7 июня 1692 года Порт-Ройал подвергся мощному землетрясению, в результате которого большая часть пиратской столицы исчезла с лица земли. Долгое время считалось, что город «сполз» в море под действием подземных толчков и образовавшегося затем цунами. Но последние исследования показали, что он попросту ушел в песок, на котором стоял. Подземные толчки нарушили плотную структуру почвы, менее чем за минуту песок стал текучим, и город «провалился сквозь землю». Буквально через десять минут после землетрясения песок восстановил свои свойства, похоронив под собой большую часть строений и более двух тысяч жителей. Сохранились письма от министров, городских чиновников и торговцев, очевидцев катастрофы Г. Слоэну, тогдашнему секретарю Британского королевского общества, которые свидетельствуют, что Голубые горы, находящиеся в двух километрах от берега, были сдвинуты землетрясением и что береговая линия теперь имеет совсем другой вид, чем раньше.
Все началось в 11 часов 43 минуты при полном штиле на море и прекрасной погоде. Последовало всего три толчка, из которых последний был самым сильным. После первого удара стихии стены зданий дали трещины, внутри помещений на пол попадала утварь и мебель. С моря налетел ураган, и некоторые жители бросились в верхнюю часть города, поближе к Голубым горам. В результате они были спасены. Затем последовал второй, более сильный толчок, от которого дома стали рушиться и уходить под землю вместе со всем содержимым. На море сформировалась огромная волна, хлынувшая на берег и увлекающая за собой все, что попадалось на пути.
Однако для некоторых людей это смертоносное цунами стало спасительным. Гигантская волна подняла на себя фрегат «Лебедь», вытащенный на берег для ремонтных работ. Корабль понесся над оставшимся внизу городом, потянув за собой крепежные канаты и леера. Те люди, которые смогли ухватиться за них, остались на плаву. Когда «Лебедь» врезался в крышу полуразрушенного здания и остановился, они смогли выбраться на мелководье и остаться в живых. Чудом выбрался из песочной ловушки один из обитателей пиратской столицы – купец Льюис Голди. Его затянуло под землю почти полностью, и он с ужасом осознавал, что скоро погибнет. Но тут несчастный почувствовал, что снизу его выталкивает сильный поток воды. Через мгновение он вылетел из песка, как пробка из бутылки. Пережив сильнейшее нервное потрясение, купец, тем не менее, не захотел покидать проклятый остров и стал одним из известнейших людей во всей округе. Он охотно рассказывал приезжим небылицы о великом ямайском землетрясении 1692 года, которое ему удалось пережить.
Через несколько минут после третьего, самого сильного толчка, песок снова стал твердым, а на поверхности земли остались торчать куски стен и головы несчастных жителей Порт-Ройала, которые не смогли выбраться из зыбучего песка. Как писал позднее преподобный отец Эммануэль Нит, «эти головы потом служили пищей бродячим собакам». Другой очевидец в одном из писем свидетельствовал: «Люди были схвачены в объятия Земли и задушены ею. Их так и хоронили – с головами над поверхностью, а некоторые были объедены собаками. Долгие годы потом эти места все старались обходить стороной».
Те, кто пережил катастрофу, стали восстанавливать уцелевшие дома и отстраивать город заново на том же месте. Однако через десять лет после того страшного землетрясения в Порт-Ройале произошел сильный пожар, который полностью уничтожил все, что было восстановлено. Вслед за этим пронеслось несколько мощнейших ураганов, и остатки «пиратского оазиса» были занесены толстым слоем ила и песка. Еще в 1859 году любопытствующие могли видеть на месте погибшего города остатки нескольких домов, стены которых на один-два метра торчали из прибрежного песка. Но затем еще одно сильное землетрясение, произошедшее здесь в 1907 году, спрятало от людских глаз и эти немые свидетельства катастрофы.
С тех пор многие искатели приключений и легкой наживы пытались откопать сокровища Порт-Ройала, погребенные на морском дне. Хроника трагедии на Карибах, дошедшая в многочисленных описаниях до наших дней, давала надежду, что застигнутые врасплох обитатели пиратской столицы попросту не имели возможности перенести свои сокровища в безопасное место. Золотоискателям грезились огромные сундуки с награбленными ценностями, которые должны были уцелеть в разрушенных домах, скрытых под толщей песка и воды. Ныряльщики, обследовавшие в XIX и XX веках акваторию Кингстон-Харбор, подтверждали наличие под водой старинных развалин.