Первое сочинение Флавия, «Иудейская война», было написано примерно в 75 году. Историк рассказывает о войне римлян с иудеями и о разрушении Иерусалима. В первых двух книгах кратко сообщается о событиях со времени взятия Иерусалима сирийским царем Антиохом IV Епифаном в 168 году до н. э. и вплоть до отступления от Иерусалима Цестия Галла, римского наместника Сирии, и разгрома его войск иудеями в 67 году н. э. Собственно Иудейской войне посвящены последние пять книг. Другое сочинение Иосифа Флавия, «Автобиография», было написано в царствование Домициана, который правил в 81–96 годах. В нем излагаются факты жизни Иосифа. Здесь он защищает свои распоряжения в должности правителя Галилеи и отрицает обвинения в том, что он первым поднял восстание против римского господства в Иудее. Третье и самое известное сочинение Иосифа Флавия – «Иудейские древности». Этот труд, состоящий из 20 глав, предназначался для греков и охватывал всю историю иудейского народа на протяжении десятков веков. Флавий включил в него извлечения из иудейских священных книг. Три последние книги описывают события со смерти Ирода Великого до прокураторства Гессия Флора, т. е. до начала Иудейской войны. Также Флавий написал сочинение в двух книгах «О древности иудейского народа. Против Апиона», направленное против александрийского грамматика Апиона, который от лица греческой общины Александрии Египетской обвинил местную иудейскую общину, что она не чтит императора Калигулу как бога. Флавий опровергал эти обвинения. Труды Флавия являются основным источником по истории евреев начиная с эпохи Маккавеев и вплоть до завоевания Иерусалима римлянами и истории древней Палестины. «Иудейские древности» дают независимый от Евангелий рассказ о таких исторических личностях, как Понтий Пилат, Ирод Великий, Иоанн Креститель, Иаков Праведный и Иисус Христос.
«Иудейская война» существовала в двух версиях – арамейской и греческой. Арамейский вариант, созданный в 75 году, предназначался для еврейской общины в Месопотамии и был написан на «языке отцов», т. е. на западноарамейском диалекте. В 78 году был создан вариант на древнегреческом, предназначенный для греков в Римской империи и для образованных римлян, владевших греческим. Есть также переводы на старославянский и иврит, причем в переводе на иврит есть фрагменты, отсутствующие в греческой версии, и, наоборот, отсутствует ряд фрагментов, имеющихся в греческом варианте.
Флавий критиковал современных историков, которые превозносили подвиги римлян и умаляли достижения иудеев. Он опровергал антииудейские утверждения о том, что иудеи служили побежденному богу и были естественно враждебны римской цивилизации. В войне он винил «чрезмерно усердных фанатиков» среди иудеев, а также римских прокураторов, которые отличались чрезвычайно большим мздоимством и выдающейся некомпетентностью. Флавий утверждал, что иудеи признавали власть Рима, потому что их Бог дает власть империям. Сам он декларировал свое намерение излагать события максимально точно, хотя и не беспристрастно, поскольку не может равнодушно писать о событиях войны, в которой сам участвовал.