В этот период, т.е. в 1943 году, Николай Михайлович Афанасьев победил в конкурсе по разработке предохранителя от так называемого «двойного заряжания» 82-мм и 120-мм миномётов. Дело в том, что, когда стрелок ведёт огонь с высокой скорострельностью из миномёта, при ошибочном заряжании одного и того же ствола второй миной случался разрыв миномёта, что влекло за собой гибель и увечья окружающих. Конструкция предохранителя Афанасьева, отличавшаяся простотой и высокой надежностью, спасла немало солдатских жизней. В 1944 году началось их серийное производство, в том числе и на Тульском машиностроительном заводе. Эта проблема была актуальна не только для России. Во второй половине 1944 года наши союзники, американцы, через Наркомат иностранных дел СССР изъявили желание купить лицензию на производство предохранителя Афанасьева, но им было отказано в этом. Позже, вспоминая последние годы войны, Николай Михайлович рассказывал, что видел на документе резолюцию самого Сталина: «Отказать». Это устройство было создано впервые в отечественной практике и стало первой разработкой, принесшей славу Н.М. Афанасьеву. В России основы данной разработки используются в миномётах по сей день.
Осенью 1945 года Н.М. Афанасьев демобилизовался и был направлен на работу в СКВ г. Коломны.
В Тульское Центральное конструкторское бюро № 14 Николай Михайлович приехал в феврале 1948 года. Вслед за появлением реактивных самолетов возникла необходимость в новом авиационном вооружении. В 1949 году, разрабатывая 12,7-мм авиационный пулемёт, Николай Михайлович предложил конструктивную схему автоматики газоотводного типа с ударным ускорительным механизмом досылания и клиповым запиранием. Эта схема стала важным этапом во всей истории развитии автоматического оружия газоотводного типа. Она позволила в 1,5 раза увеличить темп стрельбы без повышения скорости ведущего звена автоматики и высокую надёжность работы оружия. Начальник ЦКБ-14 И.Ф. Дмитриев, оценив новую схему, развернул работы по созданию высокотемпных авиационных пушек различных калибров по схеме Афанасьева. Для работы были подключены лучшие силы КБ: А.А. Волков, Н.Ф. Макаров, С.А. Ярцев, Г.И. Никитин, П.Г. Якушев, А.А. Булкин и другие. В результате ЦКБ-14 разработало по предложенной схеме 11 изделий, большинство которых было принято на вооружение и составило основу огневой мощи авиационной и зенитной артиллерии послевоенного периода.
В сентябре 1953 года был принят на вооружение вертолётов 12,7-мм авиационный пулемёт конструкции Афанасьева А12,7 с темпом стрельбы 800—1000 выстрелов в минуту; он устанавливался на вертолётах Ми-4, Ми-16 и самолётах Ли-2, Як-18, МИГ-17У, МИГ-19У, МИГ-21У.
В 1954 году на вооружение наших Военно-воздушных сил поступила 23-мм авиационная пушка АМ-23 конструкции Афанасьева Макарова (Николай Фёдорович Макаров, соавтор Афанасьева, — конструктор знаменитого «пистолета Макарова», по сей день являющегося табельным оружием офицеров Вооружённых Сил России и Министерства внутренних дел. — Авт.-сост.). Прототипом пушки АМ-23 был 12,7-мм пулемёт Н.М. Афанасьева. Ещё до принятия на вооружение этого пулемета в конструкторском бюро полигона были начаты работы по созданию авиационной пушки с автоматикой типа А-12,7 под мощный 23-мм патрон пушки ВЯ конструкции Н.М. Афанасьева и Н.Ф. Макарова. После наземных и лётных испытаний пушек в 1951 году был выбран вариант пушки под патрон НС-23 как более подходящий по своим габаритам и весу для размещения на подвижных установках самолёта. Пушка под патрон НС- 23 успешно выдержала конкурсные испытания и в мае 1954 года была принята на вооружение под названием АМ-23.