При создании «Истории» Фукидид стремился включать в нее только достоверные сведения, а не сказочные истории, в отличие от Геродота, предназначенные для развлечения читателя. Фукидид хотел, чтобы его труд признали полезным те, «кто пожелает иметь ясное и верное представление о прошлом, ввиду того что, по свойствам человеческой природы, и в будущем когда-нибудь может произойти нечто подобное». Своё произведение он считал достоянием вечности. Фукидид старался использовать либо собственные наблюдения, либо сведения, полученные от других людей, но проверенные по нескольким источникам (показаниям свидетелей). При этом он учитывал, что об одном и том же событии, даже будучи его очевидцем, люди будут рассказывать по-разному и всегда могут иметь собственные пристрастия и намеренно или непредумышленно искажать события. Кроме того, свидетели часто подвержены ошибкам памяти. Тем самым Фукидид впервые изложил основы исторической критики. Он также первым стал цитировать документы и некоторые из них целиком включил в свою историю (в частности, текст перемирия 423 года, т. н. Никиева мира). Фукидид также использовал надписи-эпитафии и старался извлечь зерно истины из мифов и преданий. Он расспрашивал очевидцев событий и записывал их рассказы. Он стремился реконструировать события древнейшей истории, свидетелями которых не мог быть ни он сам, ни его современники. Этой цели служили надписи, мифы и легенды, а также сочинения предшественников, эпос, географические названия, материальные памятники, быт отсталых в культурном отношении греческих племён и варваров, обычаи, праздники и обряды. Перечислив все события, послужившие предлогом к началу Пелопоннесской войны, он подчеркивает, что действительной причиной послужило возвышение Афин, в котором Спарта видела угрозу. Фукидид верил, что одинаковые причины и условия вызывают одинаковые следствия. Понимание того, что в ряде случаев одинаковые причины и условия могут порождать разные следствия, пришло к историкам лишь много веков спустя. Тем не менее Фукидид полагал, что история слишком иррациональна и непредсказуема и поэтому невозможно предсказать даже ближайшее будущее. И в частности, начиная войну, нельзя предсказать ее исход. Фукидид полагал, что до тех пор, пока не изменится человеческая природа, будут происходить войны, восстания, междоусобицы и прочие жестокости. Так, одичание и деморализацию общества на острове Керкира он связывал с жестокой междоусобной войной, поскольку «вследствие междоусобиц множество тяжких бед обрушилось на государства, бед, какие обыкновенно бывают и всегда будут, пока человеческая природа остаётся тою же». Фукидид объяснял исторические события, не принимая во внимание волю богов, предсказания и предзнаменования. Он упоминает те же предсказания оракулов, но только в качестве фактора, воздействующего на исторический процесс, потому что массы людей верят предсказаниям. Историк отрицал божественное вмешательство в человеческие дела. Фукидид верил, что на будущее могут влиять не оракулы, а ум и знание людей. В политическом плане историк был сторонником умеренной демократии, которая, по его мнению, может вступать в союз с умеренной олигархией, и противником как крайней демократии, так и крайней олигархии. Поведение же отдельных лиц он объяснял личными интересами.