Вступивший на престол император Александр I не стал продолжать дело отца. И вскоре своим указом он перевёл орденские финансы и его недвижимую собственность в государственную казну. Отныне Приорат стал запасным дворцом.
Члены императорской семьи редко выезжали во дворец, в основном на краткий отдых. Некоторое время здание использовали для хранения книг и старых картин из Большого дворца, а в 1840-е годы Николай I предоставлял его генералитету, приезжавшему в Гатчину на маневры.
После октябрьского переворота Приоратский дворец перешёл в ведение Гатчинского дворца-музея. С 1929 года в здании была база отдыха.
В годы оккупации Гатчины Приорат чудом уцелел, пострадала только крыша. После войны затем здесь разместился Дом пионеров и школьников, а в 1968 году – районный Краеведческий музей.
С конца 1970-х годов начались реставрационные работы, которые завершились только в 2004 году. Теперь Приорат вновь такой, каким он был создан архитектором Львовым по заданию магистра Мальтийского ордена и императора Павла I.