Борьба за литературные принципы отразилась и в серии его переводов под общим заголовком «Автор», напечатанных в 1755 году в журнале «Ежемесячные сочинения, для пользы и увеселения служащие». Елагин был также автором перевода комедии Ж. Б. Мольера «Мизантроп, или Нелюдим», романа А. Ф. Прево «Приключения Маркиза Г… или Жизнь благородного человека, оставившего свет», который выдержал в XVIII столетии пять изданий.
Иван Перфильевич оказался в числе переводчиков программного романа об идеальном правителе Ж. Ф. Мармонтеля «Велизарий», перевод которого выполнялся по инициативе Екатерины II во время ее путешествия по Волге в 1767 году. В 1859 году в «Библиотечных Записках» была напечатана его сатира «На петиметра и кокеток».
Постепенно молодой премьер-майор стал близким ко двору великой княгини Екатерины Алексеевны и играл роль посредника между ней и Станиславом Августом Понятовским (будущим королем Речи Посполитой). В 1757 году 32-летний Елагин был произведен в полковники.
В 1758 году власти арестовали канцлера графа А. П. Бестужева-Рюмина, заподозренного в заговоре против Елизаветы Петровны в пользу великой княжны Екатерины Алексеевны. Полковника Елагина, как сторонника Екатерины и доверенное лицо Понятовского, судебным распоряжением отправили из столицы в ссылку в родовое имение под Казанью. Вскоре туда стали приходить дружеские письма от будущей императрицы Екатерины Алексеевны. В одном из них княгиня обещала: «Будь уверен, что я никогда не забуду любви и верности твоей». (Чудаковатый Елагин пользовался безграничным доверием и расположением Екатерины II до конца своей жизни.)
С ее воцарением на престол после государственного переворота 1762 года Иван Елагин немедленно был возвращен из ссылки и, несмотря на нелюбовь к нему Орловых, щедро награжден за преданность. Императрица произвела его в чин действительного статского советника, назначила на службу в Кабинет собственных дел Ее величества, сделала членом Дворцовой канцелярии («статс-секретарь для принятия прошений») и ввела в Комиссию о вине и соли. Она говорила о Елагине, что «он хорош без пристрастия».
Иван Перфильевич стал автором проекта устройства крестьян Дворцового ведомства, поданного на конкурс Вольного экономического общества в 1766 году. Кроме того, он участвовал в работе Комиссии по Уложениям.
Елагин, по-видимому, был соавтором императрицы в некоторых ее литературных произведениях, слагал стихи для ее комедий и т. д. Во всяком случае, так думал Г. Р. Державин. Скорее всего, именно Елагин написал за императрицу сказку «Жил да был мужичок» о причинах роспуска Комиссии по Уложениям, которая была напечатана в журнале Г. В. Козицкого «Всякая всячина».
Исследователи полагают, что Иван Перфильевич перевел все комедии Детуша. Ему же приписывается неизданный перевод французской комедии “Jean de France”, поставленной в 1765 году на сцене, и многое другое.
20 декабря 1766 года последовало новое назначение Елагина, вполне соответствовавшее его литературным и драматургическим наклонностям, – он получил пост директора Придворных театров и на этой должности оставил заметный след в истории развития театрального искусства в России.
Назначение совпало с реорганизацией театрального дела: впервые утверждался штат и заранее разработанный театральный репертуар, артистам назначался определенный годовой оклад, а впоследствии актерам должна была выплачиваться пенсия.
В 1774 году с помощью Елагина был учрежден русский Публичный театр в Санкт-Петербурге. Н. И. Новиков писал: «Его тщанием Российский театр возведен на такую степень совершенства, что иностранные люди ему удивляются». В руководстве театрами Ивану Перфильевичу помогали талантливые сотрудники, в том числе управляющий Русским театром В. И. Бибиков. Он по всей Европе подбирал для театра группу талантливых драматических актеров во главе с И. А. Дмитриевским и Я. Д. Шумским.
В том же 1774 году в Москве вышли четыре тетради под названием «Музыкальные увеселения, помесячно издаваемые: содержащие в себе оды, песни российские… коттильоны, балеты и прочие нотные штуки». Их составителем был И. П. Елагин. Его же стараниями в 1779 году было основано театральное училище во главе с И. А. Дмитриевским.
Кроме забот об искусстве, Иван Перфильевич также покровительствовал молодым литераторам Д. И. Фонвизину и В. А. Лукину, которые служили у него секретарями. По инициативе Елагина были впервые поставлены пьесы Фонвизина «Недоросль» и «Бригадир».
Иван Перфильевич как директор оказывал большое влияние на выбор пьес, из-за чего у него были частые столкновения с А. П. Сумароковым. Одну из ссор в 1768 году пришлось улаживать самой Екатерине II. История умалчивает о подробностях инцидента, но исследователи полагают, что здесь не обошлось без проявления непредсказуемого и чудаковатого характера Ивана Перфильевича.