Позже следователь Розарио Приоре пригласил двух немецких экспертов для обследования останков самолета. Они сделали предположение, что ракетой могла быть или американская «Спэрроу», или скорее всего французская «Матра-530Ф». Это исключало версию, что самолет мог быть по ошибке сбит ливийским истребителем (Триполи в свою очередь заявлял, что это ошибка западных ВВС, которые на самом деле хотели сбить самолет, на котором летел лидер ливийской революции Каддафи).
Римский судья Розарио Приоре, который получил это запутанное дело в 1990 году, обвинил высших генералов ВВС Италии Пизано, Бертолуччи, Ташио и Ферри (которые в тот момент находились под следствием по обвинению в государственной измене) в сокрытии фактов по «делу Устики».
В октябре 1992 года министр обороны Италии Сальво Андо заявил журналистам, что правительство США наверняка знает подробности катастрофы DC-9. Расшифровки переговоров между диспетчерскими пунктами показали: в районе гибели самолета находились два американских военных самолета и авианосец США.
В июле 1993 года между, судьями и следователями Италии и России достигнуто соглашение о взаимопомощи в расследовании обстоятельств гибели DC-9.
В марте 1994 года «5-й канал» итальянского телевидения показал двухсерийный фильм под названием «Пятый вариант»; авторы его выдвинули версию, что самолет по ошибке сбит израильскими ВВС: они хотели перехватить французский самолет, так как Тель-Авив считал, что на нем перевозился уран для ядерного реактора в Ираке. Однако французский самолет по каким-то причинам в последний момент так и не поднялся в воздух. Но Тель-Авив уже направил в небо над Устикой, где он должен пролетать, свои перехватчики, — они-то и приняли итальянский лайнер компании «Итавиа» за самолет, который поджидали.
Во время расследования этой таинственной катастрофы 12 свидетелей умерли при странных обстоятельствах. Лишь в 1997 году Приоре наконец удалось получить показания радаров во время катастрофы. Выяснилось, что в тот вечер вблизи от DC-9 находились семь военных самолетов, — видимо, два ливийских и пять натовских. Возможно, западные самолеты устроили засаду, чтобы перехватить ливийского лидера Каддафи, который собирался лететь в Варшаву через итальянское воздушное пространство. Пролетал там Каддафи или нет — неизвестно, но на высоте 7500 м завязался воздушный бой. В бою, видимо, сбит ливийский МиГ-23. Через месяц его обломки найдены в горах Калабрии. Другая ракета, возможно, сбила пассажирский самолет. В бою могли принимать участие французские или американские истребители НАТО.
Прошло 18 лет, и многие в Италии и за ее пределами уже смутно помнили обстоятельства трагической истории, которая произошла в небе над Тирренским морем с авиалайнером компании «Итавия», следовавшим по маршруту Болонья — Палермо. Это, естественно, не относится к родным и близким 81 погибшего в этой загадочной авиакатастрофе. Собственно говоря, именно эти люди, объединившиеся в добровольную ассоциацию, настаивали на расследовании, требуя от гражданских и военных властей одного — правды о гибели своих родственников.
Летом 1998 года Приоре выдвинул обвинение в «посягательстве на конституционные органы республики и государственной измене» против четырех итальянских генералов, возглавлявших ВВС Италии в начале 1980-х годов. Это тогдашние начальник Главного штаба ВВС генерал Ламберто Бертолуччи, руководитель спецслужбы ВВС — СИОС генерал Дзено Ташио, начальник третьего отдела Главного штаба ВВС генерал Корадо Мелилло, помощник начальника Генерального штаба итальянской армии генерал Франко Ферри. Прокуратура фактически обвинила тогдашнюю верхушку ВВС Италии в заговоре против собственного правительства и собственной страны. Такое сенсационное определение вынесли следователи итальянской прокуратуры, которые закрыли знаменитое дело о гибели пассажирского самолета DC-9 близ острова Устика 27 июня 1980 года.