Виктор был вторым ребенком в семье (пятеро детей, появившихся до него, за исключением дочери Агриппины, не выжили). Поэтому родители особенно радовались этому веселому и непоседливому малышу. Но одна из его шалостей закончилась большой бедой: в три года заигравшийся мальчик упал с каменной скамьи и ушиб позвоночник. Вскоре у него появились боли в спине и начал расти горб. Мучительные операции, которые ему пришлось перенести не один раз, лишь на время облегчали его физические страдания, но исправить увечье уже не могли. Оно на всю жизнь отделило его от сверстников. И хотя Мусатов по-прежнему оставался жизнерадостным и открытым человеком, в его душе навсегда поселились склонность к одиночеству, стремление уйти от действительности в вымышленный мир фантазий, которые стали для него броней от всяческих зол. Один из современников, саратовский писатель А. М. Федоров писал о художнике: «Он мог бы стать стройным и сильным, как и другие. Он знал это и, однако, никогда не жаловался, не злился на жизнь, обошедшуюся с ним чересчур жестоко…» Во многом это стало возможным благодаря искусству. Недаром Мусатов впоследствии признавался: «Когда меня пугает жизнь – я отдыхаю в искусстве».
В детские годы будущий художник любил уединяться на пустынном Зеленом острове под Саратовом: «В детстве он был для меня чуть ли не «таинственный остров», – писал он в своем дневнике. – Я знал только один ближайший его берег… Там никто не мешал мне делать первые, робкие опыты с палитрой».
В 1884 г. мальчика отдали в Саратовское реальное училище. Учеба мало его интересовала: по всем предметам у него были двойки «с дробями», и только по рисованию – единственная пятерка. Видя большую художественную одаренность ученика, его учителя – сначала Ф. А. Васильев, а потом В. В. Коновалов – настоятельно советовали ему учиться живописи в столице. И в 1890 г. Мусатов поступает в Московское училище живописи, ваяния и зодчества.
В Москву начинающий художник привез свои первые работы, одна из которых – этюд с изображением плотины у дедовой мельницы, представленная им на ученической выставке, к немалому удивлению самого автора, сразу же была продана за 20 рублей. Окрыленный успехом юноша с удвоенным старанием взялся за учебу. Но удовлетворения от занятий не получал и через год поступил в Петербургскую академию художеств. Здесь, в дополнение к занятиям, он посещает частную мастерскую профессора П. П. Чистякова. Этот замечательный педагог, которого одни считали чудаком, а другие – мудрецом, многое дал своему талантливому ученику. Его система обучения, помимо уроков рисунка и живописи, включала нравственное воспитание художников. Большое внимание он уделял и технике живописи, говоря им о том, что «без нее вы никогда не сумеете рассказать людям свои мечтания, свои переживания, увиденную вами красоту…»
Но в 1893 г., после второй операции, Борисов-Мусатов вынужден был из-за сырого петербургского климата вернуться в Москву. Здесь, на ученической выставке, он представил пять своих работ, ставших результатом его учебы у Чистякова. Все они были отмечены выдающимся мастером пейзажа В. Д. Поленовым, а написанная в 1894 г. картина «Майские цветы» – приобретена Ее Высочеством Елизаветой Федоровной. Сделанные на пленэре полотна были наполнены светом и движением. Особенно отчетливо это проявилось в «Майских цветах», где изображены играющие среди цветущего сада две девочки. Характеризуя картину, один из исследователей творчества художника Я. Тугендхольд писал: «Мусатова привлекали не девочки на фоне яблонь, но и девочки и яблони, одинаково ставшие майскими цветами, красочными арабесками, весенними пятнами. Это и есть подход к миру – декоративный». Сам же художник в это время делает для себя важное открытие: «Весь мир кажется мне разложенным на спектр. Любуясь им, я слепну от разнообразия красок».
Но официальная критика сразу же записала молодого художника в число «декадентов», усмотрев в его работах влияние импрессионизма. Действительно, Борисов-Мусатов в то время был увлечен живописью французского художника Ж. Бастьен-Лепажа, отличавшейся, как и у импрессионистов, непосредственностью в передаче воздуха и света.