Хотя советские войска в Берлине стремились к Рейхстагу, мозговой центр Третьего рейха находился в другом месте. Бункер Гитлера располагался под старой Рейхсканцелярией на улице Вильгельмштрассе, 77. Это было одно из комплекса правительственных зданий к юго-востоку от Рейхстага. Постройка бомбоубежища под Рейхсканцелярией, известного под обозначением Б207, началась в 1942 г. Оно дополняло старое бомбоубежище постройки 1936 г. и располагалось под сквером во дворе Рейхсканцелярии. Толщина перекрытий сооружения составляла 3,5 метра упрочненного бетона и обеспечивала достаточно надежную защиту от бомб. В бомбоубежище вели два входа, один из массивного сооружения во дворе Рейхсканцелярии и второй из старого бомбоубежища в подвале здания. Старое бомбоубежище получило наименование Vorbunker – передовой или «фронтовой» бункер. Бункер Б207 проектировался только как временное убежище и не предусматривал длительного проживания в нем, как это случилось волей обстоятельств. Это бомбоубежище тем более не проектировалось как центр управления войсками. Суммарная площадь помещений бункера фюрера составляла всего около 700 квадратных метров. При этом в бункере постоянно жили Гитлер и его приближенные (Ева Браун, Мартин Борман, Йозеф Геббельс, административный персонал), здесь же складировались продукты, действовал телефонный узел и проводились совещания. По воспоминаниям очевидцев, во всех помещениях бункера оставались голые бетонные стены, источавшие запах мокрого цемента. Постоянным звуковым фоном в бункере был равномерный гул системы вентиляции. В этом негостеприимном месте Гитлер оставался до самого конца. Ставка Верховного главнокомандования вермахта 20 апреля покинула Берлин и перебралась в Голштинию.
Готовил Берлин к обороне с января 1945 г. штаб III военного округа. 6 марта 1945 г. комендантом Берлина был назначен генерал-лейтенант Гельмут Рейман. Это был достаточно опытный военачальник. Рейман участвовал в войне с СССР с июня 1941 г., в 1944 г. командовал 11-й пехотной дивизией, воевавшей в районе Нарвы и Риги. Был награжден Рыцарским крестом и Дубовыми листьями. Задачу Реймана нельзя было назвать простой: основные усилия командования группы армий «Висла» были сосредоточены на укреплении обороны на Одере. В распоряжении коменданта Берлина были только 92 батальона фольксштурма и отдельные части. Вообще сражение за Берлин характеризуется участием в нем целого «зоопарка» различных немецких частей. В частности, только 1-я гв. танковая армия по опросам пленных выявила среди противостоявших немецких войск около 70 (!!!) различных частей и подразделений. Среди них были батальоны фольксштурма, полицейские участки, полицейские группы по откапыванию засыпанных после бомбардировки, охрана Берлинской тюрьмы, батальон шоферов, батальоны связи, строительные батальоны, батальон аэродромной комендатуры, крепостные противотанковые и пулеметные батальоны. Немецкая армия в Берлине была словно вывернута наизнанку, в бой пошло множество вспомогательных и учебных подразделений.
Система подготовки города к обороне была достаточно типичной для немецких «фестунгов» – массивные баррикады, подготовка зданий к обороне. Баррикады в Германии сооружались на промышленном уровне и не имели ничего общего с грудами хлама, которыми перегораживают улицы в период революционных волнений. Берлинские баррикады, как правило, имели 2–2,5 метра в высоту, 2–2,2 м в толщину. Сооружались они из дерева, камня, иногда рельс и фасонного железа. Часть улиц была полностью перегорожена баррикадами, не было оставлено даже проезда. По основным магистралям баррикады имели 3-метровый проезд, подготовленный к закрытию вагоном с землей, камнем или другими материалами. Подходы к баррикадам минировались. Все железнодорожные и автогужевые путепроводы были забаррикадированы. Подходы к мостам через каналы и выходы с мостов также имели баррикады. Одной из «находок» в обороне Берлина была танковая рота «Берлин», состоявшая из неспособных к самостоятельному передвижению танков. Они были вкопаны на перекрестках улиц и использовались как неподвижные огневые точки. Всего в состав роты «Берлин» входили 10 танков «Пантера» и 12 танков Pz.IV.
Однако подготовившему город к обороне генералу Рейману не суждено было войти в историю в роли защитника немецкой столицы. 23 апреля Гитлер заменил Реймана на 27-летнего подполковника Эриха Беренфенгера, кавалера Рыцарского креста с мечами и Дубовыми листьями. Считалось, что энергичный подполковник лучше седовласого генерала. Однако в конечном итоге был сделан выбор в пользу генерала. С 24 апреля комендантом Берлина был назначен командир отошедшего на улицы города LVI танкового корпуса генерал артиллерии Гельмут Вейдлинг. Командный пункт Вейдлинга расположился в башне ПВО в Зоологическом саду.
По приказу Вейдлинга дивизии его корпуса постепенно распределились по секторам обороны города. Те сектора, которым не хватило регулярных частей, занимались сводными группами и фольксштурмом. В итоге к 25 апреля силы обороны были разделены следующим образом: