7 апреля 1954 года реактивный лайнер с регистрационным номером G-ALYY под управлением южноафриканского экипажа ушел в чартерный рейс из аэропорта Хитроу.
До первой промежуточной посадки в Риме машина вела себя безукоризненно. Но во время предполетного осмотра инженер наземной службы BOAC в аэропорту «Кампино» обнаружил, что тридцать болтов, крепящий съемную панель обшивки левого крыла к набору, ослабли. Выяснилось, что за день до вылета в Йоханнесбург эта панель демонтирована в Лондоне, во время проведения регламентных работ, а затем установлена на место. Поскольку в полете еще обнаружились неполадки с указателем уровня топлива, вылет в Каир решили отложить на сутки.
Вечером 8 апреля машина полностью готова к полету. В 18.32 «Комета-1» G-ALYY поднялась в воздух. Капитан Мостерт уверенно вел машину, набирая заданную высоту 10200 м. Над радиомаяком Остии экипаж вышел на связь с диспетчером и сообщил, что они находятся на высоте 2400 м. Погода хорошая, турбулентность атмосферы практически отсутствовала, но небо затянуто облаками.
В 19.07 с борта «Кометы» передали, что набрали высоту 9600 м и корабль проходит Неаполь. Затем капитан Мостерт сообщил диспетчеру аэропорта Каира, что ожидаемое время прибытия — 21.20. На этом связь оборвалась. «Комета» разрушилась в воздухе на высоте примерно 9900 м. Обломки рухнули в Средиземное море и затонули на километровой глубине. Со дня постройки G-ALYY успел налетать всего 2704 часа.
Частная немецкая радиостанция, прослушивавшая переговоры службы УВД и пилотов, зафиксировала отчаянные попытки диспетчеров Рима и Каира связаться с пропавшим самолетом и сообщила об этом прессе. Вскоре мир облетела печальная новость: еще одна «Комета-1» погибла.
На этот раз реакция официального Лондона была жесткой. Не успела еще авиакомпания BOAC сообщить об очередном прекращении эксплуатации «Комет», как вечером того же дня министр авиации Великобритании сэр Леннокс-Бойд аннулировал сертификат аэропригодности на самолет «Комета-1». Слишком уж дорогую цену платили пассажиры и экипажи новой машины за ее освоение. С 1952 по 1954 год катастрофы «Комет» унесли жизни 111 человек, причем причины гибели трех машин так и не установлены.
В район предполагаемого падения G-ALYY направился авианосец «Игл» в сопровождении эсминца «Дэринг». Самолеты начали облет места катастрофы. К поискам пострадавших подключилась спасательная служба ВМС Италии, а также патрульные самолеты США и нескольких скандинавских стран.
В полдень 9 апреля экипаж самолета «Амбассадор» авиакомпании BEA сообщил, что наблюдает большое масляное пятно примерно в 120 километрах от Неаполя. Вслед за радиограммой с «Амбассадора» пришло известие: в 50 километрах от небольшого курортного городка Стромболи обнаружены плавающие обломки и тела погибших. «Игл» тут же направился в указанный квадрат. Вскоре сигнальщики авианосца заметили на поверхности воды маслянистые пятна, а затем и останки «Кометы». До наступления темноты на борт корабля удалось поднять пять трупов и фрагменты лайнера. Еще шесть тел волны вынесли на итальянский берег. Из-за больших глубин в месте падения «Кометы» подъем затонувших частей самолета был затруднителен.
После катастрофы «Кометы-1» G-ALYY фирма «Де Хевиленд» оказалась перед реальной угрозой потери 40 миллионов фунтов стерлингов в виде разорванных контрактов на поставку реактивных лайнеров. Все выпущенные до сих пор машины первой серии отправили в «отстойники» аэропортов Лондона, Каира, Коломбо. Авиакомпании несли колоссальные убытки. Требовалось срочно разобраться в причинах гибели машин.
Из трех «Комет», потерпевших катастрофу в воздухе, одна разрушилась на сравнительно небольшой высоте во время тропического шторма. Но две другие погибли при подозрительно схожих обстоятельствах: самолеты обслуживали один и тот же маршрут и развалились в воздухе на большой высоте, в 50 километрах от римского аэропорта Кампино. До момента предполагаемого разрушения полет «Комет» проходил в нормальном режиме. Гибель машин внезапна: ни один пилот не успел сообщить на землю о каких-либо неисправностях, возникших на борту.
На первом этапе расследования одной из главных версий был теракт. Тем более что к службе безопасности аэропорта Кампино и прежде имелось немало претензий. Однако, по заключению патологоанатомов, характер повреждений на телах погибших в катастрофах «Комет» G-ALYP и G-ALYY позволял сделать вывод, что причиной смерти пассажиров стала взрывная декомпрессия. Не взрыв, не пожар, не осколки бомбы, а резкое падение давления в момент разрушения фюзеляжа. Таким образом, версия саботажа исключалась, как и взрыв одного из двигателей. На самолете G-ALYY были установлены броневые экраны, защищавшие крыло и фюзеляж машины от разлетавшихся лопаток турбин. Если бы один из двигателей разрушился, пассажиры и топливные баки не пострадали бы, а экипаж успел бы подать на землю аварийный сигнал. Тем более что на двигателях самолета G-ALYP, извлеченных со дна моря, дефектов не обнаружили.