С 1970 года Е.В. Золотов — член-корреспондент Академии наук СССР в системе Дальневосточного научного центра АН, а в 1987 году он был избран в действительные члены АН СССР. На работу в Дальневосточный научный центр он был приглашён для создания и развития в регионе научных институтов физико-математического и технического профиля. Эту непростую задачу он выполнил с присущими ему системностью, размахом и эффективностью.
В 1970—1980-е годы Евгений Васильевич являлся членом, а затем заместителем председателя Президиума Дальневосточного научного центра Академии наук СССР, председателем Совета по физико-математическим и техническим наукам ДВНЦ АН.
В 1981—1990 годах, т.е. до самой кончины, Евгений Васильевич — организатор и директор Вычислительного центра Дальневосточного научного центра Академии наук СССР. К образованию его 1 июля 1981 года на базе математических подразделений Хабаровского КНИИ ДВНЦ АН СССР как нового самостоятельного научно-исследовательского института привели необходимость развития вычислительной математики, современных средств вычислительной техники и передачи данных. В недрах Вычислительного центра ещё при жизни Е.В. Золотова созрели и обрели самостоятельность ряд новых институтов и научных подразделений нынешнего Дальневосточного отделения Российской академии наук. Так, в 1988 году на базе Владивостокского отдела Вычислительного центра был организован Институт прикладной математики в г. Владивостоке, а в 1989 году — Хабаровское отделение Института прикладной математики, основу которого также составили сотрудники Вычислительного центра. Кроме того, в 1990 году на базе отдела Вычислительного центра в Комсомольске-на-Амуре был образован Институт машиноведения и металлургии Дальневосточного отделения Российской академии наук. В Хабаровске на пересечении улиц Дикопольцева и Ким-Ю-Чена стоит трёхэтажное здание. На его фасаде установлена мемориальная доска академику Евгению Васильевичу Золотову, организатору и первому директору Вычислительного центра Дальневосточного отделения Российской Академии наук.
В Хабаровске и Владивостоке Е.В. Золотов создал пять академических лабораторий математического профиля, привлёк перспективных учёных к руководству ими. Основу научного коллектива составили молодые выпускники дальневосточных и сибирских вузов, которые под руководством известных учёных из Москвы, Киева, Ленинграда, Новосибирска — Н.В. Кузнецова, И.П. Кузнецова, А.И. Кондратьева, О.И. Берёзкина, В.Д. Степанова и других — успешно развивали исследования по важнейшим теоретическим направлениям, не забывая о прикладных разработках.
Из молодых сотрудников института и учеников Е.В. Золотова, многие стали докторами и кандидатами наук. А нынешний директор Вычислительного центра ДВО РАН Сергей Иванович Смагин и заведующий отделом Владимир Дмитриевич Степанов избраны членами-корреспондентами Российской академии наук.
Е.В. Золотову во многом обязаны своим становлением Дальневосточные математические школы-семинары для молодых учёных. Эти школы не только сыграли важную роль в становлении вычислительного центра, но и стали катализатором развития математических исследований во всём Дальневосточном регионе. На этих школах молодые учёные Дальнего Востока получали уникальную возможность общения в неформальной обстановке с ведущими учёными нашей страны.
Евгений Васильевич активно занимался разработкой методов планирования и управления, осуществлял научное руководство по решению задач системного анализа, работал над проблемами диагностики в медицине, участвовал в работах по применению аэродирижаблей в дальневосточном транспорте.
Он был главным конструктором дальневосточной сети вычислительных центров СССР. В начале 1990-х годов Академсеть создавалась как вычислительная сеть многоцелевого назначения. Был сформирован опытный участок Владивосток—Хабаровск—Новосибирск; первую очередь рабочей зоны сети представили четыре института ДВО АН СССР, расположенные в Хабаровске, Владивостоке, Благовещенске и Магадане. Преждевременная смерть большого энтузиаста этого проекта, заместителя директора Вычислительного центра ДВО АН СССР В.В. Дробницы, помощника Е.В. Золотова, и прекращение финансирования не дали возможности закончить данный проект.