Литерные поезда были подготовлены к 23:00, но с выездом из Могилева возникли проблемы. Генерал-квартирмейстер Ставки считал невозможным отправку поездов до 6:00 28 февраля (13 марта) без предварительной подготовки1. Тем не менее в 12 часов ночи император проследовал на вокзал. Для многих это было неожиданно и в штабе сразу же поползли слухи об отречении Николая II в пользу великого князя Михаила Александровича: «Ставка была ошеломлена в полном смысле этого слова»2. На станции, уже в своем поезде, император принял с докладом Н. И. Иванова, дав ему фактически диктаторские полномочия: члены правительства обязаны были «беспрекословно» выполнять все требования генерала3. Но чем ближе была минута отправления, тем менее Николай II был уверен в успехе своей экспедиции. Ряд сотрудников Ставки – прежде всего Бубнов и Базили – в частных разговорах убеждали его в том, что самая важная задача момента заключается в опасности гражданской войны, которую надо избежать любой ценой4. Можно сказать, что он вообще не торопился с отъездом, понимая, что выделенного ему батальона до подхода войск с фронта будет недостаточно для выполнения поставленной задачи. Кроме того, генерал понимал, что в случае если войска останутся лояльными, то, как он сказал позже, «можно… десятки тысяч положить»5. Но в Ставке он мотивировал свою неторопливость нежеланием нарушать график железнодорожного снабжения фронта продовольствием и боеприпасами.
В 5 часов утра 28 февраля (13 марта) императорский поезд отправился из Могилева на Петроград6. Его путь шел через Оршу, Вязьму, Лихославль. Вслед за ним отбыл эшелон генерала Иванова, он следовал в направлении на Петроград через станцию Дно. Перед отъездом Иванов говорил по аппарату Юза с Хабаловым: тот уже не контролировал положение в столице7. Утром 28 февраля в его распоряжении оставалось около 600 пехотинцев и 500 кавалеристов при 15 пулеметах и 12 орудиях. Снарядов было только 80. Достоверной информации о том, что происходит в городе, не было, ясно было одно – он уже контролируется властями8. В отряде Хабалова царило подавленное настроение, генералы начали терять контроль над своими подчиненными9. Днем 28 февраля (13 марта) войска, находившиеся в Адмиралтействе, получили просьбу морского министра очистить здание. В случае отказа мятежники обещали обстрелять отряд Хабалова из уже потерянной властями Петропавловской крепости. Его солдаты не имели продовольствия и почти не имели боеприпасов, пробиться через город, действуя холодным оружием, было явно невозможно, да и Хабалов не верил в успех такого прорыва. В пребывании в здании Адмиралтейства не было уже никакого смысла.
В результате было принято решение разойтись мелкими группами. «Просто разошлись, – говорил Хабалов на допросе, – постепенно, оставив орудия… Сдачи не было. Кому же сдаваться? Сдаться можно было, если бы были войска, а тут кому было сдаться? Сдаться было некому. Но и выйти вооруженными, так как стреляли, нельзя было»10. В 12 часов дня Адмиралтейство было очищено11. Оставшиеся в здании старшие офицеры и генералы собрались на 3-м этаже, в чайной, ожидая своей участи. Здесь они и были арестованы12. Бывшего командующего Петроградским округом задержала толпа нижних чинов, перешедших на сторону революции, которые осматривали последний оплот правительства13.
Так как император отдал распоряжение о подчинении всех министров Иванову, назначенному главнокомандующим Петроградским военным округом, то Николай Иудович просил проверить точность этого распоряжения, сделанного устно, по телеграфу. Алексеев ответил, что в этом нет необходимости, однако распоряжение Николая II фактически не выполнил. Начальник штаба смог известить об этом только военного министра. Алексеев предоставил Иванову исключительно полномочия введения военно-полевого суда. Иванов не стал настаивать, так как на следующий день надеялся встретиться с императором в Царском Селе14. Днем император распорядился выделить в его распоряжение наиболее надежный батальон крепостной артиллерии Выборга и два таких же батальона из Кронштадта15. В 15:00 поезд Николая II был в Вязьме, в 21:27 – в Лихославле. К утру он надеялся быть в Царском Селе. Но на станции Малая Вишера была получена информация, что близлежащие станции – Любань и Тосно – заняты революционными войсками, имевшими на вооружении пулеметы. Поезд повернул на Старую Руссу: чем дальше от столицы, тем более спокойной была обстановка. Встретившийся поезду воинский эшелон, следовавший на фронт, приветствовал поезд императора гимном и криками «Ура!»16.