Император Александр I благоволил рогожским промышленникам и передал во владение общины большие земельные наделы, но вот царствование императора Николая I тяжело сказалось на старообрядцах обоего толка. С их молитвенных часовен были сняты кресты, запрещен всякий ремонт, а указом 1827 года император запретил принимать беглых попов, и вскоре в Рогожской общине на 100 000 верующих осталось всего три священника. Одно время даже запрещалось отмечать старообрядцев наградами и записывать их в купеческое сословие. В 1830-х годах некогда процветавшая Рогожская община была приравнена к простому богадельному дому.
В 1855 году новый император Александр II повелел опечатать алтари рогожских храмов, а вскоре правительство и церковь, чтобы ослабить влияние старообрядцев, открыли в Рогожской и Преображенской слободах единоверческие храмы. При сохранении внешних староверческих обрядов в храмах стали служить священники, подчинявшиеся епархиальному начальству. От таких притеснений сильно пострадала Федосеевская община Преображенского кладбища, рогожцам же в который уже раз удалось сохранить свои обычаи.
В августе 1854 года группа рогожских старообрядцев подала прошение на имя московского митрополита Филарета о принятии их в лоно апостольской церкви и о преобразовании Никольской часовни в единоверческий храм. По благословению Святейшего синода 23 сентября того же года было совершено освящение часовни. В 1866 году по инициативе и на средства купца Никандра Матвеевича Аласина к старой деревянной церкви архитектор Н В. Карнеев пристроил каменное здание наподобие колокольни высотой около трех и шириной около двух метров с иконой Спасителя, беседующего с самаритянкой.
Возрождение старообрядчества, особенно Рогожской общины, началось с указа о свободе вероисповедания, подписанного императором Николаем II в апреле 1905 года. Освобожденное от более чем 200-летних преследований старообрядчество сразу же стало делать колоссальные успехи. В 1912–1913 годы, в память распечатывания алтарей своих храмов, старообрядцы под руководством архитектора Ф. Горностаева приступили к возведению громадного храма-колокольни, который строился в стилизованных формах древнерусской архитектуры.
На старообрядческих кладбищах не встретишь, как на большинстве других, рельефных саркофагов, классических надгробий, скульптур и медальонов. В конце XIX — начале XX века здесь господствовала основная форма надгробия — восьмиконечный деревянный крест-голубец, зачастую с двускатным покрытием. Более богатые могли себе позволить каменные восьмиконечные кресты или массивные полированные саркофаги из черного камня, без украшений.
До Октябрьской революции на Рогожском кладбище хоронили только старообрядцев, но и потом, когда погребение перестало быть религиозным обрядом, на этом кладбище все так же появлялись могучие кресты-голубцы. Их и сейчас здесь еще довольно много, хотя после революции старообрядческие некрополи пережили тяжелые времена. Богатейший архив Рогожского кладбища, насчитывавший сотни ценнейших рукописей, отвезли в центральный архив, а богатейшую библиотеку, хранившуюся в специальном помещении под колокольней, переправили в библиотеку им В.И. Ленина. Рогожско-Симоновский райсовет Москвы, отличавшийся особой ненавистью к культовым сооружениям, в 1929 году принял решение снести Рогожское, Андроньевское, Симоновское и Всехсвятское кладбища. Старообрядческая община выступила категорически против такого решения, чем и спасла свой некрополь. Но сегодняшнее состояние старообрядческих кладбищ несет на себе отпечаток варварской чистки прошедших десятилетий. Старые надгробия являются на них лишь вкраплениями среди новых могил, сделанных на месте убранных памятников. Саркофагов дореволюционного времени на Рогожском кладбище осталось очень мало. В советское время у «капиталистов-эксплуататоров» часто экспроприировались и надгробия с могил, и в годы первых пятилеток Рогожское кладбище исправно «поставляло» гранит на стройки социализма, в том числе и для Московского метро. Исчезли надгробия, забыты или даже заняты места могил многих людей, имевших великие заслуги перед всей Россией. Нет надгробий у известных купцов Оловянниковых и прославившегося своей благотворительной деятельностью издателя К. Солдатенкова, владевшего одним из крупнейших состояний России. Он столько средств вложил в благотворительность, что даже трудно перечислить все больницы, богадельни и дома призрения, которые он финансировал или которые целиком были учреждены на его счет. В частности, ведь благодаря огромным пожертвованиям этого купца-миллионера была построена городская клиническая больница (ныне Боткинская). По его завещанию Румянцевский музей получил в дар великолепную картинную галерею и богатейшую библиотеку.
На Рогожском кладбище был похоронен «фарфоровый король» М.С. Кузнецов, на могиле которого в настоящее время планируется установить памятную стелу.