В октябре 1914 года Батюшин стал начальником разведывательного отделения штаба Северо-Западного фронта. В феврале 1915 года вместе с генерал-квартирмейстером штаба фронта генералом М. Д. Бонч-Бруевичем он сфабриковал знаменитое дело полковника Мясоедова. Благодаря этой фальшивке Николай Степанович стал генералом для поручений при главнокомандующем армиями Северного фронта и в декабре был произведен в генерал-майоры. Одной из задач Батюшина в качестве начальника разведки и контрразведки был сбор компромата на Распутина. Он добился ареста 10 июля 1916 года близкого к Распутину банкира Дмитрия Рубинштейна по обвинению в связях с немцами. Поводом для ареста послужили финансовые операции по учёту векселей Немецкого банка в Берлине, продаже акций Российского общества «Якорь» германским финансистам и взимание Рубинштейном высоких комиссионных с русских заказов за границей. Однако никаких улик против Распутина и императрицы получить не удалось. Александра Федоровна писала императору: «Рубинштейна [надо] без шума [отправить] в Сибирь; его не следует оставлять здесь, чтоб не раздражать евреев. – Прот[опопов] (министр внутренних дел. –
«Батюшин на меня вознегодовал ужасно: против освобождения Рубенштейна он восставал с жаром, говоря, что военное командование этого не потерпит, а дознание, в котором запутался, хотел отпихнуть от себя во что бы то ни стало. Я понимал положение генерала: продолжать дознание без надежды закончить его удовлетворительно значило бы еще больше отягчать свою ответственность за длительное содержание человека под стражей без достаточных улик, а идти на немедленное освобождение обвиняемого в порядке следственных действий было бы все равно, что разом подчеркнуть неправильность принятой комиссией меры пресечения. Более того, я отдавал себе отчет в своем положении: каких только собак не повесит на меня командование, да и оно ли одно, когда следователь освободит такую крупную дичь среди отысканных военными властями изменников. Но помочь ни генералу, ни себе я ничем не мог, а должен был подчиняться тому, что мне говорили закон и человеческая совесть».
Батюшин, не будучи хорошим профессионалом, стремился повысить свою репутацию с помощью дел, в которые были вовлечены известные лица, но, как правило, не имея на руках прямых улик. Добавим, что Батюшин пользовался услугами такого авантюриста, как И. Ф. Манасевич-Мануйлов, который был арестован в августе 1916 года и осужден в феврале 1917 года к полутора годам исправительных арестантских рот за шантаж и мошенничество. В 1918 году Манасевича-Мануйлова расстреляла ВЧК.