27 мая 1889 года ученого избрали в Академию наук, и он занимает должность непременного секретаря физического отделения.
В 1892 году Беккерель стал профессором Национального музея естественной истории. Кончилось и его более чем четырнадцатилетнее вдовство, он женился на мадемуазель Лорье. Супруги оставили старую квартиру в здании Музея и переехали на бульвар Сен-Жермен. В 1895 году Беккерель стал профессором Политехнической школы.
А еще через год открытие рентгеновских лучей взбудоражило мысль ученых, уже было решивших, что здание физики построено и в природе больше нет ничего не известного человеку. Среди них был и Беккерель.
В своем докладе на конгрессе ученый указывал на то, что маловероятно, чтобы рентгеновские лучи могли существовать в природе только в тех сложных условиях, в каких они получаются в опытах Рентгена.
Беккерель, близко знакомый с исследованиями своего отца по люминесценции, обратил внимание на тот факт, что катодные лучи в опытах Рентгена вызывали при ударе одновременно и люминесценцию стекла, и невидимые X-лучи. Это привело его к идее, что всякая люминесценция сопровождается одновременно испусканием рентгеновских лучей. Эту идею впервые высказал А. Пуанкаре.
Несколько дней Беккерель обдумывал намеченный им эксперимент, затем выбрал двойную сернокислую соль урана и калия, спрессованную в небольшую «лепешку», положил соль на фотопластинку, спрятанную от света в черную бумагу, и выставил пластинку с солью на солнце. Под влиянием солнечных лучей двойная соль стала ярко светиться, но на защищенную фотопластинку это свечение не могло попасть. Беккерель едва дождался момента, когда фотопластинку можно было достать из проявителя. На пластинке явственно проступало изображение «лепешки». Неужели все верно, и соль в ответ на облучение солнечными лучами испускает не только свет, но и рентгеновские лучи?
Беккерель проверил себя еще и еще раз. 26 февраля 1896 года настали пасмурные дни, и Беккерель с сожалением прячет приготовленную к эксперименту фотопластинку с солью в стол. Между «лепешкой» соли и фотопластинкой на этот раз он положил маленький медный крестик, чтобы проверить, пройдут ли сквозь него рентгеновские лучи.
Вероятно, немногие открытия в науке обязаны своим происхождением плохой погоде. Если бы конец февраля 1896 года в Париже был солнечный, не было бы обнаружено одно из самых важных научных явлений, разгадка которого привела к перевороту в современной физике.
1 марта 1896 года Беккерель, так и не дождавшись появления солнца на небе, вынул из ящика ту самую фотопластинку, на которой несколько дней пролежали крестик и соль, и на всякий случай проявил ее. Каково же было его удивление, когда он увидел на проявленной фотопластинке четкое изображение и крестика, и лепешки с солью! Значит, солнце и флуоресценция здесь ни при чем?
Как первоклассный исследователь, Беккерель не поколебался подвергнуть серьезной ревизии свою теорию и начал исследовать действие солей урана на пластинку в темноте. Так обнаружилось, и это Беккерель доказал последовательными опытами, что уран и его соединение непрерывно излучают лучи, действующие на фотографическую пластинку и, как показал Беккерель, способные также разряжать электроскоп, т.е. создавать ионизацию.
Это открытие вызвало сенсацию. Особенно поражала способность урана излучать спонтанно, без всякого внешнего воздействия. Рамзай рассказывал, что когда осенью 1896 года он вместе с лордом Кельвином (В. Томсоном) и Д. Стоксом посетил лабораторию Беккереля, то «эти знаменитые физики недоумевали, откуда мог бы взяться неисчерпаемый запас энергии в солях урана. Лорд Кельвин склонялся к предположению, что уран служит своего рода западней, которая улавливает ничем другим не обнаруживаемую лучистую энергию, доходящую до нас через пространство, и превращает ее в такую форму, в виде которой она делается способной производить химические действия».
Первое в мире сообщение о существовании радиоактивности было сделано Беккерелем на заседании Парижской академии наук 24 февраля 1896 года. Открытие явления радиоактивности Беккерелем можно отнести к числу наиболее выдающихся открытий современной науки. Именно благодаря ему человек смог значительно углубить свои познания в области структуры и свойств материи, понять закономерности многих процессов во Вселенной, решить проблему овладения ядерной энергией. Учение о радиоактивности оказало колоссальное влияние на развитие науки, причем за сравнительно небольшой промежуток времени.
Изучая свойства новых лучей, Беккерель попытался объяснить их природу. Однако он не мог прийти к четким выводам и долгое время придерживался ошибочной точки зрения, согласно которой радиоактивность, возможно, является формой длительной фосфоресценции.
Вскоре в исследование нового явления включились другие ученые, и, прежде всего, супруги Пьер и Мария Кюри. Вместе с ними в 1903 году Беккерель получил Нобелевскую премию. Супруги Кюри не смогли в то время приехать в Стокгольм: здоровье их было слишком слабым, и Анри Беккерель один присутствовал на этой церемонии.