Он родился 6 июля 1747 года в приходе Киркбин, графство Кирккудбрайт (Шотландия), в семье садовника Джона Пола. Отданный в ученичество местному купцу Джону Янгеру, он в двенадцатилетнем возрасте отплыл в качестве кают-юнги в Виргинию, где посетил своего старшего брата Уильяма – портного в Фредериксбурге. Когда Янгер обанкротился, ученичество Джонса (тогда он еще носил имя Джон Пол) закончилось. Он получил возможность стать мичманом в британском флоте, но в 1764 году мы находим его в должности третьего помощника на невольничьем судне «Король Георг», а в 1766 году – в должности старшего помощника на ямайской невольничьей бригантине «Два друга». Через два года он оставил работорговлю и сел на корабль «Джон», направляющейся с Ямайки в Шотландию. Поскольку в пути шкипер и старший помощник умерли от лихорадки, Джонс взял на себя командование парусником и благополучно довел его до родных берегов, за что владельцы «Джона» назначили его капитаном.
В апреле 1770 года во время плавания в Вест-Индию по его приказу был подвергнут порке за леность корабельный плотник Мунго Максвелл, который на острове Тобаго дезертировал, пересел на другой корабль, а через несколько недель умер. Отец плотника обвинил капитана в убийстве сына, однако Джонс, арестованный в Шотландии в ноябре того же года, доказал суду свою невиновность и был освобожден из-под стражи по поручительству. Он снова отплыл в Вест-Индию, чтобы найти доказательства своей невиновности в убийстве. В сентябре 1772 года Джон Пол купил судно и совершил несколько рейсов на Тобаго, но в декабре 1773 года случилось новое несчастье – вспыхнул бунт на борту, и он, убив зачинщика беспорядков, бежал на остров, где сменил свое имя Джон Пол на Пол Джонс.
В море Джонс вышел в начале 1776 года с эскадрой коммодора Эзека Хопкинса. По свидетельству биографов Джонса, знание им топографии Багамских островов обеспечило американцам бескровный захват Нью-Провиденса, где в качестве трофеев они взяли большое количество пороха и артиллерии. На обратном пути, командуя главной батареей «Элфреда», он отличился в сражении с английским военным кораблем «Глазго». Поскольку капитан 12 пушечного шлюпа «Провиденс» был осужден за трусость в этом деле, Хопкинс передал командование «Провиденсом» Джонсу. Морская комиссия конгресса одобрила назначение Джонса капитаном и в начале августа 1776 года поручила ему предпринять самостоятельный рейд к Бермудским островам и Новой Шотландии. Отплыв 21 августа, он крейсировал более шести недель, за это время дважды уходил от английских королевских фрегатов, потопил или сжег 8 призов, а еще 8 призов переоснастил и ввел в строй под американским флагом.
В 1777 году конгресс Соединенных Штатов решил направить Джонса во Францию для связи с Бенджамином Франклином, который вел переговоры с правительством Людовика XVI о заключении франко-американского союза. Основной задачей Джонса было принять и доставить в Америку новый большой фрегат «Индиен», строившийся на амстердамских верфях по заказу американцев. Истратив остаток своего состояния – 1500 фунтов стерлингов – на вооружении 18 пушечного корабля «Рейнджер», стоявшего в Портсмуте (Нью-Гэмпшир), Джонс 1 ноября вышел в открытое море и взял курс на побережье Франции. Захватив по пути несколько английских призов, он в декабре того же года благополучно прибыл в Брест. Из Бреста Джонс поспешил в Париж, где имел встречу с Франклином и где с неудовольствием узнал, что американское правительство, опасаясь, как бы фрегат «Индиан» не был захвачен англичанами, продало его Франции.
В 1778 году Джонс получит разрешение на каперство. Он отправляется на «Рейнжере» к английским берегам. 22 апреля 1778 года Джонс проник в гавань городка Уайтхевен, в котором под защитой фортов обитало более 6 тыс. жителей. На рассвете две шлюпки с 31 волонтером во главе с Полом Джонсом приблизились к берегу. Был отлив, и около 300 угольных барж стояли на сухом дне. Ворвавшись в форты, приватиры связали спящих часовых, заклепали пушки, затем подожгли суда в гавани и на глазах онемевших от такой наглости горожан благополучно вернулись на борт «Рейнджера».
Из Уайтхевена приватиры направились через залив Солуэй-Ферт к берегам Шотландии, и в полдень того же дня Джонс с отрядом из 12 человек высадился на острове Сент-Мэри, где находилось одно из поместий графа Селкирка. Целью этого набега был захват графа в качестве заложника, чтобы впоследствии можно было обменять его на американских пленных, но владелец поместья находился в отлучке, и налетчики довольствовались тем, что – вопреки воле капитана – утащили из дома графа столовое серебро. Позже Пол Джонс выкупил серебро у своих людей и вернул его Селкиркам.