Купол собора Святого Петра опирается на четыре огромных пилона со стоящими в нишах 5-метровыми фигурами святых. У левого пилона изображен брат Петра – Андрей Первозванный с символом его мученической смерти – Х-образным крестом. Над монументом – выполненный по рисунку Бернини балкончик, где в дароносице хранится часть главы апостола Андрея, привезенная в Рим после падения Константинополя отцом Фомой Палеологом, отцом великой княгини Софьи – супруги московского князя Ивана III.
У второго пилона – фигура Св. Вероники с платом, который она, по преданию, подала восходящему на Голгофу Христу. Иисус отер заливающий глаза пот, и на полотне отпечатался Его нерукотворный облик. Согласно легенде, римский император Тиберий исцелился от проказы, прикоснувшись к этому плату, и в благодарность за свое исцеление подарил Веронике дом в Риме. После ее смерти Святой плат хранился сначала в Пантеоне, а потом был перенесен в собор Св. Петра.
У третьего пилона высится статуя императрицы Елены, матери Константина Великого. Она держит в руке привезенный ею из Иерусалима Крест Господень, а в находящейся здесь дароносице хранятся большие фрагменты этой реликвии. Четвертый пилон украшает мраморная фигура сотника Лонгина работы Лоренцо Бернини. В руках Лонгина – полутораметровой длины копье, напоминание о том, как сотник пронзил этим копьем подреберье Христово, дабы удостовериться, что распятый Иисус мертв. В дароносице на балкончике пилона ныне хранится подлинное копье сотника Лонгина – то самое, которым был пронзен на кресте Иисус. Оно попало в Рим из Константинополя, когда после захвата византийской столицы турками султан Баязет прислал его в дар папе Иннокентию VIII (1484–1492).
Неподалеку от фигуры сотника Лонгина стоит выполненный из темной бронзы монумент Св. Петра, сидящего на папском престоле и держащего в руке ключи от Царствия Небесного. Прежде полагали, что это античная статуя Зевса, однако ныне установлено, что статуя принадлежит к кругу работ итальянского скульптура Арнольфо ди Камбио, который, возможно, изготавливал отливку по образцу античной статуи.
В центре храма возвышается великолепный алтарь с неугасимыми лампадами. Они возожжены над ракой с потемневшим от времени гробом, где хранится часть мощей апостола Петра. Алтарь этот называется Папским, поскольку служить перед ним мессу может только папа. Над алтарем установлен огромный бронзовый балдахин (1624–1633) работы Бернини, вознесенный на витых колоннах на высоту 29 м. Необычная форма колонн повторяет силуэт витой колонны из храма Соломона, привезенной в Рим после взятия Иерусалима. Хотя в интерьере собора балдахин и не выглядит особенно большим, но по высоте он равен четырехэтажному зданию. Ослепляющий своим декоративным богатством, разнообразием материалов и форм, он нагружен к тому же сложной символической программой (Отцы Церкви, поддерживающие трон Св. Петра, атрибуты папской власти и т. д.). В этом произведении как никогда ярко проявился дар Бернини-декоратора, его неисчерпаемая художественная фантазия и умение мастерски вписать свое творение в архитектурный ансамбль.
Справа от Папского алтаря расположен вход в Ватиканские гроты – пространство между уровнем старой базилики времен Константина и полом современного храма, высотой около 3 м. Тут можно увидеть многочисленные архитектурные фрагменты (скульптуры, мозаики, саркофаги), сохранившиеся от первоначальной базилики и более поздних времен. Здесь расположено множество часовен и склепов, где похоронены многие папы ранних веков христианства и четверо последних пап, в том числе и Иоанн Павел II (1978–2005), к могиле которого устремляется неиссякаемый поток паломников. Во время археологических раскопок 1939–1949 годов под гротами был открыт древний некрополь с могилой апостола Петра. Под гротами в центральной точке собора, прямо под куполом и алтарем, посвященным Св. Петру, ученые обнаружили мраморный параллелепипед – так называемый Мемориал Константина. Внутри этого огромного реликвария найдена маленькая выдолбленная в камне часовенка, которую идентифицировали как Трофей Гая – место погребения апостола Петра, упоминаемое римским клириком II–III веков Гаем. Эта часовенка была поставлена римской раннехристианской общиной над захоронением, испещренным многочисленными надписями, одна из которых гласит: «Здесь находится Петр».
В центральной апсиде стоит вознесенная высоко над землей кафедра, инкрустированная слоновой костью, с которой, по преданию, проповедовал еще Святой Петр. В 1656–1665 годах Лоренцо Бернини заключил ее в пышную барочную оболочку. Кафедру обрамляют статуи отцов римской и греческой церквей, а над кафедрой неугасимым светом сияет витраж, набранный из тонких алебастровых пластинок, с изображением голубя, парящего в солнечных лучах – символом Святого Духа. Кафедра подчеркивает алтарную часть собора и завершает перспективу колоссального здания.