В 1944 г. для получения атомной информации была приведена в действие имперская служба безопасности. В довоенные годы Гейзенберг старался обходить эту организацию стороной, хотя и не всегда успешно. Он часто вспоминал один нелепый случай, который привел его на Принц-Альбрехтштрассе, где помещалось гестапо. Тогда Гейзенберга допрашивали несколько раз, и особенно сильное впечатление осталось у него от фразы, написанной на стене камеры крупными буквами: "Дыши глубоко и спокойно". Тот инцидент был давно исчерпан, и Гейзенберг установил самые тесные отношения со службой контрразведки, без которых, собственно, и не мыслилось бы его руководящее положение в Урановом проекте. Абвер, армейская контрразведка, со своей стороны, питала к Гейзенбергу полное доверие. Настолько полное, что руководитель абвера адмирал Канарис 30 апреля 1943 г. назначил Гейзенберга уполномоченным контрразведки верховного командования армии по Физическому институту и лично подписал соответствующее удостоверение (заместителем Гейзенберга как уполномоченного контрразведки был К. Виртп). Не поколебала положения Гейзенберга и бурная ликвидация заговора против Гитлера в 1944 г., известного как "заговор 20 июля". Гейзенберг мог ожидать для себя очень больших неприятностей: он был знаком и постоянно общался с видными участниками заговора - генерал-полковником Беком, фон Хасселем, графом Шуленбургом, Райхвейном и др. Все они были казнены, а Гейзенберга даже не вызывали на допрос (общее число арестованных достигло 7 тыс. человек).
В ответ на просьбу Гейзенберга служба безопасности сработала очень оперативно. Совместно с сотрудниками Физического института была разработана анкета-вопросник, по которой было дано указание допрашивать в лагерях военнопленных и в концентрационных лагерях всех лиц, имевших ранее отношение к физике. Исполнительность этой службы известна, и скоро стали приходить ответы с заранее принятой условной пометкой "Уран-распад". Система оповещения об ответах на эти допросы была тщательно продумана и действовала безотказно: справки-отчеты высылались в один из отделов министерства вооружения и боеприпасов, профессору Гейзенбергу, и в зависимости от содержания - одному или нескольким институтам соответствующего профиля. Но что могли дать допросы людей, призванных в армию еще до войны или в первые годы войны? Для немецких ядерных исследований - ничего, но для разведывательных и диверсионных служб гитлеровской Германии - очень много.
По-настоящему информационная проблема была решена тогда, когда Гейзенберг обратился за помощью к промышленным фирмам. 22 ноября 1944 г. "служба специальной литературы" фирмы "Сименс и Гальске" сообщила Гейзенбергу, что она может, в частности, перепечатать все тома "Физикл ревыо" за 1942, 1943 и 1944гг. по цене всего 20 марок за том. В конце письма, имевшего, конечно, гриф "секретно", фирма напомнила: "Это дело должно сохраняться в строгом секрете. Дабы не затруднить дальнейшее поступление информации, необходимо, чтобы враги не знали о ее наличии в Германии". Вскоре такие же услуги и с теми же оговорками оказал Гейзенбергу концерн АЭГ. Полученная информация была полезной. В частности, последние реакторные сборки сооружались уже с широким использованием графита.
Однажды, рассматривая очередную почту, Гейзенберг увидел на своем столе не что иное, как советско-американский патент на "способ возбуждения и проведения ядерных процессов". Неужели долгожданная находка? Гейзенберг в нетерпении раскрыл наугад патентную заявку, и глаза сразу выхватили из текста привычные слова "тяжелая вода", "радий", "излучения"... Однако подробное ознакомление с патентом показало, что его авторы Арно Браш (Нью-Йорк, США) и Фриц Ланге (Харьков, СССР) рассматривают не процесс разделения тяжелых ядер, которым занимался Гейзенберг, а противоположный процесс - слияния легких ядер. По мысли авторов, эти процессы также должны привести к выделению большого количества энергии, но это лежало далеко в стороне от сегодняшних интересов Гейзенберга, и он с сожалением отложил патент в сторону.
В ноябре 1944 г. начальник планового управления имперского исследовательского совета Озенберг прислал Гейзенбергу на отзыв докладную записку Ф. Хильдебранда с грифом "Совершенно секретный документ командования" относительно способа, названного им "Хадубрандт", что можно перевести как "Адский пожар". Это была старая идея использования излучений для инициирования взрыва боеприпасов противника на большом расстоянии. По мнению автора, способ "Хадубрандт" должен был позволить, например, взрывать боеприпасы на подлетающих самолетах, находящихся за 20 км от цели. Невозможность технического решения этой проблемы была установлена давно, однако сейчас ее поддерживал видный чин из СС, и Гейзенбергу пришлось потратить немало времени на составление вежливого, но все же отрицательного отзыва.