Новый вариант мобилизационного плана Генеральным штабом Красной Армии был подготовлен к сентябрю 1940 года. В соответствии с этим планом численность Красной Армии предлагалось довести до 10 миллионов человек и иметь 209 стрелковых дивизий, 9 механизированных корпусов, 20 танковых дивизий, 9 моторизованных дивизий, 79 авиационных дивизий. Но даже при беглой проверке выявилась его недостаточная согласованность с другими руководящими документами, поэтому переработка мобилизационного плана затянулась до февраля 1941 года, а утверждать его пришлось уже новому начальнику Генерального штаба Г.К. Жукову. Однако и этот план не получил одобрения со стороны политического руководства страны. Были у него противники и в высших военных кругах, которые считали необходимым иметь значительно большее количество крупных механизированных соединений.
Важнейшим оперативным документом являлся План стратегического развертывания Вооруженных Сил СССР в случае войны, разработанный Генеральным штабом, в основе которого лежали «Соображения об основах стратегического развертывания Вооруженных Сил СССР на Западе и Востоке на 1940 и 1941 гг. от 18 сентября 1940 года». Для отражения противника, готовящегося нанести удар на Украине, нарком обороны С.К. Тимошенко и начальник Генерального штаба К.А. Мерецков предлагали главные силы Красной Армии на западе развернуть «к югу от Брест-Литовска, с тем, чтобы мощным ударом в направлении Люблин и Краков и далее на Бреслау (Братислава) в первый же этап войны отрезать Германию от Балканских стран, лишить ее важнейших экономических баз и решительно воздействовать на Балканские страны в вопросах участия их в войне; или к северу от Брест-Литовского с задачей нанести поражение главным силам германской армии в пределах Восточной Пруссии и овладеть последней».
План прикрытия государственной границы. А.М. Василевский в своей книге «Дело всей жизни» пишет, что работу над Планом прикрытия государственной границы он начал с середины апреля 1940 года. При этом он признается, что «главное к тому времени уже было выполнено. В течение всех последних лет подготовкой плана непосредственно руководил Б.М. Шапошников, и Генштаб к тому времени завершил его разработку для представления и утверждения в ЦК партии».
К.А. Мерецков в должности начальника Генерального штаба особенно не усердствовал. Поэтому в Плане прикрытия государственной границы, разработанном в связи с присоединением к СССР в конце 1939-го – начале 1940 годов новых территорий, было обнаружено немало недостатков. Их устранением занимались Н.Ф. Ватутин, Г.К. Маландин и М.В. Василевский. Последний пишет, что этот проект и план стратегического развертывания войск Красной Армии докладывались непосредственно И.В. Сталину 18 сентября 1940 года в присутствии некоторых членов Политбюро ЦК партии. От Наркомата обороны план представляли С.К. Тимошенко, К.А. Мерецков и Н.Ф. Ватутин. Генеральный штаб считал, что главный удар противника может быть нанесен по одному из двух вариантов: к югу или к северу от Брест-Литовска (Бреста). Таким образом, поставить окончательную точку в этом вопросе должен был И.В. Сталин.
При рассмотрении этого плана, как пишет А.М. Василевский, ссылаясь на свидетельства К.А. Мерецкова (сам Кирилл Афанасьевич об этом ничего не пишет), И.В. Сталин высказал мнение, что главный удар в случае войны германские войска нанесут на Украине. Поэтому Генеральному штабу было поручено разработать новый план, предусмотрев сосредоточение главной группировки советских войск на Юго-Западном направлении.
5 октября 1940 года План стратегического развертывания Советских Вооруженных Сил был рассмотрен руководителями партии и государства. В ходе обсуждений было признано целесообразным еще раз подчеркнуть, что основная группировка советских войск должна быть развернута на Юго-Западном направлении в полосе Киевского Особого военного округа, в связи с чем предполагалось еще больше усилить состав войск этого округа.
Доработанный с учетом полученных замечаний развертывания РККА у западных границ СССР план был представлен на утверждение ЦК ВКП(б) и Правительству 14 октября 1940 года. Все вопросы, касающиеся Наркомата обороны и Генерального штаба, должны были быть сняты не позднее 15 декабря 1940 года. С 1 января 1941 года к разработке соответствующих планов должны были приступить штабы военных округов.
Но в конце 1940 года была получена новая информация о подготовке Германии к войне на востоке и о группировке ее сил и средств. На основании этого, по признанию А.М. Василевского, «Генштаб и в целом наше Оперативное управление вносили коррективы в разработанный в течение осени и зимы 1940 года оперативный план сосредоточения и развертывания Вооруженных Сил для отражения нападения врага с запада». При этом предусматривалось, «что наши войска вступят в войну во всех случаях полностью изготовившимися и в составе предусмотренных планом группировок, что отмобилизование и сосредоточение войск будет произведено заблаговременно».