Официальный отчет комиссии Уоррена резко критиковал ЦРУ, ФБР и полицию Далласа за то, что они не смогли предотвратить гибель президента. В докладе, в котором было множество неточностей, противоречий и ошибок, комиссия, тем не менее, дала однозначное заключение, что заговора против президента не было. Однако даже сегодня по поводу убийства Кеннеди существует множество теорий заговора, в которых обвиняются кубинцы, русские и американцы, действовавшие, согласно одним теориям, сообща, согласно другим — в одиночку. Одна из существующих версий такова: американец Ли Харви Освальд был использован кубинской спецслужбой с подачи КГБ. Согласно этой теории президент США был убит в отместку за попытки его администрации организовать покушение на Фиделя Кастро. Якобы убийство инспирировал и оплатил сам Кастро, для которого это был отчаянный шаг самозащиты. Сторонники этой версии считают, что роль «кубинцев» в самом сенсационном убийстве XX века была известна преемнику Кеннеди Линдону Джонсону, но он предпочел замять кубинский «след», опасаясь, что в противном случае общественное мнение США заставит его вторгнуться на Остров свободы, а это будет чревато угрозой ядерного конфликта с СССР. Джонсон, возможно, также опасался, что кубинская версия приведет к «правому бунту» в Америке, который на два поколения закроет демократической партии путь к власти. Секретарь Линдона Джонсона Джозеф Калифано опубликовал в своих мемуарах слова Джонсона, который якобы сказал ему: «Кеннеди пытался прикончить Кастро, но Кастро его опередил». Именно поэтому следователя ФБР Лоуренса Кинана, посланного в Мехико сразу же после убийства Кеннеди, чтобы исследовать версию о возможном кубинском «следе», отозвали через три дня обратно, а расследование прекратили. Есть предположения, что Освальд был использован заговорщиками как «козел отпущения», т. е. он принял участие в покушении, полагая, что покушение готовится на губернатора Техаса Конн ели (тот получил тяжелые ранения, но выжил). Освальду якобы было поручено стрелять в губернатора Коннели, что он и сделал, а Кеннеди получил смертельную пулю от другого снайпера. Эксперты уверяли, что так и не смогли с достоверностью определить — был ли убит президент пулями, выпущеными из винтовки Освальда. Но о том, что выстрелы были слышны не только со стороны склада — сзади по движению кортежа, а также спереди и сбоку, свидетельствовали многие очевидцы трагедии.
В таинственной картине убийства американского президента маячил еще один след — советский. По одной из версий, Освальд прошел обучение в КГБ, которое и заказало ему убийство Кеннеди. Известно, что в период своего проживания в Белоруссии Ли Харви Освальд действительно находился под плотным «присмотром» КГБ. Однако серьезных подозрений в том, что он был профессионально связан с КГБ, нет. После внимательного изучения образа жизни и поведения американца в КГБ пришли к выводу, что использовать его в качестве агента, который бы работал на советскую разведку в США, нецелесообразно. Известно, что документы, касающиеся Освальда, которым занималась внутренняя служба Комитета безопасности СССР, вскоре после убийства Кеннеди были переданы Соединенным Штатам. КГБ прежде всего хотел исключить подозрения в том, что Освальд был связан с органами безопасности СССР. Поэтому версия об Освальде как некой фигуре, использовавшейся КГБ, имеет место (как и множество других), но не выглядит правдоподобной. Советское руководство тех лет при всех его недостатках вряд ли могло принять такое «самоубийственное» решение. Все понимали, что убийство президента США — это объявление войны. Поэтому СССР последовательно проводил линию на привлечение внимания мировой общественности в убийстве Джона Кеннеди консерваторов, а также к возможному участию в этом вице-президента Л. Джонсона, спецслужб США, в частности, ЦРУ и ФБР, кубинских эмигрантов, которые были на прямой связи с ЦРУ, и воротил военно-промышленного комплекса. Эти версии активно прорабатывались и внедрялись в массовое сознание органами КГБ СССР. В ГБ умело пользовались всякого рода слухами, домыслами, придавая им некий характер версий, которые требовали рассмотрения и будоражили общественное мнение.