На четвертый день допросов израильтяне стали готовить операцию по вывозу нациста из Аргентины. Чтобы избежать проблем с паспортным и таможенным контролем, сотрудник опергруппы Рафаэль Арнон, якобы попавший в автомобильную аварию, был помещен в больницу. Он начал «выздоравливать» утром 20 мая и сообщил врачам, что хотел бы вернуться на родину. Медики выдали «пострадавшему» выписку из больничной карточки, а также документы, разрешающие ему лететь на самолете. На конспиративной квартире фотографию Арнона заменили на фото Эйхмана, накачали нациста транквилизаторами (он практически не понимал, что происходит), одели в форму служащего авиакомпании «Эль-Аль» и доставили к самолету. Члены опергруппы, получившие фальшивые документы на выезд, старательно изображали подвыпивших гуляк. Охранников аэропорта быстро убедили, что это — запасной экипаж лайнера, который мечтает завалиться поспать. (По другой версии, Эйхмана подвезли к самолету в инвалидном кресле, выдав его за тяжелобольного богача, который пожелал закончить свои дни в Земле обетованной). Через несколько минут самолет поднялся в воздух, а 22 мая в 7.00 он приземлился уже в Израиле. Несколькими минутами ранее Бен-Гурион объявил в кнессете, что Эйхман арестован и будет в Израиле предан суду за военные преступления.
На время следствия для содержания этого обвиняемого выделили целый тюремный комплекс в окрестностях Хайфы, откуда спешно перевели всех заключенных. Степень безопасности, которую обеспечил МОССАД, превосходила все ожидания. Арестованного охраняли более 30 сотрудников специального «бюро 06», подразделение пограничной милиции, большое число охранников и надзирателей. При этом ни у кого из них не должно было быть родственников, погибших в результате Холокоста (этим исключался мотив личной мести). Пленник ни на мгновение не оставался в одиночестве, в его камере никогда не гасили свет, а в ночное время, когда нацист накрывался одеялом с головой, каждые полчаса охранник проверял, не решил ли Эйхман свести счеты с жизнью. Дважды в день полицейский врач обыскивал его с головы до ног. Работники спецслужб признавались, что пережили едва ли не самое тяжелое для себя время: если бы нацист умер, никто в мире не поверил бы в его самоубийство! Тем временем, следственная группа перерывала горы документов Нюрнбергского процесса, получала огромное количество сведений из-за рубежа. Объем обвинений рос пропорционально объему доказательных материалов. Допросы наци заняли 275 часов; протоколы, составившие 3564 страницы, дали возможность следователям узнать об арестованном гораздо больше, чем он хотел.
Суд над автором «окончательного решения еврейского вопроса» длился с 11 апреля по 14 августа 1961 года. В зале, где слушалось дело, подсудимого держали в камере с пуленепробиваемыми стеклами. Защиту преступника, кстати, оплатило само государство Израиль. СМИ констатировали: процесс над Эйхманом был «поучительно корректен». Странно, но факт: нацист не проявлял ни скорби, ни раскаяния, ни вражды. Во время судебного процесса Адольф Эйхман пытался доказать, что являлся всего лишь маленьким винтиком в огромной машине, банальным рядовым исполнителем приказов, который не может нести ответственности за преступления гитлеровцев. Подсудимый не понимал, почему еврейский народ ненавидит его. По мнению Эйхмана, ответственность за уничтожение шести миллионов жизней должен нести кто-то другой. Ведь он не был юдофобом или антисемитом, лично не убил ни одного человека, и область его ответственности «заканчивалась перед воротами лагеря»! Отбор на принудительные работы, убийство и сжигание трупов не относились к компетенции шефа Четвертого отдела. Однако Эйхман понимал, что не избежит ответственности, хоть и не уставал твердить: на его руках нет крови. Наци признавал себя виновным лишь в «пособничестве убийствам», говорил, что внутренне свободен, пощады не просил (ему это не подобало). Он объявил даже о своей готовности, если это будет означать еще большую меру покаяния, «показать устрашающий пример всем антисемитам этого мира — публично повеситься». И все же гестаповский демагог слишком любил жизнь. Эйхман просил дать ему возможность перед самоубийством. написать книгу — предупреждение на страх «нынешней и будущей молодежи». Однако, учитывая количество совершенных шефом Четвертого отдела и его соратниками преступлений, в случае разрешения заняться «литературной деятельностью» подсудимый рисковал дожить до возраста Мафусаила.