззаветной храбростью атаковали войска Китченера, тысячами падая под огнем пулеметов и скорострельных винтовок. Омдурман был взят в тот же день. Суданская армия потеряла больше половины (26 тыс.) ранеными, пленными и убитыми. Сражение при Омдурмане решило судьбу независимого Судана. Халиф с остатками войска еще больше года продолжал партизанскую войну в пустыне, но это уже не имело решающего значения.
Битти принял самое активное участие в этих боях. Канонерки активно использовались для рейдов вверх по Нилу в тыл противника. Они не только обстреливали прибрежные поселения и коммуникации махдистов, но и высаживали десантные отряды, проникавшие вглубь вражеской территории. Канонерская лодка Битти приняла участие и в генеральном сражении при Омдурмане, поддерживая огнем своих пушек южный фланг войск Китченера. Много лет спустя, когда Черчилль уже в качестве морского министра встретился с Битти, они охотно предавались воспоминаниям о войне в Африке. При этом Битти, к большому удовольствию своего собеседника, очень красочно описал, как выглядела с мостика канонерской лодки атака 21-го уланского полка при Омдурмане.
С падением Хартума завоевание Судана практически завершилось, и Китченер уже считал свою миссию оконченной, когда неожиданно было получено тревожное известие о появлении в верховьях Нила, в 400 милях южнее, неизвестных туземных вооруженных формирований во главе с офицерами-европейцами. Этот вызов англо-египетскому контролю над Суданом должен был получить незамедлительный отпор. 10 сентября 1898 г. «сердар» во главе горных стрелков, двух батальонов дружественных суданцев и батареи горных пушек погрузился на суда своей незаменимой флотилии и отправился в новый поход. Канонерские лодки «Султан», «Фатех», «Назир», «Абу Клеа» и пароход «Дал», волоча на буксирах несколько барж, опять потащились вверх по Нилу. Судьба распорядилась так, что лейтенант Битти в очередной раз оказался в центре событий, получивших общеевропейский резонанс и вошедших в историю дипломатии под названием Фашодского кризиса 1898 г.
19 сентября с борта канонерок увидели форт Фашоду, над которым развевался огромный французский флаг. Как выяснилось, там обосновались 120 туземцев и 8 европейцев под командованием капитана Жана Батиста Маршана, которые проделали беспримерный марш из Сенегала, пройдя пешком почти весь Африканский континент с запада на восток. Битти, конечно же, не имел возможности принимать участия в переговорах. Он вместе с генералом Смит-Дорриентом только наблюдал за ними в бинокль с мостика «Фатеха». Они увидели, как на борт парохода «Дал» поднялся французский офицер, которого встретил сам Китченер. После церемонных поклонов, салютов и воинских приветствий они приступили к делу. «Сердар» и французский капитан громко кричали, жестикулировали и, расстелив на столе карту, все время тыкали в нее пальцами. На следующий день Китченер нанес визит французам, а Смит-Дорриен руководил высадкой войск на берег. В конечном итоге французский отряд был вынужден ретироваться перед лицом подавляющего военного превосходства. Китченер дипломатично позволил французскому флагу развеваться над Фашодой до тех пор, пока отряд Маршана не соберет пожитки и не отправится в обратный путь. Наконец 11 декабря 1898 г. на флагштоке форта взвился египетский флаг (читай — английский), и справедливость, с точки зрения англичан, была восстановлена.
Этот инцидент вызвал бурю возмущения во Франции. Самые горячие головы требовали даже начать войну. Одно время казалось, что земли в верховьях Нила для французов значат больше, чем Эльзас и Лотарингия. Однако Фашодский кризис застал Теофиля Делькассе врасплох. Он знал, что Франция не может вступить в войну, и у него оставалась единственная надежда — поставить вопрос на дипломатическую основу. Делькассе попытался заручиться поддержкой России и даже Германии, но обе попытки потерпели фиаско. Англичане же отказались вернуться к дипломатическим и юридическим спорам. Роберт Солсбери заявил: «Мы претендуем на Судан по праву завоевания, потому что это самый простой и действенный метод». Доводами Англии были Средиземноморский флот и армия Китченера; ее условием — безоговорочный отзыв экспедиции Маршана. У Делькассе не оставалось иного выбора, кроме капитуляции. Как уже говорилось, Маршан оставил Фашоду, а 21 марта 1899 г. Англия и Франция заключили соглашение, удалявшее последнюю из долины Нила.