Треть территории кремля (800 кв. м) занимал комплекс воеводского двора. Его раскопки дали археологам огромное количество предметов быта XVII века — туеса из бересты, железные дужки от ведер, подсвечники, топоры, ножи с орнаментированными рукоятками, сверла, зубила, долота, замки различных размеров, буравы, пробои, дверные засовы, петли, щеколды, деревянные ложки, тарелки, миски, ковши, ушаты, коромысла, черпаки, вальки, формы для печенья, короба, ларчики Некоторые из этих предметов художественно оформлены. Например, форма для пряников вырезана в виде рыбы с большими плавниками. На одной из ложек ножом вырезана надпись- «Степа». Интересна находка оконной рамы размерами 29x29 см — такие маленькие «оконницы» характерны для XVII столетия. В раме сохранились значительные фрагменты слюды. Обнаружено несколько щипцов, с помощью которых снимался нагар со свеч и лучин. Найдены даже предметы мебели — небольшие лавки-скамейки для горниц и массивное широкое кресло.
Находка конской сбруи — колокольчиков, бубенчиков и седла, а также наличие в нижних слоях сеней довольно толстого слоя навоза говорит о том, что воеводский двор располагал некоторым количеством лошадей и, вероятно, мелким скотом. Отличные пастбища и сенные покосы располагались непосредственно за городом, так что содержание незначительного количества скота не представляло большой трудности.
Основным транспортным средством для связи с зимовьями и переездов на более далекие расстояния являлись нарты с оленьими упряжками. В документах XVII столетия отмечается, что в зимнее время на путь между Мангазеей и Туруханском уходило три дня. При раскопах воеводского двора археолога нашли крупные фрагменты самих нарт, тяги от упряжи, костяные накладки на упряжь, часто имеющие орнамент. Вообще косторезное ремесло, судя по всему, было широко развито в Мангазее. Даже дворовые люди, жившие на воеводской усадьбе, занимались изготовлением костяных поделок из мамонтовой кости. Археологи нашли незавершенные детали — отпиленные для работы куски бивней мамонтов, поделки из бычьего и коровьего рога, медвежьих клыков, пластины из перепиленных надвое оленьих рогов для отбивания приставшего к сапогам снега. В ходу было изготовление женских бус. Были найдены костяные скребки и другие инструменты для выделки кожи из звериных шкур, костяные иглы.
Домашний характер носило и литейное ремесло. Судя по находкам плавильной ложки и каменных формочек для литья, здешние умельцы отливали небольшие изделия, главным образом нательные крестики и женские украшения. Находки фрагментов музыкальных инструментов подтверждают свидетельства документов XVII века о том, что молодежь в семьях воевод обучалась игре на музыкальных инструментах и пению. Находка застежек от книг и кожаных переплетов с красивым тисненым рисунком указывает на то, что у воевод имелись домашние библиотечки. На одном из переплетов оттиснуто покрытое золотом изображение женщины с лютней, а рядом с нею — олень.
Помимо книг и музыки, обитатели воеводского двора, вероятно, любили коротать время за различными настольными играми. Археологами обнаружено несколько деревянных шахматных фигур, две отлично выполненные шахматные доски На оборотной стороне одной из них вырезаны знаки зодиака и звезды. Найдены детали какой-то не совсем понятной игры — небольшие костяные пластинки, на каждой из которых имеется определенное количество кружков — от 6 до 3. Возможно, это домино.
К востоку от воеводского двора, в самом центре крепости, стояла срубленная из кедра соборная Троицкая церковь. Точное время ее закладки неизвестно, но из письменных источников следует, что в 1603 году она уже или существовала, или, по крайней мере, была заложена. Эта церковь сгорела в 1642 году, после чего в начале 50-х годов XVII века (а согласно дендрох-ронологическаму анализу найденных остатков церкви — в 1654–1655 гг.) была срублена новая.
Новый храм воздвигался строго по плану старого. Основание здания занимало 550 кв. м. Данные раскопок и изображение Мангазеи на карте Исаака Массы (1609 г) позволили специалистам реконструировать архитектуру Троицкой церкви.
При зачистке постройки в районе алтаря были обнаружены несколько захоронений. В двух погребениях находились останки грудных детей, в третьем — девочка 12 лет. В юго-восточном углу церкви археологи нашли еще три могилы: женщины 27 лет и двух мужчин, 35 и 36 лет. Факт погребения в соборной церкви свидетельствовал о том, что люди были знатного происхождения.