Алексей Михайлович умер в феврале 1676 г. И чуть ли не в день его кончины началась ожесточенная борьба между кланами Милославских и Нарышкиных. Первым пошел в атаку Артамон Матвеев. Поскольку наследник престола 14 летний Федор от рождения болел параличом и цингой, а потому явно был не жилец, Матвеев начал тайные переговоры с членами Боярской думы о коронации не достигшего еще и четырех лет Петра при регентстве царицы Натальи Кирилловны. Бояре мгновенно сообразили, что Матвеев намерен захватить власть, и выдали заговорщика Милославским. Бывшего главу правительства, как чернокнижника и заговорщика на жизнь царя Федора, сослали со всею семьею сначала в Пустозерск, потом в Мезень, потом в Лух.
Больной Федор III Алексеевич царствовал, лежа в постели. Настоящими правителями были его двоюродный дядя боярин Иван Михайлович Милославский и патриарх Иоаким (1674—1690 гг.). Глазами же, ушами и ногами Федора III стала его любимая сестра царевна Софья.
Вслед за Матвеевым, Милославские попытались развязать травлю на Нарышкиных. Главу клана царицу Наталью Кирилловну с детьми спровадили в Коломенское и Преображенское. Отца ее лишили всех должностей. Старший брат Иван Кириллович был обвинен в том, что подговаривал своего «держальника Ивана Орла» убить царя Федора. Боярина срочно сослали в Рязань, где «повелено было ему быть за пристава». Остальных братьев отлучили от войска.
Пока худородные Милославские расправлялись с худородными Нарышкиными, в Москве поднимала голову третья сила – мощная и разобиженная. Представители старинных родовитых бояр все более и более возмущались распоясавшимися выскочками. Романовых спасало лишь то, что подавляющее большинство старинных боярских родов представляли старики. Молодых было двое – князья Иван Андреевич Хованский и Василий Васильевич Голицын. Последний уже крутил роман с царевной Софьей. Но особо выделялся Хованский – опытный воевода, глава трех приказов: Сыскного, Стрелецкого и Судного. В его руках была сосредоточена вся военная сила Москвы и России. Помимо всего прочего, Хованский являлся тайным старовером.
Больной Федор III умер в 1682 г., не оставив наследника. Смерть царя стала сигналом для противоборствующих сторон и заговорщиков. Наследником покойного оставался 14 летний Иван Алексеевич. Но он отказывался взойти на престол. Патриарх Иоаким и большинство бояр боялись повторения Смуты начала века, поэтому намеревались объявить царем мальчика Петра. Милославские знали об этом и заранее готовились дать бой.
Уже в день кончины Федора патриарх Иоаким и Дума объявили царем Петра I при регентстве его матери. В один час отлученные боярами от власти, Милославские стали действовать подспудно. Начала царевна Софья: возвращаясь с похорон, она, как бы будучи вне себя, громко причитала в толпе, что брата ее отравили и что сестер ее и царевича Ивана ожидает та же участь.
А через три дня к регентше Наталье Кирилловне явились представители девяти стрелецких полков с требованием наказать их полковников, которые присваивали себе более половины их ежемесячного жалованья. У стрельцов, как говорится, были свои заботы. Наталья Кирилловна испугалась и попыталась задобрить военных. Полковников арестовали, несколько дней били батогами, пока те не вернули деньги. Были наказаны и другие стрелецкие начальники.
Результат этой уступки оказался обратным. Стрельцы не угомонились: почувствовав свою силу, они стали собираться каждый день и выдвигать властям все новые и новые требования. Их настроениями решили воспользоваться и Милославские, и Хованский. Они каждый со своей стороны через подставных лиц стали подстрекать стрельцов к мятежу. Восстания не было, поскольку заговорщики дожидались возвращения отозванного Нарышкиными из ссылки Матвеева – они намеревались покончить с кланом Нарышкиных разом.
Матвеев приехал 12 мая 1682 г. Бунт заговорщики назначили на день годовщины гибели царевича Дмитрия, сына Ивана Грозного, – 15 мая. Стрельцам заранее раздали списки тех бояр, кого следовало убить. Рано утром рокового дня Александр Милославский и Петр Толстой вскочили на коней и помчались к стрельцам с криками, что Нарышкины задушили царевича Ивана. Толпа возбужденных вооруженных людей ринулась на Кремль.
Перепуганная Наталья Кирилловна вместе с Петром и Иваном, в сопровождении бояр и патриарха вышли к бунтовщикам, и Иван громко сказал:
– Меня никто не изводит и жаловаться мне не на кого!
Стрельцы притихли. Но тут подосланные Милославскими люди стали их подбивать, чтобы расправились с ближними к царице людьми. Всего затребовали на расправу 20 человек, в их числе Матвеева и семерых Нарышкиных. Матвеева здесь же сбросили с Красного крыльца на копья, а затем изрубили бердышами. Царица, царевичи и придворные разбежались по палатам. Царицу и ее родственников спрятала вдовствующая царица Марфа Матвеевна. Она же помогла двум братьям Натальи Кирилловны бежать из Кремля и Москвы.