В Европе желание работать исчезло, не было натуры по душе: виды Германии, Чехии, Бельгии, Голландии, Швейцарии не вдохновляли Шишкина. Он писал друзьям: «Полюбить природу чужого народа – что изменить своей церкви». Только в Дюссельдорфе русский пейзажист оттаял душой. В Тевтобургском лесу было написано этюдов намного больше, чем за все время пребывания за границей. Особенно удавались художнику рисунки пером. Отсылая осенью 1864 г. на академическую выставку в Петербурге свои картины, Шишкин всей душой хотел отправиться вслед за ними. Но удачный показ своих работ в Дюссельдорфе, Бонне, Аахене и Кельне задержал его отъезд, да и Академия художеств разрешила досрочное возвращение лишь летом 1865 г.
По возвращении Шишкин представил на суд совета академии «Вид в окрестностях Дюссельдорфа» и получил звание академика. Иван Иванович вступил в Артель художников, возглавляемую И. Н. Крамским, чьи идеи брать сюжеты из народной жизни и продвигать искусство в провинцию были ему близки. В воспоминаниях о знаменитых «четвергах» Артели И. Е. Репин писал: «Громче всех раздавался голос богатыря И. И. Шишкина; как зеленый могучий лес, заражал он всех здоровьем, весельем, хорошим аппетитом и правдивой русской речью. Немало рисовал он пером на этих вечерах превосходных рисунков. Публика, бывало, ахала за его спиной, когда он своими могучими лапами ломового и корявыми от работы пальцами начнет корежить и затирать свой блестящий рисунок, а рисунок, точно чудом или волшебством каким-то от такого грубого обращения автора, выходит все изящней да блистательней».
В 1870 г. Шишкин вместе с И. Н. Крамским, В. Г. Перовым, Г. Г. Мясоедовым, А. К. Саврасовым, H. Н. Ге становится членом Товарищества передвижных выставок. Следуя идеалам Товарищества и своему творческому призванию, Иван Иванович всегда отображал в своих картинах природу родной земли, но как самобытный художник он начался с этюда «Полдень. Окрестности Москвы. Братцево» (1866 г.). Живые облака, легкий ветер, мокрая земля – все просто, естественно и достоверно. Через три года на основе этого этюда Шишкин создаст картину «Полдень» – бескрайний простор и воздух, напитанный покоем, покорят зрителей (это первое полотно Шишкина, приобретенное П. М. Третьяковым для своей галереи).
Что бы ни изображал художник на холсте – лес, реку, поле, одинокую сосну, для него природа была самим совершенством, облагораживающе действующим на человека. Творческие достижения Шишкина связаны с эпическим изображением пейзажа, с представлением о неторопливой и величественной жизни русского бора, о дебрях лесной глуши, напоенных запахами смолы и преющих листьев. В своих живописных рассказах художник не упускал ни единой подробности и безупречно изображал все: возраст деревьев, их характер, каждую хвоинку и листочек, почву, на которой они растут, и как обнажаются корни на кромках песчаных обрывов, и как лежат валуны в чистых водах лесных ручьев, и как бликуют пятна солнечного света в кронах и на траве. Его картины «Сосновый лес», «Сосновый бор» (звание профессора 1873 г.), «Святой ключ близ Елабуги», «Горелый лес», «Песчаный берег», «Ручей в лесу», «Родник в сосновом лесу», «Лес», «На опушке леса», «Вырубка леса» – дали ему право занять первое место среди мастеров пейзажа.
«Шишкин – верстовой столб в развитии русского пейзажа, это человек-школа», – говорил о нем И. Крамской, и это известное высказывание главы передвижников можно отнести и к преподавательской деятельности художника. Он всегда сам находил себе учеников, выделяя тех, кому было тесно в академических рамках. Третьяков и Крамской небезосновательно считали, что Шишкин способствовал развитию молодых дарований в стиле русской национальной школы. Среди его учеников были Е. Е. Волков, А. Н. Шильдер, H. Н. Хохряков и рано ушедший из жизни Федор Васильев, чьи картины учитель бережно сохранил и организовал его посмертную выставку.
По своему характеру он был не только великолепным педагогом, надежным другом, но и прекрасным семьянином. В октябре 1868 г. Иван Иванович обвенчался с Евгенией Александровной Васильевой, «милой Женькой», простой и хорошей женщиной. Она создавала в доме уют и скромный комфорт, которому всегда были рады многочисленные гости и друзья. У них родилась дочь, а затем двое сыновей. Для своих детей Шишкин был самым нежным и любящим отцом. Вдали от них он никогда не был спокоен и почти не мог работать. Но семейное счастье художника оказалось недолгим. Евгения Александровна болела, умер старший сын Владимир, а вскоре и любимая жена (1874 г.), а через год смерть унесла младшего – Константина. Шишкин бросил работать, запил. Художники-неудачники быстро нашли дорогу в его дом и помогали залить горе вином. Друзья ничего не могли поделать и надеялись только на «крепкую натуру» Ивана Ивановича.