Мощная, хорошо укомплектованная армия помпеянцев стояла в Африке (около 6 легионов) Оставленные в Испании легионы Помпея, капитулировавшие под Илердой и прощенные Цезарем, взбунтовались, призвали к себе сыновей Помпея Секста и Гнея и выступили против власти победителя. Сын Митридата VI Фарнак — правитель Боспорского царства решил воспользоваться политической неразберихой в восточных провинциях. Во главе армии в 30 000 воинов он переправился в Малую Азию, захватил территорию бывшего Понтийского царства, а заодно Колхиду, Малую Армению, часть Каппадокии и даже Вифинии. В итоге, пока Цезарь находился в Египте, он оказался в кольце врагов.
Тяжелое военное положение Цезаря усугублялось социальными волнениями в центре государства, в самом Риме и Италии.
Ростом социальной напряженности попытались воспользоваться честолюбивые официальные магистраты. Так, в 48 году претор Камелий Руф предложил радикальный законопроект об отмене всех долгов и тем самым приобрел огромную популярность у столичного плебса и бедного италийского населения. Такая радикальная мера, как отмена всей задолженности, могла привести к самым серьезным потрясениям всех владельческих отношений и к непредсказуемым последствиям. Естественно, ни Цезарь, ни сенат не могли с этим согласиться. Сенат сместил Целия Руфа с должности претора, он был вынужден бежать из Рима на юг Италии. Здесь Целию Руфу удалось собрать значительные силы сторонников отмены всех долгов, главным образом из числа беднейшего населения италийских городов. Популярность и силы Целия Руфа стремительно росли. Дело стало принимать самый серьезный оборот и потребовало принятия от сената и оставленных Цезарем магистратов решительных мер. Из Рима были направлены достаточно крупные силы, которым удалось без особого труда рассеять плохо организованные скопления сторонников Целия Руфа, сам он погиб в бою. В следующем году проблему задолженности вновь попытался поднять народный трибун Корнелий Долабелла. Он возобновил законопроект о кассации долгов, а когда сенат решительно отверг этот законопроект, Долабелла призвал римское население к восстанию. Оставленный Цезарем в Риме в качестве его заместителя Марк Антоний решительно вмешался в события, восстание было подавлено, а Долабелла был отстранен от своей должности. Однако военное подавление обоих восстаний отнюдь не решало острой проблемы задолженности, и она продолжала лихорадить общественную атмосферу.
В целом в 47 году, более чем через два с половиной года после начала и столь блестящего хода гражданской войны, перед Цезарем и его сторонниками встали новые тяжелые проблемы. Они возникали даже там, где их, казалось, и не должно было быть, — в цезарианской армии. И дело не только в том, что Цезарь постоянно зачислял в состав своей армии бывших помпеянских легионеров, которые далеко не всегда были надежны и могли отойти при первых же неудачах диктатора. Даже самые преданные цезарианцы, прошедшие с победоносным полководцем все галльские походы по разным причинам (одни с неохотой сражались со своими согражданами, другие не разделяли автократических замашек своего полководца, третьи просто устали от 12-летних войн) выражали недовольство затянувшейся гражданской войной, требовали почетной отставки, обещанных наград и земельных участков.
Цезарю пришлось проявить буквально чудеса изворотливости и политического искусства, включая свое личное обаяние и знание воинской корпоративной психологии, чтобы успокоить легионные массы он, например, мог назвать легионеров не воинами, а гражданами, и тем уязвить их военную гордость, он мог демагогически заявить, что демобилизует всех воинов и будет сражаться только с одним 10-м легионом, он мог принять личное участие в кровопролитной битве или в тяжелом походе, разделяя все его тяготы с рядовыми легионерами, хотя не отличался крепким здоровьем. Но решающую роль сыграли принятые Цезарем меры по реальному выполнению обещанных наград. С этой целью он проявил незаурядное мастерство в мобилизации всех средств. В дело пошли не только богатая галльская добыча и огромная государственная казна, но и сказочные сокровища Клеопатры, накопленные за 300 лет правления Птолемеев, а также конфискованные состояния Помпея и его вельможных сторонников. Когда не хватило серебра для чеканки традиционной римской монеты, для оплаты ветеранов, Цезарь приказал чеканить монеты из золота, положив начало одной из самых крупных в римской истории золотой эмиссии.