Летом 1633 года работа над «Трактатом о свете» уже близилась к завершению, и Декарт сообщал Мерсенну, что остается лишь внести некоторые исправления и переписать рукопись. Но когда все было закончено, стало известно о том, что инквизиция осудила книгу Галилея «Диалоги о двух величайших системах мира». Все экземпляры этого сочинения по решению трибунала сожгли, а автора приговорили к наказанию. Это событие произошло 23 июня 1633 года, и весть о нем, дойдя до Декарта с большим опозданием, резко изменила все его научные планы.
Приговор, вынесенный выдающемуся итальянскому ученому, стал для Декарта тяжелым ударом. Он писал Мерсенну: «Это меня так поразило, что я почти решился сжечь все мои бумаги или, по крайней мере, никому их не показывать. Не могу представить себе, что итальянец, пользовавшийся даже благосклонностью папы, о чем я слышал, мог быть осужден только за то, что хотел обосновать движение Земли. Я знал, что это критиковалось прежде некоторыми кардиналами, но мне казалось, что с тех пор оно беспрепятственно публично преподавалось даже в Риме». Затем следует чрезвычайно важное признание: «Если это ложно, то ложны также все основания моей философии». Декарт заключает: «Но поскольку я ни за что на свете не хотел бы, чтобы мною было выпущено рассуждение, в котором содержалось хотя бы слово, не одобряемое церковью, я скорее уничтожил бы его, чем позволил ему появиться искалеченным». «Трактат о свете» остался неопубликованным, а полная рукопись сочинения впоследствии была утеряна…
Потрясение, пережитое в 1633 году, оказалось настолько сильным, что вся дальнейшая работа Декарта несла на себе его отпечаток. Биографы нередко упрекают великого ученого в чрезмерной осторожности, так как в протестантской Голландии ему не грозила непосредственная опасность из-за публикации трудов, содержащих осужденные Ватиканом идеи. По-видимому, немалую роль при этом сыграло его беспокойство за судьбу своих работ. Декарт хотел, чтобы они получили распространение не только в Голландии, но и во всех странах Европы, прежде всего – в католической Франции, с учеными кругами которой он был связан теснее всего.
Однако от своей теории Декарт не отказался. Вскоре он начал работать над новым сочинением, в котором, хотя и в несколько иной форме, нашли выражение идеи, излагавшиеся в «Трактате о свете».
Первый опубликованный труд Декарта «Рассуждение о методе, чтобы хорошо направлять свой разум и отыскивать истину в науках» вышел в 1637 году. К нему прилагались трактаты «Диоптрика», «Метеоры» и «Геометрия», сами по себе сыгравшие огромную роль в истории науки.
Книга была написана на французском языке. Отказавшись выпустить ее на латыни – языке науки того времени, Декарт хотел сделать свою теорию доступной широким слоям читающей публики.
В «Рассуждении о методе» Декарт впервые сформулировал концепцию рационализма, на которой в конечном итоге держится вся современная наука. В философском лексиконе понятие «рационализм» имеет два значения: во-первых, разум (а не практический опыт) рассматривается как источник знания; во-вторых, сам процесс познания разумно осмысливается и противопоставляется иррациональному озарению. Декарт является рационалистом в обоих смыслах, рационалистом в квадрате. Он не отрицает познавательных возможностей опыта (писал, что занялся бы опытом, если бы у него были время и деньги), но использовать возможности разума быстрее, дешевле и надежнее.
Еще в молодом возрасте Декарт выдвигал проект создания единой науки – «mathesis universalis», которая охватывала бы все области человеческого знания и руководствовалась математическим познанием как образцом для всякой частной дисциплины, всякого научного поиска. Эта наука представлялась ему в виде дерева, корнями которого была метафизика, стволом – физика, а ветвями – частные науки. Однако условием создания подобной науки должна была стать новая методология. В то время связи между фактами выстраивались на основании аналогии, подобия, симпатий и антипатий. Такая форма систематизации не обеспечивала фактам ни достоверности, ни необходимости, ни всеобщности. В ней отсутствовала иерархия. Чтобы создать таковую, необходимо выделить ее основание. Им должны были стать утверждения (типа постулатов Евклида), очевидность и неоспоримость которых с необходимостью удостоверялась бы их предельной простотой.
Свою концепцию Декарт начинает с резкой критики схоластики, непригодной для получения нового знания. Ученый указывает, что формальная схоластическая техника только преобразует высказывания без приращения знания. Действительно, разве можно узнать что-то новое из классического силлогизма «Все люди смертны. Сократ – человек, следовательно, Сократ – смертен»? Нет. А ведь задача состоит в получении нового знания, и, значит главное в том, каким образом – методом – это делать. Декарт решает поставить под вопрос всю прежнюю традицию и начать все с самого начала: «не искать иной науки, кроме той, какую можно найти в себе самом или в великой книге мира».