Следствие над Фуке началось только в марте 1662 года. В Венсенн для допроса приехали комиссары Понсе и Ренар, а также Жозеф Фуко. Во время дознания и суда многие документы, которые могли свидетельствовать в пользу обвиняемого, были изъяты, либо на них намеренно не обратили внимания. По приказу канцлера Сегье секретари допускали в протоколах неточности, записывали не все ответы обвиняемого.
Первоезаседание суда состоялось 14 ноября 1664 года. На этом и последующих судебных заседаниях присутствовала госпожа де Севинье, которая ненавидела Кольбера и сочувствовала Фуке. Она оставила письма, в которых описала поведение подсудимого. Первое время бывший суперинтендант держался уверенно. Он отказался давать присягу суду, так как не признавал законность Уголовной палаты, сформированной по настоянию Кольбера специально для суда над ним. На заявление судьи о законности Палаты, основанной королевским указом и утвержденной парламентом, Фуке, по свидетельству госпожи де Севинье, ответил, что «властями нередко делаются вещи, которые, спустя какое-то время, оказываются несправедливыми». Далее свидетельница процесса писала: «Господин председатель прервал его [Фуке]: «Как?! Вы хотите сказать, что Его Величество злоупотребил своей властью?» Господин Фуке ответил: «Это говорите вы, сударь, а не я. Я вовсе не это имел в виду, и странно, что, используя мое нынешнее положение, вы хотите столкнуть меня с королем; но, сударь, вам прекрасно известно, что случаются ошибки. Когда вы подписываете ордер на арест, вы находите это справедливым, на следующий день вы его отменяете: вы видите, что можно изменить точку зрения и мнение».
В середине июня Уголовная палата, рассмотрев протоколы первых допросов, постановила, что Фуке должен быть «препоручен», то есть из «узника по постановлению короля» становился «узником по постановлению Палаты». Поэтому режим его содержания под стражей несколько смягчился: ему позволили исповедоваться замковому канонику и разрешили передать через тюремщика несколько писем семье.
Примерно в это время общественное мнение в отношении Фуке стало меняться. Этому способствовало мужественное поведение подсудимого. Большую роль сыграли также «Оправдания» Фуке, которые были тайно напечатаны и распространены в Париже. Бывший суперинтендант сумел в тюрьме написать и передать своим сторонникам материалы для 15 их выпусков. В них в язвительных и метких выражениях Фуке показывал истинную подоплеку суда над ним.
Кольбер встревожился. Он пустил слух, что заключенный может легко общаться с внешним миром, что охрана недостаточна, неэффективна и состоит с ним в сговоре. Однако к охране, которую по-прежнему несли мушкетеры д’Артаньяна, придраться было невозможно.
Их командир был безукоризненно вежлив и доброжелателен по отношению к узнику, но чрезвычайно строго выполнял все предписания. Однажды д’Артаньян приказал арестовать незнакомца, который пытался подкупить одного из мушкетеров: попросил охранника передать заключенному записку. Капитан мушкетеров срочно известил об этом короля. Виновного бросили в тюрьму, а Людовик успокоился, убедившись, что узник находится в надежных руках.
Фуке было разрешено пользоваться услугами адвокатов. Его семья привлекла к защите двух знаменитых парижских защитников, мессиров Лоста и Озане. 25 июня оба явились к воротам тюрьмы. Несмотря на предварительную договоренность, их не пустили, так как король разрешил встречу с адвокатами не раньше 1 июля.
Через два дня д’Артаньян получил еще один королевский приказ. Людовик требовал, чтобы адвокатов пускали в тюрьму только два раза в неделю, по вторникам и пятницам. Узник мог беседовать с ними только в присутствии наблюдателя. И 1 июля, когда адвокаты Фуке появились у ворот, их ознакомили с этим приказом. Однако они отказались от встречи на таких условиях. Протестовал и Фуке. «До какой крайности, — воскликнул он, — хотят довести человека, и так растоптанного страшными врагами, которым бесконечно доверяют в делах! Как может он серьезно заниматься своей защитой, если во время визита адвокатов он должен быть окружен “подозрительными личностями”»
Две недели длилось противостояние Фуке, его адвокатов и власти. Проблема обсуждалась даже в Уголовной палате. В конце концов, был предложен компромиссный вариант: заключенному будет разрешена дополнительная встреча с адвокатами на следующий день после каждого нового посещения (то есть количество свиданий увеличивалось), но все встречи будут проходить только в присутствии д’Артаньяна.